Ang kalikasan at PLoS Pathogens ay nagsisiyasat ng pang-agham na katotohanan ng mga pangunahing pag-aaral na nag-uugnay sa mga pangolin coronavirus sa pinagmulan ng SARS-CoV-2

Print Email magbahagi tiririt

Mag-sign up sa makatanggap ng mga update mula sa Biohazards Blog.

Ni Sainath Suryanarayanan, PhD 

Dito, nagbibigay kami ng aming mga email sa mga nakatatandang may-akda ng Liu et al. at Xiao et al., at ang mga editor ng Mga PLoS Pathogens at Kalikasan. Nagpapakita din kami ng isang malalim na talakayan tungkol sa mga katanungan at alalahanin na itinaas ng mga email na ito, na nagdududa sa bisa ng mga pangunahing pag-aaral na ito sa pinagmulan ng nobelang coronavirus na SARS-CoV-2 na sanhi ng COVID-19. Tingnan ang aming pag-uulat sa mga email na ito, Ang bisa ng mga pangunahing pag-aaral sa pinagmulan ng coronavirus na may pag-aalinlangan; pag-iimbestiga ng mga journal sa agham (11.9.20)


Mga komunikasyon sa email kay Dr. Jinping Chen, nakatatandang may-akda ng Liu et al:


Ang mga email ni Dr. Jinping Chen ay nagtataas ng maraming mga alalahanin at katanungan: 

1– Liu et al. (2020) tipunin ang kanilang nai-publish na pagkakasunud-sunod ng genom ng pangolin coronavirus batay sa mga coronavirus na naka-sample mula sa tatlong mga pangolin, dalawang sample mula sa isang smuggled na batch noong Marso 2019, at isang sample mula sa iba't ibang batch na naharang noong Hulyo 2019. Ang National Center for Biotechnology Information (NCBI) database , kung saan kinakailangan ng mga siyentista na magdeposito ng data ng pagkakasunud-sunod upang matiyak ang independiyenteng pag-verify at muling paggawa ng nai-publish na mga resulta, naglalaman ng data ng pagkakasunud-sunod na nabasa na archive (SRA) para sa dalawang sample ng Marso 2019 ngunit nawawalang data para sa sample na Hulyo 2019 Nang tanungin tungkol sa nawawalang sampol na ito, na kinilala ni Dr. Jinping Chen bilang F9, sinabi ni Dr. Jinping Chen: "Ang hilaw na data ng tatlong sampol na ito ay maaaring matagpuan sa ilalim ng numero ng accession ng NCBI na PRJNA573298, at ang BioSample ID ay SAMN12809952, SAMN12809953, at SAMN12809954, saka, indibidwal (F9) mula sa magkakaibang batch ay positibo din, ang raw data ay makikita sa NCBI SRA SUB 7661929, na ilalabas sa lalong madaling panahon para mayroon kaming isa pang MS (sa ilalim ng pagsusuri)”(Aming diin).

Ito ay tungkol sa Liu et al. ay hindi nai-publish na data na naaayon sa 1 sa 3 mga sample ng pangolins na ginamit nila upang tipunin ang kanilang pagkakasunod-sunod sa genom ng pangolin coronavirus. Hindi rin ibinahagi ni Dr. Jinping Chen ang data na ito nang tanungin. Ang pamantayan sa agham ay upang mai-publish at / o ibahagi ang lahat ng data na magpapahintulot sa iba na malayang i-verify at kopyahin ang mga resulta. Paano Mga PLoS Pathogens hayaan mo Liu et al. umiwas sa pag-publish ng mahalagang data ng sample? Bakit hindi nagbabahagi si Dr. Jinping Chen ng data na nauugnay sa pangatlong sample na ito? Bakit Liu et al. nais na palabasin ang hindi nai-publish na data na nauukol sa pangatlong sample na ito ng pangolin bilang bahagi ng isa pang pag-aaral na naisumite sa ibang journal? Ang pag-aalala dito ay ang maling paggamit ng mga siyentista sa nawawalang sample ng pangolin mula sa Liu et al. sa ibang pag-aaral, na ginagawang mahirap para sa iba na sumunod sa mahahalagang detalye tungkol sa sample ng pangolin na ito, tulad ng konteksto kung saan nakolekta ang sample ng pangolin.

