Nature ve PLoS Patojenleri, pangolin koronavirüslerini SARS-CoV-2'nin kökenine bağlayan önemli çalışmaların bilimsel doğruluğunu araştırıyor

Print E-posta adresi paylaş Twitter

Için kaydolun Biohazards Blogundan güncellemeler alın.

Sainath Suryanarayanan, PhD tarafından 

Burada, e-postalarımızı kıdemli yazarlara veriyoruz Liu vd. ve Xiao vd.ve editörleri PLoS Patojenleri ve Doğa. Ayrıca, COVID-2'a neden olan yeni koronavirüs SARS-CoV-19'nin kökenine ilişkin bu önemli çalışmaların geçerliliğini şüpheye düşüren bu e-postaların ortaya koyduğu soru ve endişelerin derinlemesine bir tartışmasını da sunuyoruz. Bu e-postalarla ilgili raporlarımıza bakın, Şüpheli koronavirüsün kökenine ilişkin anahtar çalışmaların geçerliliği; bilim dergileri araştırıyor 'e Tıklayın (11.9.20)


Dr. Jinping Chen ile e-posta iletişimleriLiu ve diğerlerinin kıdemli yazarı:


Dr. Jinping Chen'in e-postaları bir dizi endişe ve soruyu gündeme getiriyor: 

1– Liu ve diğerleri. (2020), yayınladıkları pangolin koronavirüs genom dizisini, üç pangolinden örneklenen koronavirüslere dayanarak, Mart 2019'da kaçak bir partiden iki örnek ve Temmuz 2019'da ele geçirilen farklı bir partiden bir örnek oluşturdu. Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi (NCBI) veritabanı Bilim insanlarının, yayınlanan sonuçların bağımsız olarak doğrulanmasını ve tekrar üretilebilirliğini sağlamak için sıra verilerini yatırmaları gereken durumlarda, Mart 2019'daki iki numunenin sıralı okuma arşivi (SRA) verilerini içerir, ancak Temmuz 2019 örneğine ilişkin veriler eksiktir. Dr. Jinping Chen'in F9 olarak tanımladığı bu eksik örnek sorulduğunda, Dr. Jinping Chen şunları söyledi: "Bu üç örneğin ham verileri NCBI erişim numarası PRJNA573298 altında bulunabilir ve BioSample kimliği SAMN12809952, SAMN12809953 ve SAMN12809954, dahası, farklı partiden bireysel (F9) da pozitifti, ham veriler NCBI SRA SUB 7661929'da görülebilir, yakında başka bir Üye Devletimiz olduğu için yayınlanacak (inceleniyor)”(Vurgumuz).

Liu ve ark. pangolin koronavirüs genom dizisini oluşturmak için kullandıkları 1 pangolin örneğinden 3'ine karşılık gelen verileri yayınlamamışlardır. Dr. Jinping Chen de sorulduğunda bu verileri paylaşmadı. Bilimdeki norm, başkalarının sonuçları bağımsız olarak doğrulamasına ve yeniden üretmesine izin verecek tüm verileri yayınlamak ve / veya paylaşmaktır. Nasıl PLoS Patojenleri Liu ve ark. önemli örnek verileri yayınlamaktan kaçınmak mı? Dr. Jinping Chen neden bu üçüncü pangolin örneğiyle ilgili verileri paylaşmıyor? Liu ve ark. Bu üçüncü pangolin örneğine ait yayınlanmamış verileri farklı bir dergiye gönderilen başka bir çalışmanın parçası olarak yayınlamak ister misiniz? Buradaki endişe, bilim adamlarının Liu ve diğerlerinden gelen kayıp pangolin örneğini yanlış atfetmeleridir. pangolin örneğinin toplandığı bağlam gibi bu pangolin örneği hakkında diğerlerinin daha sonra önemli ayrıntıları izlemesini zorlaştıran farklı bir çalışma.

2– Dr. Jinping Chen, Liu ve ark. Xiao ve diğerlerinin (2020) Doğa ders çalışma. Şöyle yazdı: “PLOS Patojenleri makalemizi, PLOS patojenleri makalemiz olan Doğa makalemizden (PLOS patojenleri makalemizdeki Referans 14'yi 2020 Şubat 12'de Nature dergisine sundukları) önce 16 Şubat 2020'de gönderdik SARS-Cov-2'nin doğrudan pangolin koronavirüsten olmadığını ve pangolinin ara konakçı olmadığını açıklayın. 7 Şubat 2020 haber brifinginden sonra çalışmalarını biliyorduk.ve onlarla farklı görüşlere sahibiz, diğer iki makale (Virüsler ve Doğa) PLOS Patojen belgesinde referans belgeleri olarak listelenmiştir (referans numarası 10 ve 12), Nature makalesi yazarlarından farklı araştırma gruplarıyız ve birbirimizle hiçbir ilişki yok, ve Ortak yazarlarımız olarak Jiejian Zou ve Fanghui Hou'dan yardım alarak Guangdong vahşi yaşam kurtarma merkezinden ayrıntılı örnek bilgileri içeren örnekler aldık ve Nature makalesinin örneklerinin nereden geldiğini bilmiyoruz.. " (vurgular)

