Natur och PLoS-patogener undersöker vetenskaplig riktighet hos nyckelstudier som kopplar pangolin coronavirus till ursprunget till SARS-CoV-2

Skriva ut E-post Dela Tweeta

Anmäl dig till få uppdateringar från Biohazards Blog.

Av Sainath Suryanarayanan, doktor 

Här tillhandahåller vi våra e-postmeddelanden med seniorförfattare av Liu et al. och Xiao et al.och redaktörerna för PLoS-patogener och Natur. Vi presenterar också en fördjupad diskussion om de frågor och problem som tas upp i dessa e-postmeddelanden, vilket tvivlar på giltigheten av dessa nyckelstudier om ursprunget till det nya koronaviruset SARS-CoV-2 som orsakar COVID-19. Se vår rapportering om dessa e-postmeddelanden, Giltigheten hos nyckelstudier om koronavirus är i tvivel; vetenskapliga tidskrifter som undersöker (11.9.20)


E-postkommunikation med Dr. Jinping Chen, seniorförfattare till Liu et al:


Dr. Jinping Chens e-postmeddelanden väcker ett antal problem och frågor: 

1– Liu et al. (2020) samlade sin publicerade pangolin coronavirus-genomssekvens baserad på coronavirus samplade från tre pangoliner, två prover från ett smugglat parti i mars 2019 och ett prov från en annan batch som fångades upp i juli 2019. National Center for Biotechnology Information (NCBI) databas , där forskare måste deponera sekvensdata för att säkerställa oberoende verifiering och reproducerbarhet av publicerade resultat, innehåller sekvensläst arkivdata (SRA) för de två mars 2019-proverna men saknar data för juli 2019-provet. När han frågades om detta saknade prov, som Dr. Jinping Chen identifierar som F9, uppgav Dr. Jinping Chen: ”Rådata för dessa tre prover kunde hittas under NCBI: s anslutningsnummer PRJNA573298, och BioSample ID var SAMN12809952, SAMN12809953 och SAMN12809954, dessutom, individ (F9) från olika satser var också positiv, rådata kan ses i NCBI SRA SUB 7661929, som släpps snart för vi har ytterligare en MS (under granskning)”(Vår betoning).

Det gäller Liu et al. har inte publicerat data som motsvarar en av de tre pangolinsproverna som de använde för att samla sin pangolin coronavirus-genomsekvens. Dr. Jinping Chen delade inte heller dessa uppgifter när han blev tillfrågad. Normen inom vetenskapen är att publicera och / eller dela all data som gör det möjligt för andra att självständigt verifiera och återge resultaten. Hur gjorde PLoS-patogener låt Liu et al. undvika att publicera viktiga exempeldata? Varför delar Dr. Jinping Chen inte data som hör till detta tredje pangolinprov? Varför skulle Liu et al. Vill du släppa opublicerade uppgifter om detta tredje pangolinprov som en del av en annan studie som har skickats till en annan tidskrift? Oron här är att forskare skulle felattributera det saknade pangolinprovet från Liu et al. till en annan studie, vilket gör det svårt för andra att därefter spåra viktiga detaljer om detta pangolinprov, till exempel i vilket sammanhang pangolinprovet samlades in.

2– Dr. Jinping Chen förnekade att Liu et al. har haft någon relation med Xiao et al. (2020) Natur studie. Han skrev: ”Vi skickade in vårt PLOS-patogenpapper den 14 februari 2020 före Nature-papperet (referens 12 i vårt PLOS-patogenpapper, de skickade in den 16 februari 2020 från deras inlämningsdatum i Nature), vårt PLOS-patogenpapper förklara att SARS-Cov-2 inte är direkt från pangolin coronavirus och pangolin inte som mellanliggande värd. Vi kände till deras arbete efter deras nyhetsrapport den 7 februari 2020, och vi har olika åsikter med dem, de andra två artiklarna (Virus och Nature) har listats i PLOS Pathogen-papperet som referenspapper (referensnummer 10 och 12), vi är olika forskargrupper från naturpappersförfattare och det finns ingen relation med varandraoch Vi tog prover med detaljerad provinformation från Guangdong djurlivsredningscenter med hjälp från Jiejian Zou och Fanghui Hou som våra medförfattare och vi vet inte var proverna från Nature-papperet kommer ifrån. ” (våra betoning)

Följande punkter väcker tvivel om Dr. Chens påståenden ovan: 

a– Liu et al. (2020), Xiao et al (2020) och Liu et al. (2019) delade följande författare: Ping Liu och Jinping Chen var författare på 2019 Virus papper och 2020 PLoS-patogener papper, seniorförfattare Wu Chen om Xiao et al. (2020) var medförfattare till 2019 Virus papper, och Jiejian Zhou och Fanghui Hou var författare på både Xiao et al. och Liu et al. 

b– Båda manuskriptet deponerades på den offentliga förtrycksservern bioRxiv samma datum: 20 februari 2020. 

c– Xiao et al. ”Bytt namn på pangolinprover först publicerade av Liu et al. [2019] Virus utan att nämna sin studie som den ursprungliga artikeln som beskrev dessa prover, och använde metagenomiska data från dessa prover i sin analys ”(Chan och Zhan). 

d– Liu et al. är fullständigt genom av pangolin coronavirus 99.95% identiska vid nukleotidnivån till det fullständiga pangolin-coronavirus-genomet publicerat av Xiao et al. Hur kunde Liu et al. har producerat ett helt genom som är 99.95% identiskt (endast ~ 15 nukleotidskillnad) med Xiao et al. utan att dela datamängder och analyser?

