Biohazards News Tracker: Bästa artiklar om SARS-CoV-2 ursprung, biolabs och vinst av funktionsforskning

Skriva ut E-post Dela Tweeta

Här är en läslista om vad som är känt och inte känt om ursprunget till SARS-CoV-2, olyckor och läckage vid biosäkerhets- och biovarlaboratorier, och hälsoriskerna med GOF-forskning, som syftar till att öka värdområdet, överförbarheten, infektiviteten eller patogeniciteten hos potentiella pandemiska patogener. USA: s rätt att veta är bedriva forskning om dessa ämnen och publicera resultaten i vår Biohazards Blog.

Denna läslista är ett pågående arbete. Vi kommer att uppdatera det. Vänligen skicka avläsningar som vi kanske har missat till Sainath Suryanarayanan kl sainath@usrtk.org.

Ämnen (släpplänkar)

Senaste artiklarna

Wall Street Journal. Covid-19 Origin Investigation. Redaktionen. 23 januari 2021.

Newsweek. Peking måste komma rent om COVID-19 Origins | Åsikt. Jamie Metzl. 22 januari 2021

CNET. Den vridna, röriga jakten på COVID-19s ursprung och laboratorietätheten. Jackson Ryan. 19 januari 2021.

Wall Street Journal. Världen behöver en verklig utredning om Covid-19s ursprung. Alina Chan och Matt Ridley. 15 januari 2021.

Nature Medicine. Om ursprunget till SARS-CoV-2. Angela Rasmussen. 13 januari 2021.

Direkt. Vi vet fortfarande inte var Covid-19 kom ifrån. Faye Flam. 12 januari 2021.

New York Magazine. Lab-läcka hypotesen. Nicholson Baker. 4 januari 2021.

BBC. Covid: Wuhan-forskare skulle "välkomna" besöket probing lab leak theory. John Sudworth. 22 december 2020.

The Times. Biologiskt vapenlaboratorium läckt ut coronavirus, hävdar amerikansk tjänsteman. Didi Tang. 4 januari 2021.

Associated Press. Kina klämmer fast i dold jakt efter koronavirusursprung. Dake Kang, Maria Cheng och Sam McNeil. 30 december 2020.

The New York Times. 25 dagar som förändrade världen: Hur Covid-19 släppte Kinas grepp. Chris Buckley, David D. Kirkpatrick, Amy Qin och Javier C. Hernández. 30 december 2020.

The New York Times. Kinesisk medborgarjournalist dömd till 4 år för Covid-rapportering. Vivian Wang. 28 december 2020.

Vad är ursprunget till SARS-CoV-2?

Proceedings of the National Academy of Sciences. För att stoppa nästa pandemi måste vi reda ut ursprunget till COVID-19. David A. Relman. November 3, 2020.

Bulletin of the atom scientists. Uppstod SARS-CoV-2-viruset från ett forskningsprogram för bat coronavirus i ett kinesiskt laboratorium? Mycket möjligt. Milton Leitenberg. 4 juni 2020.

Washington Post. Utrikesdepartementets kablar varnade för säkerhetsfrågor vid Wuhan-labbet som studerade koronavirus från bat. Josh Rogin. 14 april 2020.

Houston Chronicle. UTMB-forskare erkänner säkerhetsrisker vid kinesiska laboratorier som gör coronavirusforskning. Nick Powell. 23 april 2020. 

The Wall Street Journal. NIH pressar amerikanska ideella organisationer för information om Wuhan virologilaboratorium. Betsy McKay. 19 augusti 2020.  

The Wall Street Journal. Så var kom viruset ifrån? Matt Ridley. 29 maj 2020. 

Franska nationella centret för vetenskaplig forskning (CNRS). Ursprunget till SARS-CoV-2 ifrågasätts på allvar. Yaroslav Pigenet. 9 november 2020.

The Times. Hur började Covid-19? Jakten på patientens noll har fastnat i en sammandrabbning av stormakter. Tom Whipple. 31 december 2020.

Boston Magazine. Kunde COVID-19 ha rymt från ett laboratorium? Rowan Jacobsen. 9 september 2020. 

Natur. Det största mysteriet: vad som krävs för att spåra koronaviruskällan. David Cyranoski. 5 juni 2020.

Newsweek. De kontroversiella experimenten och Wuhan-laboratoriet misstänkt för att starta koronaviruspandemin. Fred Guterl, Naveed Jamali och Tom O'Connor. 27 april 2020.

The Washington Post. Utrikesdepartementet släpper kabeln som lanserades hävdar att koronavirus flydde från det kinesiska labbet. John Hudson och Nate Jones. 17 juli 2020. 