Aşağıdaki noktalar, Dr. Chen'in yukarıdaki iddiaları hakkında şüpheler uyandırmaktadır: 

a– Liu ve diğerleri. (2020), Xiao ve diğerleri (2020) ve Liu ve diğerleri. (2019) aşağıdaki yazarları paylaştı: Ping Liu ve Jinping Chen, 2019'da yazarlardı. Virüsler kağıt ve 2020 PLoS Patojenleri makale, kıdemli yazar Wu Chen, Xiao ve ark. (2020), 2019'un ortak yazarıydı Virüsler makale ve Jiejian Zhou ve Fanghui Hou, Xiao ve ark. ve Liu vd. 

b- Her iki el yazması da genel ön baskı sunucusuna yatırıldı bioRxiv aynı tarihte: 20 Şubat 2020. 

c– Xiao ve diğerleri. “Yeniden adlandırılmış pangolin örnekleri ilk olarak Liu ve ark. [2019] Virüsler, çalışmalarını, bu örnekleri tanımlayan ve analizlerinde bu örneklerden elde edilen metagenomik verileri kullanan orijinal makale olarak göstermeden ”(Chan ve Zhan). 

d– Liu ve diğerlerinin tam pangolin koronavirüs genomu % 99.95 aynı Xiao ve ark. tarafından yayınlanan tam pangolin koronavirüs genomuna nükleotid seviyesinde. Liu ve ark. Xiao ve ark. ile% 99.95 özdeş (sadece ~ 15 nükleotid farkı) olan bütün bir genom üretti. veri kümelerini ve analizleri paylaşmadan mı?

Farklı araştırma grupları bağımsız olarak belirli bir araştırma sorusu hakkında benzer sonuçlara vardıklarında, ilgili iddiaların gerçek olma olasılığını önemli ölçüde artırır. Buradaki endişe, Liu ve ark. ve Xiao vd. Dr. Chen tarafından iddia edildiği gibi bağımsız olarak yürütülen çalışmalar değildi. Liu ve diğerleri arasında herhangi bir koordinasyon var mıydı? ve Xiao vd. analizleri ve yayınlarıyla ilgili? Öyleyse, bu koordinasyonun kapsamı ve niteliği neydi? 

3– Liu ve ark. pangolin koronavirüs genomlarını oluşturmak için kullandıkları ham amplikon dizileme verilerini kamuya açık hale getirmiyor mu? Bu ham veriler olmadan, Liu ve diğerleri tarafından bir araya getirilen pangolin koronavirüs genomu, diğerleri Liu ve diğerlerinin sonuçlarını bağımsız olarak doğrulayamaz ve çoğaltamaz. Daha önce de belirtildiği gibi, bilimdeki norm, başkalarının sonuçları bağımsız olarak doğrulamasına ve yeniden üretmesine izin verecek tüm verileri yayınlamak ve / veya paylaşmaktır. Dr. Jingping Chen'den Liu ve diğerlerinin ham amplikon dizisi verilerini paylaşmasını istedik. Liu ve diğerlerinin, pangolin koronavirüs genomunu oluşturmak için kullanılan ham amplikon verileri olmayan RT-PCR ürün dizisi sonuçlarını paylaşarak yanıt verdi. Dr. Jinping Chen, başkalarının Liu ve diğerlerinin analizini bağımsız olarak doğrulamasına izin verecek ham verileri yayınlamakta neden isteksiz?

4- Liu vd. Virüsler (2019) Ekim 2019'da yayınlandı ve yazarları, pangolin koronavirüsü (dizi okuma arşivi) SRA verilerini NCBI ile depoladılar Eylül 23, 2019 üzerindeama bekledi Ocak 22, 2020 bu verileri halka açık hale getirmek için. Bilim adamları tipik olarak, çalışmalarının yayınlanmasından sonra mümkün olan en kısa sürede halka açık veri tabanlarında ham genomik dizi verilerini yayınlar. Bu uygulama, başkalarının bu tür verilere bağımsız olarak erişmesini, doğrulamasını ve kullanmasını sağlar. Liu ve ark. 2019, SRA verilerini herkese açık hale getirmek için 4 ay mı bekleyecek? Dr. Jinping Chen, 9 Kasım 2020'deki cevabında bu sorumuzu doğrudan cevaplamamayı seçti.

