Nature和PLoS病原體探討了將穿山甲冠狀病毒與SARS-CoV-2起源相關的關鍵研究的科學準確性

打印 電郵 分享到 Tweet

註冊 從生物危害博客中獲取更新。

Sainath Suryanarayanan博士 

在這裡,我們向我們的電子郵件的資深作者發送電子郵件 劉等。 亦於 肖等。,以及的編輯 PLoS病原體 亦於 性質。 我們還對這些電子郵件提出的問題和關注進行了深入的討論,這使這些關鍵研究對引起COVID-2的新型冠狀病毒SARS-CoV-19起源的有效性存有疑問。 查看我們在這些電子郵件中的報告, 有關冠狀病毒起源的關鍵研究的有效性存疑; 科學期刊調查


與陳金平博士的電子郵件通訊,劉等人的高級作者:


陳錦屏博士的電子郵件引起了許多關注和問題: 

1 – Liu等。 (2020年)基於從三隻穿山甲,2019年2019月走私批次中的兩個樣本以及2019年2019月截獲的不同批次中的一個樣本中提取的冠狀病毒,組裝了已發布的穿山甲冠狀病毒基因組序列。國家生物技術信息中心(NCBI)數據庫要求科學家存放序列數據以確保獨立驗證和已發表結果的可重複性,其中包含9年573298月兩個樣本的序列讀取檔案(SRA)數據,但缺少12809952年12809953月樣本的數據。 當被問到陳金平博士將其標識為F12809954的缺失樣本時,陳金平博士說:“這三個樣品的原始數據可以在NCBI登錄號PRJNAXNUMX下找到,其生物樣品ID為SAMNXNUMX,SAMNXNUMX和SAMNXNUMX,此外, 來自不同批次的單個(F9)也是陽性的,原始數據可見於NCBI SRA SUB 7661929, 即將發布,因為我們還有另一個MS(正在審核)”(我們的重點)。

與劉等人有關。 尚未公佈與他們用來組裝其穿山甲冠狀病毒基因組序列的1個穿山甲樣品中的3個相對應的數據。 在被詢問時,陳金平博士也沒有共享此數據。 科學規範是發布和/或共享所有數據,使其他人可以獨立驗證和復制結果。 如何做 PLoS病原體 讓劉等人。 逃避發布關鍵樣本數據? 為什麼陳金平博士不共享與第三個穿山甲樣本有關的數據? 為什麼劉等人。 是否希望發布與這第三種穿山甲樣品有關的未發表數據,作為已提交到另一本雜誌的另一項研究的一部分? 這裡擔心的是,科學家會錯誤分配來自Liu等人的缺失的穿山甲樣品。 另一項研究,使其他人難以追踪有關穿山甲樣品的重要細節,例如收集穿山甲樣品的背景。

2 –陳金平博士否認劉等人。 與Xiao等人(2020)的關係 性質 研究。 他寫道:“我們在14年2020月12日提交了我們的PLOS病原體論文(在《自然》雜誌之前(PLOS病原體論文中的參考文獻16,他們從其在《自然》中的提交日期起於2020年2月XNUMX日提交),這是我們的PLOS病原體論文。解釋SARS-Cov-XNUMX不是直接來自穿山甲冠狀病毒,而穿山甲不是中間宿主。 在7年2020月XNUMX日的新聞發布會後,我們知道了他們的工作,我們對此有不同意見,其他兩篇論文(病毒和自然)已在PLOS Pathogen論文中被列為參考文獻(參考編號10和12), 我們是《自然》雜誌作者的不同研究小組,彼此之間沒有關係在鄒傑建和侯方輝的協助下,我們從廣東省野生動物救助中心獲取了詳細樣本信息的樣本 而且我們不知道《自然》雜誌的樣本來自哪裡。” (我們的重點)

以下幾點使陳博士的上述主張受到質疑: 

a – Liu等。 (2020),Xiao等人(2020)和Liu等人。 (2019)分享了以下作家:劉平和陳錦屏是2019年的作家 病毒 紙和2020 PLoS病原體 論文,吳晨對蕭等人的高級作者。 (2020)是2019年的合著者 病毒 Xiao等人的論文的作者是周傑建和侯芳輝。 和劉等。 

b –兩份手稿均已存入公共預印服務器 bioRxiv 在同一日期:20年2020月XNUMX日。 

c – Xiao等。 “重命名了穿山甲樣品,最早由Liu等人發表。 [2019]病毒未引用其研究作為描述這些樣品的原始文章,並在分析中使用了這些樣品的宏基因組學數據”(陳湛). 

d– Liu等人的完整的穿山甲冠狀病毒基因組是 99.95%相同 由Xiao等人在完整的穿山甲冠狀病毒基因組的核苷酸水平上進行分析。 劉等人。 已經產生了與Xiao等人99.95%相同的全基因組(僅約15個核苷酸差異)。 不共享數據集和分析?