Telegrafen. Forskare undersöker möjligheten att Covid läckte ut från laboratoriet som en del av utredningen av virusets ursprung. Paul Nuki. 15 september 2020.  

NBC News. Rapporten säger att mobildata föreslår avstängning i oktober i Wuhan-labbet, men experter är skeptiska. Ken Dilanian, Ruaridh Arrow, Courtney Kube, Carol E. Lee, Louise Jones och Lorand Bodo. 9 maj 2020. 

Washington Post. Hur började covid-19? Dess ursprungliga historia är skakig. David Ignatius. 2 april 2020.

The Times. Avslöjd: Sju års coronavirusspår från gruvedöd till ett Wuhan-laboratorium. George Arbuthnott, Jonathan Calvert och Philip Sherwell. 4 juli 2020.

South China Morning Post. WHO: s coronavirusdetektiver ser på Wuhan-marknaden som oupptäckta kartytor. John Power och Simone McCarthy. 15 december 2020.

South China Morning Post. Coronavirus: Världshälsoorganisationens Wuhan-sond letar inte efter 'skyldiga' parter. Agence France-Presse. 24 december 2020.

BBC. Wuhan: tystnadens stad; Letar du efter svar på den plats där coronavirus startade. John Sudworth. Juli 2020.

The New York Times, 8 frågor från en sjukdomsdetektiv om pandemiens ursprung. William J. Broad. 8 juli 2020.

Vetenskap. Ett WHO-ledat uppdrag kan undersöka pandemiens ursprung. Här är de viktigaste frågorna att ställa. Jon Cohen. 10 juli 2020.

The New York Times. I Hunt for Virus Source, Vem låter Kina ta ansvar. Selam Gebrekidan, Matt Apuzzo, Amy Qin och . November 2, 2020.

The Washington Post. Coronavirusets ursprung är fortfarande ett mysterium. Vi behöver en fullständig utredning. Redaktionen. 14 november 2020.

Oberoende. Coronavirus: Tidigare MI6-chef påstår att pandemi "började som olycka" i det kinesiska laboratoriet. Andy Gregory. 4 juni 2020.

The Wall Street Journal. I sällsynta drag bekräftar amerikanska underrättelsebyråer att de undersöker om koronavirus uppstod från laboratorieolyckor. Warren P. Strobel och Dustin Volz. 30 april 2020.

The Wall Street Journal. Kinas fladdermössexpert säger att hennes Wuhan-laboratorium inte var källa till nytt koronavirus. James T. Areddy. 21 april 2020.

ABC News. Tyvärr, konspirationsteoretiker. Studien drar slutsatsen att COVID-19 'inte är en laboratoriekonstruktion'. Kate Holland. 27 mars 2020. 

The Economist. Pusselbitarna från Covid-19s ursprung kommer fram. Maj 2, 2020. 

The Wall Street Journal. Wuhan labteori. Redaktionen. 6 maj 2020. 

The Guardian. Ignorera konspirationsteorierna: Forskare vet att Covid-19 inte skapades i ett laboratorium. Peter Daszak. 9 juni 2020. 

The Daily Telegraph. Forskare säger att COVID-19 kan ha kokats upp i labbet. Sharri Markson. 1 juni 2020.

Science. Trump är skyldig oss en ursäkt. Kinesisk forskare i centrum för COVID-19 ursprungsteorier talar. Jon Cohen. 24 juli 2020.

Science. Svar till Science Magazine: Shi Zhengli Q&A. Shi Zhengli. 15 juli 2020.

Minerva. Motstridiga uttalanden tvivlar på kinesiska rådata. Aksel Fridstrøm. 10 september 2020. 

Minerva. Den mest logiska förklaringen är att den kommer från ett laboratorium. Aksel Fridstrøm och Nils August Andresen. 2 juli 2020. 

Newsweek. Dr. Fauci stödde kontroversiellt Wuhan-laboratorium med amerikanska dollar för riskabel koronavirusforskning. Fred Guterl. 28 april 2020.

Oberoende vetenskapliga nyheter. Fallet bygger på att COVID-19 hade ett laboratorieursprung. Jonathan Latham och Allison Wilson. 5 juni 2020.

Oberoende vetenskapliga nyheter. Ett föreslaget ursprung för SARS-CoV-2 och COVID-19-pandemin. Jonathan Latham och Allison Wilson. 15 juli 2020.

federalisten. Virolog förklarar sin strävan att spåra ursprunget till COVID-19. Julian Vigo. 2 september 2020. 