Dr. Stanley Perlman ile de temasa geçtik. PLoS Patojenleri Liu ve ark. ve bu onun söylemek zorunda olduğu şey.

Dr. Perlman, özellikle şunları kabul etti:

  • "PLoS Patojenleri bu makaleyi daha ayrıntılı olarak araştırıyor" 
  • "Yayın öncesi akran değerlendirmesi sırasında Temmuz 2019 örneğinin doğruluğunu doğrulamadı"
  • “[C] iki çalışma arasındaki benzerlik hakkında endişeler [Liu et al. ve Xiao ve ark.] ancak her iki çalışma da yayınlandıktan sonra gün ışığına çıktı. "
  • Akran değerlendirmesi sırasında herhangi bir amplikon verisi görmedi. Yazarlar, birleştirilmiş genom için bir erişim numarası sağladılar… ancak yayınlandıktan sonra makalenin Veri Kullanılabilirliği Beyanında listelenen erişim numarasının yanlış olduğu ortaya çıktı. Bu hata ve ham bitişik sıralama verileriyle ilgili sorular şu anda yayın sonrası vakanın bir parçası olarak ele alınmaktadır. "

İletişim kurduğumuzda PLoS Patojenleri Liu ve ark. aşağıdakileri aldık PLoS Yayın Etiği ekibinin Kıdemli Editörünün yanıtı:

Xiao ve diğerlerinden e-postalar.

Ekim ayında, 28 Biyolojik Bilimler Baş Editörü Doğa (aşağıda) "bu konuları çok ciddiye alıyoruz ve aşağıda belirttiğiniz konuyu çok dikkatli bir şekilde inceleyeceğiz" şeklinde yanıt verdi. 

30 Ekim'de Xiao ve ark. en sonunda halka açık ham amplikon dizisi verileri. Bununla birlikte, bu parçanın yayınlanması itibariyle Xiao ve diğerleri tarafından sunulan amplikon dizisi verileri. başkalarının pangolin koronavirüs genom dizisini bir araya getirip doğrulamasına izin verecek gerçek ham veri dosyaları eksik.

Ele alınması gereken önemli sorular kalır: 

  1. Pangolin koronavirüsleri gerçek mi? İçin başlık Şekil 1e, Xiao ve ark. "Viral partiküller, bir pangolinden homojenize edilmiş akciğer dokusunun süpernatantı ile aşılanan Vero E6 hücre kültüründen alınan ve morfoloji koronavirüsü gösteren çift membranlı veziküllerde görülüyor." Xiao ve ark. pangolin koronavirüsünü izole ettiler, izole edilmiş virüs örneğini Çin dışındaki araştırmacılarla paylaşırlar mı? Bu, bu virüsün gerçekten var olduğunu ve pangolin dokusundan geldiğini doğrulamak için uzun bir yol kat edebilir.
  2. 2020'de ve hatta 2019'da ne kadar erken Liu vd., Xiao vd., Lam vd. ve Zhang ve diğ. aynı veri setine dayalı sonuçları yayınlayacaklarının farkında mı?
    a. Birinin 18 Şubat'ta, üçünün 20 Şubat'ta önceden basıldığını düşünen herhangi bir koordinasyon var mıydı?
    b. Liu ve ark. (2019), NCBI'nin veritabanına kaydettikleri tarihte sıralı okuma arşiv verilerini kamuya açık hale getirmiyor mu? Bu pangolin koronavirüs dizisi verilerini halka açık hale getirmek için neden 22 Ocak 2020'ye kadar beklediler?
    c. Liu ve ark. 2019 Virüsler veriler 22 Ocak 2020'de NCBI'de yayınlandı, bu veriler Çin'deki diğer araştırmacılar tarafından erişilebilir miydi? Eğer öyleyse, pangolin koronavirüs sekanslama verileri hangi veri tabanında depolanıyordu, kimin erişimi vardı ve veriler ne zaman depolandı ve erişilebilir hale getirildi?
  3. Yazarlar, Mart-Temmuz 2 kaçakçılığı yapılan hayvan gruplarında daha fazla SARS-CoV-2019 benzeri virüs bulunup bulunmadığını görmek için bu pangolin örneklerinin kaynağını izlemek için bağımsız bir araştırmada işbirliği yapacaklar mı? Guangdong Vahşi Yaşam Kurtarma Merkezi'nde hala yaşıyor musunuz?
  4. Ve yazarlar, bu virüslere düzenli olarak maruz kalan kaçakçıların SARS virüsü antikorlarına sahip olup olmadığını görmek için bağımsız bir araştırmada işbirliği yapacaklar mı?