Nature and PLoS Pathogens thăm dò tính xác thực khoa học của các nghiên cứu quan trọng liên kết coronavirus ở tê tê với nguồn gốc của SARS-CoV-2

In E-mail Chia sẻ Tweet

Đăng ký để nhận thông tin cập nhật từ Blog về mối nguy sinh học.

Bởi Sainath Suryanarayanan, Tiến sĩ 

Tại đây, chúng tôi cung cấp email của chúng tôi với các tác giả cao cấp của Liu và cộng sự.Xiao và cộng sự.và các biên tập viên của PLoS mầm bệnhThiên nhiên. Chúng tôi cũng trình bày một cuộc thảo luận chuyên sâu về các câu hỏi và mối quan tâm do những email này nêu ra, điều này làm nghi ngờ tính hợp lệ của các nghiên cứu quan trọng này về nguồn gốc của coronavirus SARS-CoV-2 mới gây ra COVID-19. Xem báo cáo của chúng tôi về những email này, Tính hợp lệ của các nghiên cứu chính về nguồn gốc của coronavirus còn nghi ngờ; tạp chí khoa học điều tra (11.9.20)


Liên lạc qua email với Tiến sĩ Cận Bình Chen, tác giả cao cấp của Liu et al:


Các email của Tiến sĩ Cận Bình Chen nêu lên một số mối quan tâm và câu hỏi: 

1– Liu và cộng sự. (2020) đã tập hợp trình tự bộ gen coronavirus tê tê được công bố dựa trên coronavirus được lấy mẫu từ ba con tê tê, hai mẫu từ một lô nhập lậu vào tháng 2019 năm 2019 và một mẫu từ một lô khác bị chặn vào tháng 2019 năm 2019. Cơ sở dữ liệu của Trung tâm Thông tin Công nghệ Sinh học Quốc gia (NCBI) , nơi các nhà khoa học được yêu cầu lưu trữ dữ liệu trình tự để đảm bảo xác minh độc lập và khả năng tái tạo của các kết quả đã công bố, chứa dữ liệu lưu trữ đọc trình tự (SRA) cho hai mẫu tháng 9 năm 573298 nhưng thiếu dữ liệu cho mẫu tháng 12809952 năm 12809953. Khi được hỏi về mẫu còn thiếu này, mà Tiến sĩ Cận Bình Trần xác định là F12809954, Tiến sĩ Cận Bình Trần nói: “Dữ liệu thô của ba mẫu này có thể được tìm thấy theo số gia nhập NCBI PRJNAXNUMX và ID mẫu sinh học là SAMNXNUMX, SAMNXNUMX và SAMNXNUMX, hơn nữa, cá nhân (F9) từ các lô khác nhau cũng tích cực, dữ liệu thô có thể được xem trong NCBI SRA SUB 7661929, sẽ sớm được phát hành vì chúng tôi có một MS khác (đang được xem xét)”(Nhấn mạnh của chúng tôi).

Liên quan đến Liu et al. chưa công bố dữ liệu tương ứng với 1 trong 3 mẫu tê tê mà họ đã sử dụng để lắp ráp trình tự bộ gen coronavirus của tê tê. Tiến sĩ Cận Bình Chen cũng không chia sẻ dữ liệu này khi được hỏi. Tiêu chuẩn trong khoa học là xuất bản và / hoặc chia sẻ tất cả dữ liệu cho phép người khác xác minh và tái tạo kết quả một cách độc lập. Như thế nào PLoS mầm bệnh hãy để Liu và cộng sự. né tránh xuất bản dữ liệu mẫu quan trọng? Tại sao Tiến sĩ Cận Bình Trần không chia sẻ dữ liệu liên quan đến mẫu tê tê thứ ba này? Tại sao Liu et al. muốn công bố dữ liệu chưa được công bố liên quan đến mẫu tê tê thứ ba này như một phần của nghiên cứu khác đã được gửi cho một tạp chí khác? Mối quan tâm ở đây là các nhà khoa học sẽ phân bổ sai mẫu tê tê bị mất tích từ Liu et al. đối với một nghiên cứu khác, khiến những người khác sau đó khó lần ra các chi tiết quan trọng về mẫu tê tê này, chẳng hạn như bối cảnh mà mẫu tê tê được thu thập.