Sam Husseini blogg. Fråga CDC: Är det en helt tillfällighet att Kinas enda BSL4 finns i Wuhan? Ljud och video. Sam Husseini. 17 april 2020.

GMWatch. Wuhan och amerikanska forskare använde odetekterbara metoder för genteknik på bat coronavirus. Jonathan Matthews och Claire Robinson. 20 maj 2020. 

Företagsbrottsreporter. Andrew Kimbrell om ursprunget till COVID-19. Russell Mokhiber. 11 augusti 2020.

GMWatch. Var COVID-19-viruset genetiskt konstruerat? Jonathan Matthews. 22 april 2020.

GMWatch. Varför berättar labbetet förnekare om sådana fräcka lögner? Jonathan Matthews. 17 juni 2020. 

NBC News. Inuti det kinesiska labbet centralt för sökandet efter koronavirusets ursprung. Janis Mackey Frayer och Denise Chow. 10 augusti 2020.

Avlyssningen. I sin iver att skylla Kina för Coronavirus, hindrar Trump-administrationen utredningar av pandemins ursprung. Mara Hvistendahl. Maj 19, 2020.

South China Morning Post. WHO utnämner uppställning för internationellt team som undersöker koronavirusursprung. Simone McCarthy. 25 november 2020.

Edizioni Cantagalli. Cina Covid 19. La chimera che ha cambiato il mondo (Kina COVID-19: Chimera som förändrade världen). Joseph Tritto. Augusti 2020. 

Öppenhetsfel och undertryckande av bevis avseende COVID-19

The Wall Street Journal. På marken i Wuhan, tecken på att Kina stannar sonden av coronavirus ursprung. Jeremy Page och Natasha Khan. 12 maj 2020.

The New York Times. 25 dagar som förändrade världen: Hur Covid-19 släppte Kinas grepp. Chris Buckley, David D. Kirkpatrick, Amy Qin och Javier C. Hernández. 30 december 2020.

The New York Times. Kinesisk medborgarjournalist dömd till 4 år för Covid-rapportering. Vivian Wang. 28 december 2020.

ProPublica. Läckta dokument visar hur Kinas armé med betalda internettroll hjälpte till att censurera Coronavirus. Raymond Zhong, Paul Mozur, Aaron Krolik och Jeff Kao. 19 december 2020.

The New York Times. Kina säljer falskheter för att driva tanken att viruset kommer från någon annanstans. Javier C. Hernández. 6 december 2020.

Direkt. Kina gör det svårare att lösa mysteriet om hur kovid började. December 30, 2020.

Financial Times. Kinesiska medier intensifierar kampanjen för att göra leriga undersökningar om Covid-ursprung. Christian Shepherd. 26 november 2020.

Sky News Australia. Släppta e-postmeddelanden avslöjar 'ingen sanning eller öppenhet' i brev om COVID-19s ursprung. Sharri Markson. 22 november 2020.

Olyckor, läckage, inneslutningsfel, öppenhetsfel i biosäkerhetsanläggningar

New Yorker. Riskerna med att bygga för många biolaboratorier. Elisabeth Eaves. 18 mars 2020. 

Bulletin of the atom scientists. Mänskliga fel i laboratorier med hög bioinnehåll: ett troligt pandemihot. Lynn Klotz. 25 februari 2019. 

James Martin Center för icke-spridning Studier. En guide för att undersöka utbrottets ursprung: Natur kontra laboratoriet. Richard Pilch, Miles Pomper, Jill Luster och Filippa Lentzos. Oktober 2020.

ProPublica. Här är sex olyckor som UNC-forskare hade med koronavirus som skapats av labbet. Alison Young och Jessica Blake. 17 augusti 2020. 

CBC. Kanadensisk forskare skickade dödliga virus till Wuhan-labbet månader innan RCMP bad om att undersöka. Juni 16, 2020.

Frederick News-Post. CDC-inspektionsresultat avslöjar mer om USAMRIID-forskningssuspension. Heather Mongilio. 23 november 2019. 

Centers for Disease Control and Prevention (CDC) och US Department of Agriculture. US Army Medical Research Institute of Infectious Diseases (USAMRIID): beskrivning av definitioner av inspektionsresultat. Augusti 2019.

US Government Accountability Office. Laboratorier med hög inneslutning: Omfattande och uppdaterad policy och starkare övervakningsmekanismer som behövs för att förbättra säkerheten. 19 april 2016. GAO-16-305. 

USA idag. 10 incidenter upptäckta vid landets biolabs. Alison Young och Nick Penzenstadler. 29 maj 2015. 

