Nature和PLoS病原体探讨了将穿山甲冠状病毒与SARS-CoV-2起源相关的关键研究的科学准确性

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Sainath Suryanarayanan博士 

在这里,我们向我们的电子邮件的资深作者发送电子邮件 刘等。肖等。,以及的编辑 PLoS病原体自然。 我们还对这些电子邮件提出的问题和关注进行了深入的讨论,这使这些关键研究对引起COVID-2的新型冠状病毒SARS-CoV-19起源的有效性存有疑问。 查看我们在这些电子邮件中的报告, 有关冠状病毒起源的关键研究的有效性存疑; 科学期刊调查 (11.9.20)


与陈金平博士的电子邮件通讯,刘等人的高级作者:


陈锦屏博士的电子邮件引起了许多关注和问题: 

1 – Liu等。 (2020年)基于从三只穿山甲,2019年2019月走私批次中的两个样本以及2019年2019月截获的不同批次中的一个样本中提取的冠状病毒,组装了已发布的穿山甲冠状病毒基因组序列。国家生物技术信息中心(NCBI)数据库要求科学家存放序列数据以确保独立验证和已发表结果的可重复性,其中包含9年573298月两个样本的序列读取档案(SRA)数据,但缺少12809952年12809953月样本的数据。 当被问到陈金平博士将其标识为F12809954的缺失样品时,陈金平博士说:“这三个样品的原始数据可以在NCBI登录号PRJNAXNUMX下找到,其生物样品ID为SAMNXNUMX,SAMNXNUMX和SAMNXNUMX,此外, 来自不同批次的单个(F9)也是阳性的,原始数据可见于NCBI SRA SUB 7661929, 即将发布,因为我们还有另一个MS(正在审核)”(我们的重点)。

与刘等人有关。 尚未公布与他们用来组装其穿山甲冠状病毒基因组序列的1个穿山甲样品中的3个相对应的数据。 在被询问时,陈金平博士也没有共享此数据。 科学规范是发布和/或共享所有数据,以使其他人可以独立验证和复制结果。 如何做 PLoS病原体 让刘等人。 逃避发布关键样本数据? 为什么陈金平博士不共享与第三个穿山甲样本有关的数据? 为什么刘等人。 是否希望发布与这第三种穿山甲样品有关的未发表数据,作为已提交到另一本杂志的另一项研究的一部分? 这里担心的是,科学家会错误分配来自Liu等人的缺失的穿山甲样品。 另一项研究,使其他人难以追踪有关穿山甲样品的重要细节,例如收集穿山甲样品的背景。

2 –陈金平博士否认刘等人。 与Xiao等人(2020)的关系 自然 研究。 他写道:“我们在14年2020月12日提交了我们的PLOS病原体论文(在《自然》杂志之前(PLOS病原体论文中的参考文献16,他们从其在《自然》中的提交日期起于2020年2月XNUMX日提交),这是我们的PLOS病原体论文。解释SARS-Cov-XNUMX不是直接来自穿山甲冠状病毒,而穿山甲不是中间宿主。 在7年2020月XNUMX日的新闻发布会后,我们知道了他们的工作,我们对此有不同意见,其他两篇论文(病毒和自然)已在PLOS Pathogen论文中列为参考文献(参考编号10和12), 我们是《自然》杂志作者的不同研究小组,彼此之间没有关系在邹杰建和侯方辉的协助下,我们从广东省野生动物救助中心抽取了具有详细样本信息的样本 而且我们不知道《自然》杂志的样本来自哪里。” (我们的重点)

以下几点使人们对陈博士的上述主张表示怀疑: 

a – Liu等。 (2020),Xiao等人(2020)和Liu等人。 (2019)分享了以下作家:刘平和陈锦屏是2019年的作家 病毒 纸和2020 PLoS病原体 论文,吴晨对萧等人的高级作者。 (2020)是2019年的合著者 病毒 Xiao等人的论文的作者是周杰建和侯芳辉。 和刘等。 

b –两份手稿均已存入公共预印服务器 bioRxiv 在同一日期:20年2020月XNUMX日。 

c – Xiao等。 “重命名了穿山甲样品,最早由Liu等人发表。 [2019]病毒未引用其研究作为描述这些样品的原始文章,并在分析中使用了这些样品的宏基因组学数据”(陈湛). 

d– Liu等人的完整的穿山甲冠状病毒基因组是 99.95%相同 由Xiao等人在完整的穿山甲冠状病毒基因组的核苷酸水平上进行分析。 刘等人。 已经产生了与Xiao等人相同的99.95%相同(仅约15个核苷酸差异)的完整基因组。 不共享数据集和分析?

