Asili na vimelea vya magonjwa ya PLoS huchunguza ukweli wa kisayansi wa tafiti muhimu zinazounganisha virusi vya pangolini na asili ya SARS-CoV-2

magazeti Barua pepe Kushiriki Tweet

Ingia hadi pokea sasisho kutoka kwa Blogi ya Biohazards.

Na Sainath Suryanarayanan, PhD 

Hapa, tunatoa barua pepe zetu na waandishi wakuu wa Liu et al. na Xiao et al., na wahariri wa Vimelea vya PLoS na Nature. Tunatoa pia majadiliano ya kina juu ya maswali na wasiwasi ulioibuliwa na barua pepe hizi, ambazo zinaweka shaka kwa uhalali wa masomo haya muhimu juu ya asili ya riwaya ya coronavirus SARS-CoV-2 inayosababisha COVID-19. Tazama ripoti yetu kwenye barua pepe hizi, Uhalali wa masomo muhimu juu ya asili ya coronavirus bila shaka; majarida ya sayansi yakichunguza (11.9.20)


Mawasiliano ya barua pepe na Dk. Jinping Chen, mwandishi mwandamizi wa Liu et al:


Barua pepe za Dk Jinping Chen zinaleta wasiwasi na maswali kadhaa: 

1- Liu et al. (2020) walikusanya mlolongo wao uliochapishwa wa pangolin coronavirus genome kulingana na coronaviruses zilizochukuliwa sampuli kutoka kwa pangolini tatu, sampuli mbili kutoka kwa kundi la magendo mnamo Machi 2019, na sampuli moja kutoka kwa kundi tofauti lililokamatwa mnamo Julai 2019. Hifadhidata ya Kituo cha Kitaifa cha Habari za Bioteknolojia (NCBI) , ambapo wanasayansi wanahitajika kuweka data ya mlolongo ili kuhakikisha uthibitishaji huru na kuzaa tena kwa matokeo yaliyochapishwa, ina data ya mlolongo wa kusoma kumbukumbu (SRA) ya sampuli mbili za Machi 2019 lakini inakosa data ya sampuli ya Julai 2019. Baada ya kuulizwa juu ya sampuli hii iliyokosekana, ambayo Dakta Jinping Chen anatambulisha kama F9, Dakta Jinping Chen alisema: "Takwimu ghafi za sampuli hizi tatu zinaweza kupatikana chini ya nambari ya nyongeza ya NCBI PRJNA573298, na kitambulisho cha BioSample kilikuwa SAMN12809952, SAMN12809953, na SAMN12809954, zaidi ya hayo, mtu binafsi (F9) kutoka kwa kundi tofauti pia alikuwa mzuri, data ghafi inaweza kuonekana katika NCBI SRA SUB 7661929, ambayo itatolewa hivi karibuni kwa kuwa tuna MS nyingine (inakaguliwa)”(Mkazo wetu).

Ni kuhusu Liu et al. hawajachapisha data inayolingana na sampuli 1 ya pangolini 3 ambazo walitumia kukusanya mlolongo wao wa genome ya pangolin coronavirus. Dk Jinping Chen pia hakushiriki data hii akiulizwa. Kawaida katika sayansi ni kuchapisha na / au kushiriki data yote ambayo itawawezesha wengine kujithibitisha na kuzaa matokeo kwa uhuru. Vipi Vimelea vya PLoS basi Liu et al. epuka kuchapisha data muhimu ya sampuli? Kwa nini Dk Jinping Chen hashiriki data inayohusu sampuli hii ya tatu ya pangolin? Kwa nini Liu et al. unataka kutoa data ambayo haijachapishwa inayohusu sampuli hii ya tatu ya pangolini kama sehemu ya utafiti mwingine ambao umewasilishwa kwa jarida tofauti? Wasiwasi hapa ni kwamba wanasayansi wangesambaza vibaya sampuli ya pangolini iliyokosekana kutoka kwa Liu et al. kwa utafiti tofauti, ikifanya iwe ngumu kwa wengine baadaye kufuatilia maelezo muhimu juu ya sampuli hii ya pangolini, kama vile muktadha ambao sampuli ya pangolini ilikusanywa.

Daktari Jinping Chen alikataa kwamba Liu et al. wamekuwa na uhusiano wowote na Xiao et al.'s (2) Nature kusoma. Aliandika: "Tuliwasilisha karatasi yetu ya PLOS Pathogens mnamo Februari 14, 2020 kabla ya jarida la Nature (Rejea 12 katika karatasi yetu ya vimelea vya PLOS, waliwasilisha mnamo Februari 16, 2020 kutoka tarehe yao ya kuwasilisha katika Asili), karatasi yetu ya vimelea vya PLOS eleza kuwa SARS-Cov-2 haitokani na pangolin coronavirus moja kwa moja na pangolini sio kama mwenyeji wa kati. Tulijua kazi yao baada ya mkutano wao wa habari mnamo Februari 7, 2020, na tuna maoni tofauti nao, nyaraka zingine mbili (Virusi na Asili) zimeorodheshwa kwenye karatasi ya PLOS Pathogen kama karatasi za kumbukumbu (nambari ya kumbukumbu 10 na 12), sisi ni vikundi tofauti vya utafiti kutoka kwa waandishi wa karatasi ya Asili, na hakuna uhusiano kati yao, na tulichukua sampuli na maelezo ya sampuli ya kina kutoka kituo cha uokoaji cha wanyamapori cha Guangdong na msaada kutoka kwa Jiejian Zou na Fanghui Hou kama waandishi wenzetu na hatujui sampuli za karatasi ya Asili zimetoka wapi. ” (msisitizo wetu)