Bulletin of the atom scientists. Hotade pandemier och laboratorium flyr: självuppfyllande profetior. Martin Furmanski. 31 mars 2014.

Centrum för vapenkontroll och icke-spridning. Laboratoriet rymmer och ”Självuppfyllande profetior” Epidemier. Martin Furmanski. 17 februari 2014.

Nationella forskningsrådet. Biosäkerhetsutmaningar för den globala expansionen av biologiska laboratorier med hög inneslutning: sammanfattning av en workshop. 2012. Washington, DC: National Academies Press. https://doi.org/10.17226/13315 

USA: s representanthus. Utskottet för energi och handel. Hör på bakterier, virus och hemligheter: den tysta spridningen av biolaboratorier i USA, 110th Kongressen. Oktober 4, 2007.

USA: s representanthus. Utskottet för energi och handel. Utfrågning om federal övervakning av biolaboratorier med hög inneslutning, hundra elfte kongressen. 22 september 2009.

BMJ. Överträdelser av säkerhetsbestämmelser är trolig orsak till nyligen utbrott av SARS, säger WHO. Jane Parry. 22 maj 2004. doi: 10.1136 / bmj.328.7450.1222-b

Oberoende vetenskapliga nyheter. Den långa historien om oavsiktliga laboratorieutsläpp av potentiella pandemiska patogener ignoreras i mediatäckningen COVID-19. Sam Husseini. 5 maj 2020.

GMWatch. COVID-19: En väckarklocka för biosäkerhet. Jonathan Matthews. 24 april 2020. 

USA Today. CDC kunde inte avslöja labincidenter med bioterrorpatogener till kongressen. Alison Young. 24 juni 2016.

Global Times. Riktlinje för biosäkerhet för att fixa kryphål för kronisk hantering vid viruslaboratorier. Liu Caiyu och Leng Shumei. 16 februari 2020.

CBS News. Undersökning: Amerikanskt företag förvirrade Ebolasvar. Associated Press. 7 mars 2016. 

GMWatch. Journaler censurerar laboratoriet ursprungsteori för SARS-CoV-2. Claire Robinson. 16 juli 2020. 

Nätverk av biodefense och biowarfare 

Salong. Kom detta virus från ett laboratorium? Kanske inte - men det avslöjar hotet om ett vapenlopp med biovaror. Sam Husseini. 24 april 2020.

Oberoende vetenskapliga nyheter. Peter Daszaks EcoHealth Alliance har gömt nästan 40 miljoner dollar i Pentagons finansiering och militariserad pandemivetenskap. Sam Husseini. 16 december 2020.

Sam Husseini blogg. Att avvärja vår blick från bioskydd: pandemier och självuppfyllande profetior. Sam Husseini. Maj 2020. 

Boston Globe. Att locka biovapen. Bernard Lown och Prasannan Parthasarathi. 23 februari 2005. 

Monterey Institute of International Studies. Peking om biohazards: kinesiska experter på icke-spridningsfrågor för biovapen. Amy E. Smithson, redaktör. Augusti 2007. James Martin Center för icke-spridningsstudier.

Dödliga kulturer: biologiska vapen sedan 1945. Mark Wheelis, Lajos Rózsa och Malcolm Dando (redaktörer). Harvard University Press, 2006.

Biowarfare och terrorism. Francis Boyle. 2005. Clarity Press, Inc.

Att förhindra ett biologiskt vapenlopp. Susan Wright (redaktör). MIT Press, 1990. 

Biohazard. Ken Alibek med Stephen Handelman. Slumpmässigt hus: New York, 1999. 

Debatter om gain-of-function research

National Academies Press. Potentiella risker och fördelar med gain-of-function research: sammanfattning av en workshop. 2015. 

forbes. Ska vi tillåta forskare att skapa farliga supervirus? Steven Salzberg. 20 oktober 2014. 

Cambridge-arbetsgruppen. Cambridge-arbetsgruppens konsensusuttalande om skapandet av potentiella pandemiska patogener (PPP). Juli 14, 2014. 

mBio. Kan begränsat vetenskapligt värde av potentiella pandemipatogenförsök motivera riskerna? Marc Lipsitch. 14 oktober 2014. doi: https://doi.org/10.1128/mBio.02008-14 

mBio. Forskning om högpatogen H5N1-influensavirus: Vägen framåt. Anthony S. Fauci. September-oktober 2012, 3 (5): e00359-12. doi: 10.1128 / mBio.00359-12

mBio. Att falla ner i kaninhålet: aTRIP mot lexikonisk precision i "gain-of-function" -debatten. W. Paul Duprex och Arturo Casadevall. vol. 5,6 e02421-14. 12 december 2014, doi: 10.1128 / mBio.02421-14

PLoS Medicine. Etiska alternativ till experiment med nya potentiella pandemiska patogener. Marc Lipsitch och Alison Galvani. 2014. 11 (5): e1001646. doi: 10.1371 / journal.pmed.1001646  

Vetenskapliga artiklar om ursprunget till SARS-CoV-2

The Lancet. Kliniska egenskaper hos patienter infekterade med 2019 nya coronavirus i Wuhan, Kina. Chaolin Huang et al. 30 januari 2020. Volym 395: 497–506. 