2– Tiến sĩ Cận Bình Trần phủ nhận rằng Liu et al. có bất kỳ mối quan hệ nào với Xiao et al.'s (2020) Thiên nhiên học. Ông viết: “Chúng tôi đã gửi bài báo về mầm bệnh PLOS vào ngày 14 tháng 2020 năm 12 trước tờ Nature (Tài liệu tham khảo 16 trong bài báo về mầm bệnh PLOS của chúng tôi, họ đã gửi vào ngày 2020 tháng 2 năm XNUMX kể từ ngày gửi trên Nature), bài báo về mầm bệnh PLOS của chúng tôi giải thích rằng SARS-Cov-XNUMX không phải trực tiếp từ tê tê coronavirus và tê tê không phải là vật chủ trung gian. Chúng tôi biết công việc của họ sau cuộc họp báo tin tức của họ vào ngày 7 tháng 2020 năm XNUMX, và chúng tôi có ý kiến ​​khác với họ, hai bài báo còn lại (Virus và Thiên nhiên) đã được liệt kê trong bài báo về mầm bệnh PLOS như là bài báo tham khảo (tham chiếu số 10 và 12), chúng tôi là các nhóm nghiên cứu khác với các tác giả bài báo Nature và không có mối quan hệ nào với nhauchúng tôi đã lấy mẫu với thông tin mẫu chi tiết từ trung tâm cứu hộ động vật hoang dã Quảng Đông với sự giúp đỡ của Jiejian Zou và Fanghui Hou là đồng tác giả của chúng tôi và chúng tôi không biết các mẫu của tờ Nature từ đâu. ” (nhấn mạnh của chúng tôi)

Những điểm sau đây làm dấy lên nghi ngờ về tuyên bố của Tiến sĩ Chen ở trên: 

a– Liu và cộng sự. (2020), Xiao và cộng sự (2020) và Liu và cộng sự. (2019) đã chia sẻ các tác giả sau: Ping Liu và Cận Bình Chen là tác giả của năm 2019 Virus giấy và năm 2020 PLoS mầm bệnh , tác giả cấp cao Wu Chen trên Xiao et al. (2020) là đồng tác giả của năm 2019 Virus và Jiejian Zhou và Fanghui Hou là tác giả của cả Xiao et al. và Liu và cộng sự. 

b– Cả hai bản thảo đều được gửi tới máy chủ in trước công cộng bioRxiv cùng ngày: 20/2020/XNUMX. 

c– Xiao và cộng sự. “Các mẫu tê tê được đổi tên lần đầu tiên được Liu et al. [2019] Vi rút mà không trích dẫn nghiên cứu của họ là bài báo gốc mô tả các mẫu này và sử dụng dữ liệu đo lường từ các mẫu này trong phân tích của chúng ”(Chan và Zhan). 

d– Bộ gen coronavirus của tê tê đầy đủ của Liu et al. là Giống nhau 99.95% ở cấp độ nucleotide của bộ gen coronavirus của tê tê được công bố bởi Xiao et al. Làm thế nào có thể Liu et al. đã tạo ra toàn bộ bộ gen giống đến 99.95% (chỉ chênh lệch ~ 15 nucleotide) với Xiao và cộng sự. mà không cần chia sẻ bộ dữ liệu và phân tích?