2– Itinanggi ni Dr. Jinping Chen na Liu et al. ay nagkaroon ng anumang relasyon sa Xiao et al.'s (2020) Kalikasan mag aral. Sumulat siya: "Isinumite namin ang aming PLOS Pathogens paper noong Peb.14, 2020 bago ang papel ng Kalikasan (ang Sanggunian 12 sa aming PLOS pathogens paper, isinumite nila noong Peb.16, 2020 mula sa kanilang petsa ng pagsumite sa Kalikasan), ang aming PLOS pathogens paper ipaliwanag na ang SARS-Cov-2 ay hindi mula sa pangolin coronavirus nang direkta at ang pangolin ay hindi bilang intermediate host. Alam namin ang kanilang gawain matapos ang kanilang pag-uulat sa balita noong Peb. 7, 2020, at magkakaiba kami ng mga opinyon sa kanila, ang iba pang dalawang papel (Mga Virus at Kalikasan) ay nakalista sa papel na PLOS Pathogen bilang mga sangguniang papel (sanggunian bilang 10 at 12), magkaiba kami ng mga pangkat ng pagsasaliksik mula sa mga may-akda ng Nature paper, at walang kaugnayan sa bawat isa, at kumuha kami ng mga sample na may detalyeng impormasyong sampol mula sa Guangdong wildlife rescue center na may mga tulong mula kina Jiejian Zou at Fanghui Hou bilang aming mga kapwa may-akda at hindi namin alam kung saan nanggaling ang mga sample ng papel ng Kalikasan. " (aming binibigyang diin)

Ang mga sumusunod na puntos ay nagtataas ng mga pagdududa tungkol sa mga pag-angkin ni Dr. Chen sa itaas: 

a– Liu et al. (2020), Xiao et al (2020) at Liu et al. (2019) ibinahagi ang mga sumusunod na may-akda: Sina Ping Liu at Jinping Chen ay mga may-akda noong 2019 Virus papel at ang 2020 Mga PLoS Pathogens papel, nakatatandang may-akdang si Wu Chen sa Xiao et al. (2020) ay isang kapwa may-akda ng 2019 Virus papel, at Jiejian Zhou at Fanghui Hou ay may-akda sa parehong Xiao et al. at Liu et al. 

b– Ang parehong mga manuskrito ay idineposito sa pampublikong preprint server bioRxiv sa parehong petsa: Pebrero 20, 2020. 

c– Xiao et al. "Pinalitan ang pangalan ng mga sample ng pangolin na unang inilathala ni Liu et al. [2019] Mga virus na hindi binanggit ang kanilang pag-aaral bilang orihinal na artikulo na naglalarawan sa mga sample na ito, at ginamit ang data ng metagenomic mula sa mga sampol na ito sa kanilang pagtatasa ”(Sina Chan at Zhan). 

d– Ang buong pangolin coronavirus genome ni Liu et al. ay 99.95% magkapareho sa antas ng nucleotide hanggang sa buong pangolin genonavirus genome na inilathala ng Xiao et al. Paano Liu et al. ay gumawa ng isang buong genome na 99.95% magkapareho (tanging ~ 15 pagkakaiba ng mga nucleotide) kay Xiao et al. nang hindi nagbabahagi ng mga database at pagsusuri?