Nature. Ett lunginflammationsutbrott associerat med ett nytt koronavirus av troligt fladdermus ursprung. Peng Zhou, Xing-Lou Yang, Xian-Guang Wang, Ben Hu, ... och Zheng-Li Shi. 3 februari 2020. 579 (7798): 270-273. doi: 10.1038 / s41586-020-2012-7

Nature. Tillägg: Ett lunginflammationsutbrott associerat med ett nytt koronavirus av troligt fladdermus ursprung. Peng Zhou, Xing-Lou Yang, Xian-Guang Wang, Ben Hu, ... och Zheng-Li Shi. 17 november 2020. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2951-z

Nature Medicine. Det proximala ursprunget till SARS-CoV-2. Kristian G. Andersen, Andrew Rambaut, W. Ian Lipkin, Edward C. Holmes, Robert F. Garry. April 2020. Volym 26, sidorna 450-455. 

Journal of Medical Virology. Frågor om det proximala ursprunget till SARS-CoV-2. Murat Seyran, Damiano Pizzol, Parise Adadi ... och Adam M. Brufsky. 3 september 2020. doi: https://doi.org/10.1002/jmv.26478 

BioEssays. Kan SARS ‐ CoV ‐ 2 ha uppstått genom seriell passage genom en djurvärd eller cellkultur? Karl Sirotkin och Dan Sirotkin. 12 augusti 2020. https://doi.org/10.1002/bies.202000091

Gränser inom folkhälsan. Dödliga lunginflammationsfall i Mojiang gruvarbetare (2012) och minskaftet kan ge viktiga ledtrådar till ursprunget till SARS-CoV-2. Monali Rahalkar och Rahul Bahulikar. 17 september 2020. doi: 10.3389 / fpubh.2020.581569

BioEssays. Den genetiska strukturen hos SARS ‐ CoV ‐ 2 utesluter inte ett laboratorieursprung. Rossana Segreto och Yuri Deigin. 17 november 2020. https://doi.org/10.1002/bies.202000240

bioRxiv. SARS-CoV-2 är väl anpassad för människor. Vad betyder detta för återuppkomst? Shing Hei Zhan, Benjamin E. Deverman, Yujia Alina Chan. 2 maj 2020. doi: https://doi.org/10.1101/2020.05.01.073262 

Zenodo. Var började Coronavirus-pandemin 2019 och hur sprids den? People's Liberation Army Hospital i Wuhan Kina och linje 2 i Wuhan Metro System är tvingande svar. Steven Carl Quay. 28 oktober 2020. doi: 10.5281 / zenodo.4119262

Minerva. Bevisen som antyder att detta inte är något naturligt utvecklat virus: En rekonstruerad historisk etiologi av SARS-CoV-2-spetsen. Birger Sørensen, Angus Dalgleish & Andres Susrud. 1 juli 2020.

Researchgate. Anser ett genetiskt manipulerande ursprung för SARS-CoV-2 en konspirationsteori som måste censureras? Rossana Segreto och Yuri Deigin. April 2020. DOI: 10.13140 / RG.2.2.31358.13129 / 1

Förtryck. Största problem med identifiering av Bat Coronavirus-stam RaTG13 och kvaliteten på relaterat Nature-papper. Xiaoxu Lin, Shizhong Chen. 5 juni 2020. 2020060044. doi: 10.20944 / preprints202006.0044.v1 

Förtryck. Den onormala karaktären hos det fekala pinnprovet som används för NGS-analys av RaTG13-genomsekvensen ställer en fråga om riktigheten av RaTG13-sekvensen. Monali Rahalkar och Rahul Bahulikar. 11 augusti 2020. doi: 10.20944 / preprints202008.0205.v1 

OSF-förtryck. COVID-19, SARS och fladdermöss coronavirus genomer oväntade exogena RNA-sekvenser. Jean-Claude Perez och Luc Montagnier. 25 april 2020. doi: 10.31219 / osf.io / d9e5g 

Zenodo. HIV-man-manipulerade trender för utveckling av genomet av coronavirus. Jean-Claude Perez och Luc Montagnier. 2 augusti 2020. 