当不同的研究小组独立地得出关于给定研究问题的类似结论时,会大大增加所涉主张真实性的可能性。 这里关心的是刘等人。 和肖等。 并非陈博士声称的是独立进行的研究。 Liu等人之间是否有任何协调。 和肖等。 关于他们的分析和出版物? 如果是这样,协调的范围和性质是什么? 

3-为什么刘等。 不能公开提供他们用来组装穿山甲冠状病毒基因组的原始扩增子测序数据吗? 如果没有这些原始数据,Liu等人组装的穿山甲冠状病毒基因组,其他人将无法独立地验证和复制Liu等人的结果。 如前所述,科学的规范是发布和/或共享所有数据,这些数据将允许其他人独立地验证和再现结果。 我们要求陈敬平博士分享刘等人的原始扩增子序列数据。 他通过分享Liu等人的RT-PCR产物序列结果来回应,这不是用于组装穿山甲冠状病毒基因组的原始扩增子数据。 为什么陈金平博士不愿公开原始数据,而这些原始数据将允许其他人独立地验证Liu等人的分析。

4 - 刘等。 病毒(2019) 于2019年XNUMX月发表,其作者已将其穿山甲冠状病毒SRA数据保存在NCBI中 九月23,2019,但一直等到 22年2020月XNUMX日 使这些数据可公开访问。 科学家通常会在研究发表后尽快在公共数据库中发布原始基因组序列数据。 这种做法可确保其他人可以独立访问,验证和利用此类数据。 为什么刘等人。 2019等待4个月才能公开访问他们的SRA数据? 陈金平博士在9年2020月XNUMX日的答复中选择不直接回答我们这个问题。

我们还与Stanley Perlman博士取得了联系, PLoS病原体 Liu等的编辑。 和 这就是他不得不说的.

值得注意的是,Perlman博士承认:

  • “ PLoS病原体正在对本文进行更详细的研究” 
  • 他“在发布前同行评审期间未核实2019年XNUMX月样本的准确性”
  • “ [c]关于两项研究之间相似性的担忧[Liu等。 [Xiao等人]仅在两项研究发表后才被发现。”
  • 他“在同行评审中没有看到任何扩增子数据。 作者提供了组装好的基因组的登录号……尽管公开后发现文章的数据可用性声明中列出的登录号不正确。 目前,此错误和有关原始重叠群测序数据的问题已作为发布后案例的一部分得到解决。”

当我们联系 PLoS病原体 我们对Liu等人的担忧。 我们得到了以下 PLoS出版道德团队高级编辑的回复:

来自Xiao等人的电子邮件.

28月XNUMX日, 首席生物科学编辑 自然 (以下)用“我们非常认真地对待这些问题,并将非常仔细地调查您提出的问题”的关键词回答。 

30月XNUMX日,Xiao等人。 最后 公开发布 他们的原始扩增子序列数据。 然而,截至本文发表之时,Xiao等人提交的扩增子序列数据。 缺少实际的原始数据文件,该文件将允许其他人组装和验证他们的穿山甲冠状病毒基因组序列。

仍然需要解决的重要问题: 

  1. 穿山甲冠状病毒是真的吗? 的标题 Xiao等人的图1e。 指出:“在透射电子显微镜图像的双膜囊泡中观察到病毒颗粒,该图像取自接种了一只穿山甲的均质化肺组织上清液的Vero E6细胞培养物,其形态指示冠状病毒。” 如果肖等。 分离出穿山甲冠状病毒,他们是否会与中国以外的研究人员共享分离出的病毒样本? 这对于验证这种病毒是否确实存在并来自穿山甲组织很有帮助。
  2. 在2020年甚至是2019年的早期 刘等。, 肖等。, 林等。张等人。 知道他们将基于相同的数据集发布结果吗?
    一种。 是否考虑到有人在18月20日进行预印,而在XNUMX月XNUMX月XNUMX日进行预印呢?
    b。 为什么刘等人。 (2019)不会在将其序列存储在NCBI数据库中之日将其序列读取存档数据公开访问吗? 他们为什么要等到22年2020月XNUMX日才公开穿山甲冠状病毒序列数据。
    C。 在刘等人。 2019年 病毒 数据已于22年2020月XNUMX日在NCBI上发布,这些数据是否可供中国其他研究人员使用? 如果是这样,穿山甲冠状病毒测序数据存储在什么数据库上,谁可以访问,什么时候存放和访问数据?
  3. 作者是否将在一项独立调查中合作以追踪这些穿山甲样品的来源,以查看是否可以在2年2019月至XNUMX月的一批走私动物中找到更多的SARS-CoV-XNUMX样病毒,这些病毒可能以冷冻样品的形式存在,也可能是还活在广东省野生动物救援中心吗?
  4. 作者是否会合作进行独立调查,以了解走私者(被监禁还是被罚款并放手?)是否因经常接触这些病毒而具有SARS病毒抗体?