當不同的研究小組獨立地得出有關給定研究問題的類似結論時,會大大增加所涉主張真實性的可能性。 這里關心的是劉等人。 和肖等。 並非陳博士聲稱的是獨立進行的研究。 Liu等人之間是否有任何協調。 和肖等。 關於他們的分析和出版物? 如果是這樣,協調的範圍和性質是什麼? 

3-為什麼劉等。 不能公開提供他們用來組裝穿山甲冠狀病毒基因組的原始擴增子測序數據嗎? 如果沒有這些原始數據,Liu等人組裝的穿山甲冠狀病毒基因組,其他人將無法獨立地驗證和復制Liu等人的結果。 如前所述,科學的規範是發布和/或共享所有數據,這些數據將允許其他人獨立地驗證和再現結果。 我們要求陳敬平博士分享劉等人的原始擴增子序列數據。 他通過分享Liu等人的RT-PCR產物序列結果來回應,這不是用於組裝穿山甲冠狀病毒基因組的原始擴增子數據。 為什麼陳金平博士不願公開原始數據,而這些原始數據將允許其他人獨立地驗證Liu等人的分析。

4 - 劉等。 病毒(2019) 於2019年XNUMX月發表,其作者已將其穿山甲冠狀病毒SRA數據保存在NCBI中 九月23,2019,但一直等到 22-2020-XNUMXTXNUMX:XNUMX:XNUMX 使這些數據可公開訪問。 科學家通常會在研究發表後儘快在公共數據庫中發布原始基因組序列數據。 這種做法可確保其他人可以獨立訪問,驗證和利用此類數據。 為什麼劉等人。 2019等待4個月才能公開訪問他們的SRA數據? 陳金平博士在9年2020月XNUMX日的答復中選擇不直接回答我們這個問題。

我們還與Stanley Perlman博士取得了聯繫, PLoS病原體 Liu等的編輯。 和 這就是他不得不說的.

值得注意的是,Perlman博士承認:

  • “ PLoS病原體正在對本文進行更詳細的研究” 
  • 他“在發布前同行評審期間未驗證2019年XNUMX月樣本的準確性”
  • “ [c]關於兩項研究之間相似性的擔憂[Liu等。 [Xiao等人]僅在兩項研究發表後才被發現。”
  • 他“在同行評審中沒有看到任何擴增子數據。 作者提供了組裝好的基因組的登錄號……儘管公開後發現文章的數據可用性聲明中列出的登錄號不正確。 目前,此錯誤和有關原始重疊群測序數據的問題已作為發布後案例的一部分得到解決。”

當我們聯繫 PLoS病原體 我們對Liu等人的擔憂。 我們得到了以下 PLoS出版道德團隊高級編輯的回复:

來自Xiao等人的電子郵件.

28月XNUMX日, 首席生物科學編輯 性質 (以下)用“我們非常認真地對待這些問題,並將非常仔細地研究您提出的問題”的關鍵詞回答。 

30月XNUMX日,Xiao等人。 最後 公開發布 他們的原始擴增子序列數據。 然而,截至本文發表之時,Xiao等人提交的擴增子序列數據。 缺少實際的原始數據文件,該文件將允許其他人組裝和驗證他們的穿山甲冠狀病毒基因組序列。

仍然需要解決的重要問題: 

  1. 穿山甲冠狀病毒是真的嗎? 的標題 Xiao等人的圖1e。 指出:“在透射電子顯微鏡圖像的雙膜囊泡中觀察到病毒顆粒,該圖像取自接種了一隻穿山甲的均質化肺組織上清液的Vero E6細胞培養物,其形態指示冠狀病毒。” 如果肖等。 分離出穿山甲冠狀病毒,他們是否會與中國以外的研究人員共享分離出的病毒樣本? 這對於驗證這種病毒是否確實存在並來自穿山甲組織很有幫助。
  2. 在2020年甚至是2019年的早期 劉等。, 肖等。, 林等。 亦於 張等人。 知道他們將基於相同的數據集發布結果嗎?
    一種。 是否考慮到有人在18月20日進行預印,而在XNUMX月XNUMX月XNUMX日進行預印呢?
    b。 為什麼劉等人。 (2019)不會在將其序列存儲在NCBI數據庫中之日將其序列讀取存檔數據公開訪問嗎? 他們為什麼要等到22年2020月XNUMX日才公開穿山甲冠狀病毒序列數據。
    C。 在劉等人。 2019年 病毒 數據已於22年2020月XNUMX日在NCBI上發布,這些數據是否可供中國其他研究人員使用? 如果是這樣,穿山甲冠狀病毒測序數據存儲在什麼數據庫上,誰可以訪問,什麼時候存放和訪問數據?
  3. 作者是否將在一項獨立調查中合作以追踪這些穿山甲樣品的來源,以查看是否可以在2年2019月至XNUMX月的一批走私動物中找到更多的SARS-CoV-XNUMX樣病毒,這些病毒可能以冷凍樣品的形式存在,也可能是還活在廣東省野生動物救援中心嗎?
  4. 作者是否會合作進行獨立調查,以了解走私者(被監禁還是被罰款並放手?)是否因經常接觸這些病毒而具有SARS病毒抗體?