Nya mikrober och infektioner. HIV-1 bidrog inte till genomet 2019-nCoV. Xiao Chuan, Li Xiaojun, Liu Shuying, Sang Yongming, Gao Shou-Jiang och Gao Feng. 2020. 9 (1): 378-381. doi: 10.1080 / 22221751.2020.1727299

arXiv. I silico-jämförelse av spikprotein-ACE2-bindande affiniteter över arter; betydelse för det möjliga ursprunget till SARS-CoV-2-viruset. Sakshi Piplani, Puneet Kumar Singh, David A. Winkler, Nikolai Petrovsky. 13 maj 2020. 

Natur. Identifiera SARS-CoV-2-relaterade koronavirus i malaysiska pangoliner. Tommy Tsan-Yuk Lam, Na Jia, Ya-Wei Zhang, Marcus Ho-Hin Shum, Jia-Fu Jiang, Hua-Chen Zhu, Yi-Gang Tong, Yong-Xia Shi, Xue-Bing Ni, Yun-Shi Liao, Wen-Juan Li, Bao-Gui Jiang, Wei Wei, Ting-Ting Yuan, Kui Zheng, Xiao-Ming Cui, Jie Li, Guang-Qian Pei, Xin Qiang, William Yiu-Man Cheung, Lian-Feng Li, Fang- Fang Sun, Si Qin, Ji-Cheng Huang, Gabriel M. Leung, Edward C. Holmes, Yan-Ling Hu, Yi Guan & Wu-Chun Cao. 26 mars 2020. doi: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2169-0

PLoS-patogener. Är pangolin den mellanliggande värden för det nya coronaviruset 2019 (SARS-CoV-2)? Ping Liu, Jing-Zhe Jiang, Xiu-Feng Wan, Yan Hua, Linmiao Li, Jiabin Zhou, Xiaohu Wang, Fanghui Hou, Jing Chen, Jiejian Zou, Jinping Chen. 14 maj 2020. doi: https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1008421

Natur. Isolering av SARS-CoV-2-relaterat koronavirus från malaysiska pangoliner. Kangpeng Xiao, Junqiong Zhai, Yaoyu Feng, Niu Zhou, Xu Zhang, Jie-Jian Zou, Na Li, Yaqiong Guo, Xiaobing Li, Xuejuan Shen, Zhipeng Zhang, Fanfan Shu, Wanyi Huang, Yu Li, Ziding Zhang, Rui-Ai Chen, Ya-Jiang Wu, Shi-Ming Peng, Mian Huang, Wei-Jun Xie, Qin-Hui Cai, Fang-Hui Hou, Wu Chen, Lihua Xiao & Yongyi She. 7 maj 2020. doi: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2313-x

Current Biology. Sannolikt Pangolin-ursprung SARS-CoV-2 Associerat med COVID-19-utbrottet. Tao Zhang, Qunfu Wu, Zhigang Zhang. 19 mars 2020. doi: https://doi.org/10.1016/j.cub.2020.03.022

bioRxiv. Enstaka källa till pangolin CoVs med en nästan identisk Spike RBD med SARS-CoV-2. Yujia Alina Chan och Shing Hei Zhan. 23 oktober 2020. doi: https://doi.org/10.1101/2020.07.07.184374

Infektion, genetik och evolution. COVID-19: Dags att befria pangolin från överföringen av SARS-CoV-2 till människor. Roger Frutos, Jordi Serra-Cobo, Tianmu Chen och Christian A. Devaux. Volym 84, oktober 2020, 104493. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2020.104493

bioRxiv. Inga bevis för att koronavirus eller andra potentiellt zoonotiska virus i Sunda pangolins (Manis javanica) har kommit in i handeln med vilda djur via Malaysia. Jimmy Lee, Tom Hughes, Mei-Ho Lee, Hume Field, Jeffrine Japning Rovie-Ryan, Frankie Thomas Sitam, Symphorosa Sipangkui, Senthilvel KSS Nathan, Diana Ramirez, Subbiah Vijay Kumar, Helen Lasimbang, Jonathan H. Epstein, Peter Daszak. 19 juni 2020. doi: https://doi.org/10.1101/2020.06.19.158717

Virologins arkiv. A palindromiska RNA-sekvens som en gemensam brytpunktsbidragare till kopieringsval-rekombination i SARS-CoV-2. William R. Gallaher. 31 juli 2020.

Cell. Ett genomiskt perspektiv på ursprunget och uppkomsten av SARS-CoV-2. Yong-Zhen Zhang, Edward C. Holmes. April 2020 181 (2): 223-227. doi: 10.1016 / j.cell.2020.03.035.