Khi các nhóm nghiên cứu khác nhau độc lập đưa ra các kết luận giống nhau về một câu hỏi nghiên cứu nhất định, điều đó làm tăng đáng kể khả năng là sự thật của các tuyên bố có liên quan. Mối quan tâm ở đây là Liu et al. và Xiao et al. không phải là các nghiên cứu được tiến hành độc lập như Tiến sĩ Chen đã tuyên bố. Có sự phối hợp nào giữa Liu và cộng sự không. và Xiao et al. liên quan đến phân tích và các ấn phẩm của họ? Nếu vậy, mức độ và bản chất của sự phối hợp đó là gì? 

3– Tại sao Liu et al. không công bố công khai dữ liệu giải trình tự amplicon thô mà họ đã sử dụng để lắp ráp bộ gen coronavirus của tê tê? Nếu không có dữ liệu thô này, bộ gen coronavirus của tê tê được tập hợp bởi Liu và cộng sự, những người khác không thể xác minh và tái tạo độc lập kết quả của Liu và cộng sự. Như đã đề cập trước đó, tiêu chuẩn trong khoa học là xuất bản và / hoặc chia sẻ tất cả dữ liệu cho phép người khác xác minh và tái tạo kết quả một cách độc lập. Chúng tôi đã yêu cầu Tiến sĩ Jingping Chen chia sẻ dữ liệu trình tự amplicon thô của Liu et al. Ông phản hồi bằng cách chia sẻ kết quả trình tự sản phẩm RT-PCR của Liu et al., đây không phải là dữ liệu amplicon thô được sử dụng để lắp ráp bộ gen coronavirus của tê tê. Tại sao Tiến sĩ Cận Bình Trần lại miễn cưỡng công bố dữ liệu thô cho phép những người khác xác minh độc lập phân tích của Liu và cộng sự.

4- Liu và cộng sự. Virus (2019) được xuất bản vào tháng 2019 năm XNUMX và các tác giả của nó đã lưu trữ dữ liệu SRA coronavirus ở tê tê (lưu trữ đọc trình tự) dữ liệu SRA của họ với NCBI vào ngày 23, 2019, nhưng đã đợi cho đến khi Tháng Một 22, 2020 để làm cho dữ liệu này có thể truy cập công khai. Các nhà khoa học thường phát hành dữ liệu trình tự bộ gen thô trên cơ sở dữ liệu có thể truy cập công khai càng sớm càng tốt sau khi công bố nghiên cứu của họ. Phương pháp này đảm bảo rằng những người khác có thể truy cập, xác minh và sử dụng dữ liệu đó một cách độc lập. Tại sao Liu et al. 2019 đợi 4 tháng để dữ liệu SRA của họ có thể truy cập công khai? Tiến sĩ Cận Bình Trần đã chọn không trả lời trực tiếp câu hỏi này của chúng tôi trong phản hồi của ông vào ngày 9 tháng 2020 năm XNUMX.

Chúng tôi cũng đã liên hệ với Tiến sĩ Stanley Perlman, PLoS mầm bệnh Biên tập viên của Liu et al. và đó là những gì anh ấy đã nói.

Đáng chú ý, Tiến sĩ Perlman thừa nhận rằng:

  • “PLoS Pathogens đang điều tra bài báo này chi tiết hơn” 
  • Anh ấy “đã không xác minh tính xác thực của mẫu tháng 2019 năm XNUMX trong quá trình đánh giá ngang hàng trước khi xuất bản”
  • “[C] quan tâm đến sự giống nhau giữa hai nghiên cứu [Liu et al. và Xiao et al.] chỉ được đưa ra ánh sáng sau khi cả hai nghiên cứu đã được công bố. "
  • Anh ấy “không thấy bất kỳ dữ liệu amplicon nào trong quá trình đánh giá ngang hàng. Các tác giả đã cung cấp một số gia nhập cho bộ gen được lắp ráp… mặc dù sau khi xuất bản, người ta thấy rằng số gia nhập được liệt kê trong Tuyên bố về Tính sẵn có của bài báo là không chính xác. Lỗi này và các câu hỏi xung quanh dữ liệu trình tự nguyên contig hiện đang được giải quyết như một phần của trường hợp sau khi xuất bản. "

Khi chúng tôi liên hệ PLoS mầm bệnh với mối quan tâm của chúng tôi về Liu et al. chúng tôi có những thứ sau đây phản hồi từ Biên tập viên cấp cao của nhóm Đạo đức Xuất bản PLoS:

Email từ Xiao et al.