Kapag ang magkakaibang mga pangkat ng pagsasaliksik ay nakapag-iisa nakarating sa magkatulad na hanay ng mga konklusyon tungkol sa isang naibigay na tanong sa pananaliksik, makabuluhang pinapataas nito ang posibilidad ng katotohanan ng mga kasangkot na mga paghahabol. Ang pag-aalala dito ay ang Liu et al. at Xiao et al. ay hindi independiyenteng nagsagawa ng mga pag-aaral tulad ng inaangkin ni Dr. Chen. Mayroon bang koordinasyon sa pagitan ng Liu et al. at Xiao et al. patungkol sa kanilang analysis at publication? Kung gayon, ano ang lawak at kalikasan ng koordinasyon na iyon? 

3– Bakit ginawa ni Liu et al. hindi gawing publiko sa publiko ang raw data ng pagkakasunud-sunod ng amplicon na ginamit nila upang tipunin ang kanilang pangolin coronavirus genome? Kung wala ang hilaw na data na ito, ang pangolin coronavirus genome na binuo ni Liu et al., Ang iba ay hindi maaaring independiyenteng i-verify at kopyahin ang mga resulta ng Liu et al. Tulad ng nabanggit kanina, ang pamantayan sa agham ay upang mai-publish at / o ibahagi ang lahat ng data na magpapahintulot sa iba na malayang i-verify at kopyahin ang mga resulta. Tinanong namin kay Dr. Jingping Chen na ibahagi ang data ng pagkakasunud-sunod ng hilaw na Liu et al. Tumugon siya sa pamamagitan ng pagbabahagi ng mga resulta sa pagkakasunud-sunod ng produkto ng RT-PCR ni Liu et al, na hindi ang raw data ng amplicon na ginamit upang tipunin ang pangolin coronavirus genome. Bakit nag-aatubili si Dr. Jinping Chen na palabasin ang hilaw na data na magpapahintulot sa iba na malayang i-verify ang pagsusuri ni Liu et al.

4- Liu et al. Mga Virus (2019) ay nai-publish noong Oktubre 2019 at ang mga may-akda nito ay na-deposito ang kanilang pangolin coronavirus (pagkakasunud-sunod na basahin ang archive) data ng SRA kasama ang NCBI on September 23, 2019, ngunit naghintay hanggang Enero 22, 2020 upang gawing naa-access sa publiko ang data na ito. Karaniwang naglalabas ang mga siyentipiko ng raw na data ng pagkakasunud-sunod ng genomic sa mga database na naa-access ng publiko sa lalong madaling panahon pagkatapos na mailathala ang kanilang pag-aaral. Tinitiyak ng kasanayang ito na ang iba ay maaaring malayang mag-access, ma-verify at magamit ang naturang data. Bakit Liu et al. 2019 maghintay ng 4 na buwan upang ma-access ng publiko ang kanilang data ng SRA? Pinili ni Dr. Jinping Chen na hindi direktang sagutin ang katanungang ito sa kanyang tugon noong Nobyembre 9, 2020.

Nakipag-ugnay din kami kay Dr. Stanley Perlman, Mga PLoS Pathogens Editor ng Liu et al. at ito ang sinabi niya.

Kapansin-pansin, kinilala ni Dr. Perlman na:

  • "Sinisiyasat ng PLoS Pathogens ang papel na ito nang mas detalyado" 
  • Hindi niya "napatunayan ang katotohanan ng sample na Hulyo 2019 sa pre-publication na pagsusuri ng kapwa"
  • "[C] oncerns tungkol sa pagkakapareho sa pagitan ng dalawang pag-aaral [Liu et al. at Xiao et al.] napakita lamang matapos mailathala ang parehong pag-aaral. ”
  • Siya ay "hindi nakakita ng anumang data ng amplicon habang sinusuri ang peer. Ang mga may-akda ay nagbigay ng isang numero ng pag-access para sa naipong genome ... bagaman pagkatapos ng paglalathala napag-alaman na ang numero ng pag-access na nakalista sa Pahayag ng Pagiging Magagamit ng Data ng artikulo ay hindi tama. Ang error na ito at mga katanungan sa paligid ng raw na data ng pagkakasunud-sunod ng contig ay kasalukuyang tinutugunan bilang bahagi ng kaso ng post-publication. "

Nang makipag-ugnay sa amin Mga PLoS Pathogens kasama ang aming mga alalahanin tungkol sa Liu et al. nakuha namin ang sumusunod tugon mula sa Senior Editor ng koponan ng Ethics Publication Ethics ng PLoS:

Ang mga email mula sa Xiao et al.