När olika forskargrupper oberoende kommer fram till liknande uppsättningar av slutsatser om en given forskningsfråga ökar det sannolikheten för sanningen för de inblandade påståendena. Oron här är att Liu et al. och Xiao et al. utfördes inte oberoende studier enligt Dr. Chen. Var det någon samordning mellan Liu et al. och Xiao et al. om deras analys och publikationer? Om så är fallet, vad var omfattningen och karaktären av den samordningen? 

3– Varför gjorde Liu et al. inte offentliggöra de råa amplikonsekvenseringsdata som de använde för att montera sitt genom av pangolin coronavirus? Utan dessa rådata kan pangolin coronavirus-genomet som samlats av Liu et al., Andra inte oberoende verifiera och reproducera resultaten av Liu et al. Som tidigare nämnts är normen i vetenskapen att publicera och / eller dela all data som gör det möjligt för andra att självständigt verifiera och reproducera resultaten. Vi bad Dr. Jingping Chen att dela Liu et al.: S råa amplikonsekvensdata. Han svarade genom att dela Liu et al.: S RT-PCR-produktsekvensresultat, som inte är de råa amplikondata som används för att montera genomet av pangolin coronavirus. Varför är Dr. Jinping Chen ovillig att släppa rådata som gör det möjligt för andra att självständigt verifiera Liu et al.s analys.

4 Liu et al. Virus (2019) publicerades i oktober 2019 och dess författare hade deponerat sina pangolin coronavirus (sekvensläst arkiv) SRA-data hos NCBI september 23, 2019, men väntade till Januari 22, 2020 för att göra dessa uppgifter offentligt tillgängliga. Forskare släpper vanligtvis råa genomiska sekvensdata på offentligt tillgängliga databaser så snart som möjligt efter publiceringen av sina studier. Denna praxis säkerställer att andra oberoende kan komma åt, verifiera och använda sådan information. Varför gjorde Liu et al. 2019 vänta 4 månader på att göra deras SRA-data offentligt tillgängliga? Dr. Jinping Chen valde att inte svara direkt på denna fråga i vårt svar den 9 november 2020.

Vi kom också i kontakt med Dr. Stanley Perlman, PLoS-patogener Redaktör för Liu et al. och det här var vad han hade att säga.

Framför allt erkände Dr Perlman att:

  • ”PLoS Pathogens undersöker denna uppsats mer detaljerat” 
  • Han ”verifierade inte riktigheten i juli 2019-urvalet under peer review före publicering”
  • ”[C] oro över likheten mellan de två studierna [Liu et al. och Xiao et al.] kom fram när båda studierna hade publicerats. ”
  • Han ”såg inga amplikondata under peer review. Författarna gav ett anslutningsnummer för det sammansatta genomet ... även om det efter publicering kom fram att anslutningsnumret som anges i artikelns datatillgänglighetsförklaring är felaktigt. Det här felet och frågorna kring de råa sekvensuppgifterna för contig behandlas för närvarande som en del av fallet efter publicering. ”

När vi kontaktade PLoS-patogener med våra bekymmer om Liu et al. vi har följande svar från seniorredaktören för PLoS-teamet för publikationsetik:

E-post från Xiao et al.

Den 28 oktober, den Chief Biological Sciences Redaktör för Natur svarade (nedan) med nyckelfrasen "vi tar dessa frågor på allvar och kommer att undersöka ärendet du tar upp mycket noggrant." 

Den 30 oktober förklarade Xiao et al. till sist offentligt släppt deras råa amplikonsekvensdata. Emellertid, från och med publiceringen av denna bit, har amplikonsekvensdata som lämnats in av Xiao et al. saknas de faktiska rådatafilerna som gör det möjligt för andra att montera och verifiera deras pangolin coronavirus genomssekvens.

Viktiga frågor kvarstår som måste tas upp: 

  1. Är pangolin coronavirus riktiga? Bildtexten för Figur 1e i Xiao et al. säger: "Virala partiklar ses i dubbelmembranblåsor i överföringselektronmikroskopbilden taget från Vero E6-cellodling inokulerad med supernatanten av homogeniserad lungvävnad från en pangolin, med morfologi som indikerar koronavirus." Om Xiao et al. isolerade pangolin coronavirus, skulle de dela det isolerade virusprovet med forskare utanför Kina? Detta kan gå långt för att verifiera att detta virus faktiskt existerar och kommer från pangolinvävnad.
  2. Hur tidigt 2020 eller till och med 2019 var Liu et al., Xiao et al., Lam et al. och Zhang et al. medveten om att de skulle publicera resultat baserat på samma dataset?
    a. Fanns det någon samordning med tanke på att en var förtryckt den 18 februari och tre var förtryckta den 20 februari?
    b. Varför gjorde Liu et al. (2019) inte göra deras sekvenslästa arkivdata offentligt tillgängliga samma dag som de deponerade dem på NCBI: s databas? Varför väntade de till den 22 januari 2020 med att offentliggöra denna pangolin coronavirus-sekvensdata.
    c. Innan Liu et al. 2019 Virus data släpptes på NCBI den 22 januari 2020, var dessa uppgifter tillgängliga för andra forskare i Kina? Om så är fallet, vilken databas lagrades sekvenseringsdata för pangolin coronavirus på, vem hade åtkomst och när deponerades och gjordes informationen?
  3. Kommer författarna att samarbeta i en oberoende undersökning för att spåra källan till dessa pangolinprover för att se om fler SARS-CoV-2-liknande virus kan hittas i partier av smugglade djur i mars till juli 2019 - som kan finnas som frysta prover eller vara fortfarande lever i Guangdong Wildlife Rescue Center?
  4. Och kommer författarna att samarbeta i en oberoende utredning för att se om smugglarna (fängslades eller fick böter och släpptes?) Har SARS-virusantikroppar från regelbunden exponering för dessa virus?