Hoja zifuatazo zinaleta mashaka juu ya madai ya Dk Chen hapo juu: 

Liu et al. (2020), Xiao et al (2020) na Liu et al. (2019) walishiriki waandishi wafuatayo: Ping Liu na Jinping Chen walikuwa waandishi kwenye 2019 Virusi karatasi na 2020 Vimelea vya PLoS karatasi, mwandishi mwandamizi Wu Chen juu ya Xiao et al. (2020) alikuwa mwandishi mwenza wa 2019 Virusi karatasi, na Jiejian Zhou na Fanghui Hou walikuwa waandishi wa Xiao et al. na Liu et al. 

b- Hati zote mbili ziliwekwa kwa seva ya preprint ya umma bioRxiv tarehe hiyo hiyo: Februari 20, 2020. 

c- Xiao et al. "Sampuli zilizopewa jina la pangolin iliyochapishwa kwanza na Liu et al. [2019] Virusi bila kutaja utafiti wao kama nakala ya asili iliyoelezea sampuli hizi, na ilitumia data ya metagenomic kutoka kwa sampuli hizi katika uchambuzi wao ”(Chan na Zhan). 

d Liu et al. genome kamili ya pangolin coronavirus ni 99.95% sawa katika kiwango cha nyukleidi kwa genome kamili ya pangolin coronavirus iliyochapishwa na Xiao et al. Vipi Liu et al. wamezalisha genome nzima ambayo ni 99.95% sawa (tu ~ 15 tofauti ya nyukleotidi) kwa Xiao et al. bila kugawana hifadhidata na uchambuzi?

Wakati vikundi tofauti vya utafiti vinafikia kwa hiari katika seti sawa za hitimisho juu ya swali lililopewa la utafiti, inaongeza sana uwezekano wa ukweli wa madai yaliyohusika. Wasiwasi hapa ni kwamba Liu et al. na Xiao et al. hayakufanywa masomo ya kujitegemea kama ilivyodaiwa na Dk Chen. Kulikuwa na uratibu wowote kati ya Liu et al. na Xiao et al. kuhusu uchambuzi wao na machapisho? Ikiwa ndivyo, uratibu huo ulikuwa wa kiwango gani na asili gani? 

Kwa nini Liu et al. haifanyi kupatikana kwa umma data mbichi ya mpangilio wa ampuloni ambayo walikuwa wakitumia kukusanya genome yao ya pangolin coronavirus? Bila data hii mbichi, genome ya pangolin coronavirus iliyokusanywa na Liu et al., Wengine hawawezi kudhibitisha na kuzaa matokeo ya Liu et al. Kama ilivyoelezwa hapo awali, kawaida katika sayansi ni kuchapisha na / au kushiriki data yote ambayo itawawezesha wengine kujithibitisha na kuzaa matokeo kwa uhuru. Tulimwuliza Dk Jingping Chen kushiriki data ya mlolongo mbichi ya Liu et al. Alijibu kwa kushiriki matokeo ya mlolongo wa bidhaa za Liu et al.RT-PCR, ambazo sio data ghafi ya amplicon inayotumika kukusanya genome ya pangolin coronavirus. Kwa nini Dk Jinping Chen anasita kutoa data ghafi ambayo itawawezesha wengine kujithibitisha kwa uchambuzi wa Liu et al.

4- Liu et al. Virusi (2019) ilichapishwa mnamo Oktoba 2019 na waandishi wake walikuwa wameweka pangolin coronavirus yao (mlolongo wa kusoma kumbukumbu) data ya SRA na NCBI Septemba 23, 2019, lakini alisubiri hadi Januari 22, 2020 kufanya data hii ipatikane hadharani. Wanasayansi kawaida hutoa data mbichi ya mlolongo wa genomic kwenye hifadhidata zinazopatikana hadharani haraka iwezekanavyo baada ya uchapishaji wa masomo yao. Mazoezi haya yanahakikisha kuwa wengine wanaweza kupata, kudhibiti na kutumia data hizo kwa uhuru. Kwa nini Liu et al. 2019 subiri miezi 4 ili kufanya data zao za SRA zipatikane hadharani? Dk Jinping Chen alichagua kutojibu moja kwa moja swali letu hili katika jibu lake mnamo Novemba 9, 2020.

Tuliwasiliana pia na Dk. Stanley Perlman, Vimelea vya PLoS Mhariri wa Liu et al. na hiki ndicho alichopaswa kusema.