Sa Oktubre 28, ang Punong Editor ng Agham Biolohiko ng Kalikasan Sumagot (sa ibaba) na may susi na pariralang "sineseryoso namin ang mga isyung ito at titingnan namin ang bagay na iyong itinaas sa ibaba nang maingat." 

Noong Oktubre 30, Xiao et al. sa wakas pinalabas ng publiko ang kanilang raw data ng pagkakasunud-sunod ng amplicon. Gayunpaman, tulad ng paglalathala ng piraso na ito, ang data ng pagkakasunud-sunod ng amplicon na isinumite ni Xiao et al. nawawala ang aktwal na hilaw na mga file ng data na magpapahintulot sa iba na magtipun-tipon at i-verify ang kanilang pagkakasunod-sunod sa genom ng pangolin coronavirus.

Ang mga mahahalagang katanungan ay mananatili na kailangang tugunan: 

  1. Totoo ba ang mga pangolin coronavirus? Ang caption para sa Larawan 1e sa Xiao et al. nakasaad: "Ang mga partikulo ng viral ay nakikita sa mga double-membrane vesicle sa paghahatid ng imahe ng electron microscopy na kinuha mula sa kulturang cell ng Vero E6 na inoculate ng supernatant ng homogenized lung tissue mula sa isang pangolin, na may morphology na nagpapahiwatig ng coronavirus." Kung si Xiao et al. ihiwalay ang pangolin coronavirus, ibabahagi ba nila ang nakahiwalay na sample ng virus sa mga mananaliksik sa labas ng Tsina? Malayo ito upang mapapatunayan na ang virus na ito ay talagang mayroon at nagmula sa pangolin tissue.
  2. Gaano kaaga ang 2020, o kahit 2019, Liu et al., Xiao et al., Lam et al. at Zhang et al. may kamalayan na sila ay maglalathala ng mga resulta batay sa parehong dataset?
    a. Mayroon bang koordinasyon na isinasaalang-alang na ang isa ay na-print noong Pebrero 18 at tatlo ang na-preprint noong Pebrero 20?
    b. Bakit Liu et al. (2019) hindi ginawang publikasyon na ma-access ng publiko ang kanilang pagkakasunud-sunod sa petsa ng kanilang pagdeposito sa database ng NCBI? Bakit sila naghintay hanggang Enero 22, 2020 upang gawing pampubliko ang data ng pagkakasunud-sunod na pangolin coronavirus na ito.
    c. Bago ang Liu et al. 2019 Virus ang data ay inilabas sa NCBI noong Enero 22, 2020, na-access ba ang data na ito sa iba pang mga mananaliksik sa Tsina? Kung gayon, anong database ang data ng pagkakasunud-sunod ng pangolin coronavirus na nakaimbak sa, sino ang may access, at kailan idineposito at ginawang ma-access ang data?
  3. Makikipagtulungan ba ang mga may-akda sa isang independiyenteng pagsisiyasat upang subaybayan ang pinagmulan ng mga sample ng pangolin na ito upang makita kung mas maraming mga virus na tulad ng SARS-CoV-2 ang matatagpuan sa Marso hanggang Hulyo 2019 na mga grupo ng mga smuggled na hayop-na maaaring mayroon bilang mga nakapirming sample o maging buhay pa rin sa Guangdong Wildlife Rescue Center?
  4. At makikipagtulungan ba ang mga may-akda sa isang independiyenteng pagsisiyasat upang makita kung ang mga smuggler (nabilanggo ba sila? O pinamulta at pinakawalan?) Ay mayroong mga antibodies ng SARS virus mula sa regular na pagkakalantad sa mga virus na ito?