Proceedings of the National Academy of Sciences. Superantigen karaktär av en insats som är unik för SARS-CoV-2-spetsen som stöds av skev TCR-repertoar hos patienter med hyperinflammation. Mary Hongying Cheng, She Zhang, Rebecca A. Porritt, Magali Noval Rivas, Lisa Paschold, Edith Willscher, Mascha Binder, Moshe Arditi och Ivet Bahar. 28 september 2020. doi: https://doi.org/10.1073/pnas.2010722117

Aktuell biologi. Ett nytt koronavirus från bat som är nära besläktat med SARS-CoV-2 innehåller naturliga insatser vid S1 / S2-klyvningsstället i spikproteinet.. Hong Zhou, Xing Chen, Tao Hu, Juan Li, Hao Song, Yanran Liu, Peihan Wang, Di Liu, Jing Yang, Edward C. Holmes, Alice C. Hughes, Yuhai Bi och Weifeng Shi. 8 juni 2020. 30: 2196-2203. doi: https://doi.org/10.1016/j.cub.2020.05.023

aRxiv. Bat coronavirus RmYN02 kännetecknas av en 6-nukleotid-deletion vid S1 / S2-korsningen, och dess påstådda PAA-införande är mycket tveksamt. Yuri Deigin och Rossana Segreto. 1 december 2020.

bioRxiv. Furin klyvning plats är nyckeln till SARS-CoV-2 patogenes. Bryan A. Johnson, ... Kari Debbink, Pei Yong Shi, Alexander Freiberg och Vineet Menachery. 26 augusti 2020. doi: https://doi.org/10.1101/2020.08.26.268854 

bioRxiv. Furins klyvningsstället för SARS-CoV-2 spikprotein är en nyckeldeterminant för överföring på grund av förbättrad replikation i luftvägsceller. Thomas Peacock, Daniel H. Goldhill, Jie Zhou, ... och Wendy S. Barclay. 30 september 2020. doi. https://doi.org/10.1101/2020.09.30.318311 

Zenodo. Ovanliga egenskaper hos SARS-CoV-2-genomet tyder på sofistikerad laboratoriemodifiering snarare än naturlig utveckling och avgränsning av dess troliga syntetiska väg. Li-Meng Yan, Shu Kang, Jie Guan och Shanchang Hu. 14 september 2020. doi: 10.5281 / zenodo.4028829  

Johns Hopkins Center for Health Security. Som svar: Yan et al Preprint Examination of the Origin of SARS-CoV-2. Kelsey Lane Warmbrod, Rachel M. West, Nancy D. Connell och Gigi Kwik Gronvall. 21 september 2020.

Zenodo. Föreslagen SARS-CoV-2-utsläpp under 2019 granskning av prover från en minskaft i Mojiang, Yunnan-provinsen, Kina. Anonym. 14 september 2020. doi: 10.5281 / zenodo.4029544

Undersökande bloggartiklar om ursprunget till SARS-CoV-2

Medium. Lab-made? SARS-CoV-2-släktforskning genom linsen för forskning om förstärkning av funktion. Yuri Deigin. 22 april 2020.

Medium. Skrämmande virus och var du hittar dem. Moreno Colaiacovo. 15 november 2020.

Medium. Insamlad datainsamling av misstänkta tidiga Covid-19-fall i Wuhan. Gilles Demaneuf. 15 oktober 2020.

Ändrade datamängder ger fler frågor om tillförlitligheten hos viktiga studier om koronavirusursprung

Skriva ut E-post Dela Tweeta

Revideringar av genomiska datamängder associerade med fyra viktiga studier om koronavirusursprung lägger till ytterligare frågor om tillförlitligheten hos dessa studier, vilket ger grundläggande stöd för hypotesen att SARS-CoV-2 har sitt ursprung i vilda djur. Studierna, Peng Zhou et al., Hong Zhou et al., Lam et al.och Xiao et al., upptäckte SARS-CoV-2-relaterade koronavirus i hästskofladdermöss och malaysiska pangoliner.

Studiens författare deponerade DNA-sekvensdata som anropades sekvensen läser, som de använde för att montera genom- och pangolin-coronavirusgenom, i National Center for Biotechnology Information (NCBI) sekvensläst arkiv (SRA). NCBI grundade den offentliga databasen för att hjälpa oberoende verifiering av genomiska analyser baserade på sekvenseringstekniker med hög kapacitet.