Daktari Perlman alikiri kwamba:

  • "Wadudu wa magonjwa wa PLoS wanachunguza nakala hii kwa undani zaidi" 
  • Yeye "hakuthibitisha ukweli wa sampuli ya Julai 2019 wakati wa ukaguzi wa wenzao kabla ya kuchapishwa"
  • "[C] wasiwasi kuhusu kufanana kati ya masomo mawili [Liu et al. na Xiao et al.] ilibainika tu baada ya masomo yote kuchapishwa. ”
  • Yeye "hakuona data yoyote ya amplicon wakati wa kukagua rika. Waandishi walitoa nambari ya nyongeza kwa genome iliyokusanyika… ingawa baada ya kuchapishwa iligundua kuwa nambari ya nyongeza iliyoorodheshwa katika Taarifa ya Upataji wa Takwimu hiyo sio sahihi. Kosa hili na maswali karibu na data mbichi ya upangaji wa contig kwa sasa yanashughulikiwa kama sehemu ya kesi ya baada ya kuchapishwa. "

Tulipowasiliana Vimelea vya PLoS na wasiwasi wetu kuhusu Liu et al. tulipata yafuatayo majibu kutoka kwa Mhariri Mwandamizi wa Timu ya Maadili ya Uchapishaji ya PLoS:

Barua pepe kutoka Xiao et al.

Mnamo Oktoba 28, the Mhariri Mkuu wa Sayansi ya Baiolojia wa Nature alijibu (hapa chini) na kifungu kikuu "tunachukulia maswala haya kwa umakini na tutaangalia jambo unaloliinua hapa chini kwa uangalifu sana." 

Mnamo Oktoba 30, Xiao et al. mwishowe iliyotolewa hadharani data zao mbichi za mlolongo. Walakini, kama uchapishaji wa kipande hiki, data ya mlolongo wa amplicon iliyowasilishwa na Xiao et al. inakosa faili halisi za data ambazo zinaweza kuwaruhusu wengine kukusanyika na kudhibitisha mlolongo wa genome ya virusi vya pangolin coronavirus.

Maswali muhimu yanabaki ambayo yanahitaji kushughulikiwa: 

  1. Je! Virusi vya pangolini ni kweli? Manukuu ya Kielelezo 1e katika Xiao et al. inasema: "Chembe za virusi zinaonekana kwenye vidonda vyenye utando-dufu kwenye picha ya darubini ya elektroni iliyochukuliwa kutoka kwa tamaduni ya seli ya Vero E6 iliyochomwa na supernatant ya tishu za mapafu zenye homogeniki kutoka kwa pangolini moja, na morpholojia inayoonyesha coronavirus." Ikiwa Xiao et al. walitenga coronavirus ya pangolin, wangeshiriki sampuli ya virusi iliyotengwa na watafiti nje ya China? Hii inaweza kwenda mbali kuhakikisha kuwa virusi hivi vipo na ilitoka kwa tishu za pangolini.
  2. Jinsi mapema katika 2020, au hata 2019, walikuwa Liu et al., Xiao et al., Lam et al. na Zhang et al. kujua kwamba wangekuwa wakichapisha matokeo kulingana na hifadhidata sawa?
    a. Kulikuwa na uratibu wowote ikizingatiwa kuwa moja ilichapishwa mnamo Februari 18 na tatu zilichapishwa mnamo Februari 20?
    b. Kwa nini Liu et al. (2019) hawafanyi mlolongo wao kusoma data ya kumbukumbu ikipatikana hadharani kwa tarehe waliyoiweka kwenye hifadhidata ya NCBI? Kwa nini walingoja hadi Januari 22, 2020 kufanya hii data ya mlolongo wa pangolin coronavirus kuwa ya umma.
    c. Kabla ya Liu et al. 2019 Virusi data ilitolewa kwa NCBI mnamo Januari 22, 2020, je! data hii ilipatikana kwa watafiti wengine nchini China? Ikiwa ndivyo, ni data gani iliyofuatilia data ya mpangilio wa pangolin coronavirus iliyohifadhiwa, ni nani aliye na ufikiaji, na ni lini data hiyo iliwekwa na kupatikana?
  3. Je! Waandishi watashirikiana katika uchunguzi huru kufuatilia chanzo cha sampuli hizi za pangolini ili kuona ikiwa virusi zaidi vya SARS-CoV-2-kama vinaweza kupatikana katika mafungu ya wanyama wa magendo ya Machi hadi Julai 2019 — ambayo yanaweza kuwepo kama sampuli zilizohifadhiwa bado uko hai katika Kituo cha Uokoaji cha Wanyamapori cha Guangdong?
  4. Je! Waandishi watashirikiana katika uchunguzi huru kuona ikiwa wafanyabiashara ya magendo (walifungwa? Au walitozwa faini na kuachiliwa?) Wana kingamwili za virusi vya SARS kutoka kwa kuambukizwa mara kwa mara na virusi hivi?