Vào ngày 28 tháng XNUMX, Trưởng ban biên tập khoa học sinh học của Thiên nhiên đã trả lời (bên dưới) với cụm từ chính "chúng tôi rất coi trọng những vấn đề này và sẽ xem xét vấn đề bạn nêu ra bên dưới rất cẩn thận." 

Vào ngày 30 tháng XNUMX, Xiao et al. cuối cùng phát hành công khai dữ liệu trình tự amplicon thô của chúng. Tuy nhiên, trước khi xuất bản phần này, dữ liệu trình tự amplicon do Xiao et al. đang thiếu các tệp dữ liệu thô thực tế có thể cho phép những người khác tập hợp và xác minh trình tự bộ gen coronavirus của tê tê.

Các câu hỏi quan trọng vẫn cần được giải quyết: 

  1. Coronavirus tê tê có thật không? Chú thích cho Hình 1e trong Xiao et al. cho biết: “Các hạt virut được nhìn thấy trong các túi màng kép trong hình ảnh kính hiển vi điện tử truyền qua lấy từ nuôi cấy tế bào Vero E6 được cấy với phần nổi của mô phổi đồng nhất từ ​​một con tê tê, với hình thái biểu thị của coronavirus.” Nếu Xiao et al. đã phân lập được coronavirus tê tê, liệu họ có chia sẻ mẫu virus đã phân lập được với các nhà nghiên cứu bên ngoài Trung Quốc không? Điều này có thể đi một chặng đường dài để xác minh rằng loại virus này thực sự tồn tại và đến từ mô tê tê.
  2. Đầu năm 2020 hoặc thậm chí năm 2019, Liu và cộng sự., Xiao và cộng sự., Lam và cộng sự.Zhang và cộng sự. biết rằng họ sẽ xuất bản kết quả dựa trên cùng một tập dữ liệu?
    a. Có bất kỳ sự phối hợp nào xem xét rằng một bản in trước ngày 18 tháng 20 và ba bản in trước ngày XNUMX tháng XNUMX không?
    b. Tại sao Liu et al. (2019) không làm cho chuỗi của họ đọc dữ liệu lưu trữ có thể truy cập công khai vào ngày họ gửi nó vào cơ sở dữ liệu của NCBI? Tại sao họ phải đợi đến ngày 22 tháng 2020 năm XNUMX mới công khai dữ liệu trình tự coronavirus ở tê tê này.
    c. Trước khi Liu et al. 2019 Virus dữ liệu được phát hành trên NCBI vào ngày 22 tháng 2020 năm XNUMX, các nhà nghiên cứu khác ở Trung Quốc có thể truy cập dữ liệu này không? Nếu vậy, dữ liệu giải trình tự coronavirus tê tê được lưu trên cơ sở dữ liệu nào, ai có quyền truy cập và dữ liệu được lưu trữ và truy cập khi nào?
  3. Liệu các tác giả có hợp tác trong một cuộc điều tra độc lập để theo dõi nguồn gốc của những mẫu tê tê này để xem liệu có thể tìm thấy thêm vi rút giống SARS-CoV-2 trong các lô động vật nhập lậu từ tháng 2019 đến tháng XNUMX năm XNUMX hay không — có thể tồn tại dưới dạng mẫu đông lạnh hoặc vẫn còn sống trong Trung tâm cứu hộ động vật hoang dã Quảng Đông?
  4. Và liệu các tác giả có hợp tác trong một cuộc điều tra độc lập để xem liệu những kẻ buôn lậu (họ có bị bỏ tù hay bị phạt và thả ra không?) Có kháng thể vi rút SARS do tiếp xúc thường xuyên với những vi rút này không?