USA: s rätt att veta erhållna dokument genom en offentlig register begär att visa revisioner till dessa studier SRA-data månader efter det att de publicerades. Dessa revisioner är udda eftersom de inträffade efter publicering och utan någon motivering, förklaring eller validering.

Till exempel, Peng Zhou et al. och Lam et al. uppdaterade sina SRA-uppgifter samma två datum. Dokumenten förklarar inte varför de ändrade sina uppgifter, bara att vissa ändringar gjordes. Xiao et al. gjort många ändringar till deras SRA-data, inklusive borttagning av två datamängder den 10 mars, tillägg av en ny datamängd den 19 juni, en ersättning den 8 november av data som först släpptes den 30 oktober och en ytterligare dataändring den 13 november - två dagar efter Natur lade till en redaktörs "not av bekymmer" om studien. Hong Zhou et al. har ännu inte delat hela SRA-datasetet som möjliggör oberoende verifiering. Medan tidskrifter gillar Natur kräva att författare gör alla uppgifter ”omedelbart tillgänglig”Vid tidpunkten för publicering kan SRA-data släppas efter offentliggörande; men det är ovanligt att göra sådana ändringar månader efter publicering.

Dessa ovanliga ändringar av SRA-data gör inte automatiskt de fyra studierna och deras tillhörande datamängder opålitliga. Förseningarna, luckorna och förändringarna i SRA-data har dock hindrat oberoende montering och verifiering av de publicerade genomssekvenserna och lägga till frågor och oro handla om de giltighet av de fyra studierna, såsom:

  1. Vilka var de exakta revisionerna av SRA-uppgifterna efter publiceringen? Varför skapades de? Hur påverkade de associerade genomiska analyser och resultat?
  2. Validerades dessa Vägverkets revisioner oberoende? Om så är fallet, hur? De NCBI: s enda validering kriterium för att publicera ett SRA BioProject - utöver grundläggande information som ”organismens namn” - är att det inte kan vara ett duplikat.

För mer information: 

Vårt National Center for Biotechnology Information (NCBI) dokument finns här: NCBI-e-postmeddelanden (63 sidor)

USAs rätt att veta publicerar dokument från våra offentliga registerförfrågningar för vår utredning av biohazards. Ser: FOI-dokument om ursprunget till SARS-CoV-2, risker med forskning om vinnande funktion och biosäkerhetslaboratorier.

Bakgrundssida om USA: s rätt att veta undersökning av ursprunget till SARS-CoV-2.

Ingen peer review för tillägg till framstående studie av coronavirus ursprung?

Skriva ut E-post Dela Tweeta

Dagboken Natur bedömde inte tillförlitligheten för viktiga påståenden som gjordes den 17 november tillägg till en studera om bat-ursprunget till romanen coronavirus SARS-CoV-2, korrespondens med Natur personal föreslår.

Den 3 februari 2020 rapporterade forskare från Wuhan Institute of Virology att de upptäckte den närmaste kända släktingen till SARS-CoV-2, ett bat coronavirus som heter RaTG13. RaTG13 har blivit centralt till hypotesen att SARS-CoV-2 härstammar från vilda djur.

Tillägget adresserar obesvarad frågor om härkomst från RaTG13. Författarna, Zhou et al., Klargjorde att de hittade RaTG13 2012-2013 "i en övergiven minskaft i Mojiang County, Yunnan-provinsen", där sex gruvarbetare led akut andningsnedsyndrom efter exponering för fladd avföringoch tre dog. Undersökningar av symtom hos sjuka gruvarbetare kan ge viktiga ledtrådar om ursprunget till SARS-CoV-2. Zhou et al. rapporterade att de inte hittade SARS-relaterade koronavirus i lagrade serumprover från sjuka gruvarbetare, men de stödde inte sina påståenden med data och metoder om deras analyser och experimentella kontroller.

Frånvaron av nyckeldata i tillägget har väckte ytterligare frågor om tillförlitligheten hos Zhou et al. studie. Den 27 november frågade USAs rätt att veta Natur frågor om tilläggets påståenden och begärde det Natur publicera alla stödjande uppgifter som Zhou et al. kan ha tillhandahållit.

December 2, Natur Kommunikationschef Bex Walton svarade att originalet Zhou et al. studien var "exakt men otydlig" och att tillägget var lämpligt plattform efter publicering för att klargöra. Hon tillade: ”När det gäller dina frågor skulle vi uppmana dig att kontakta författarna till uppsatsen för svar, som dessa frågor gäller inte den forskning som vi har publicerat men till annan forskning utförd av författarna, som vi inte kan kommentera ”(betonar vår). Eftersom våra frågor relaterade till forskning som beskrivs i tillägget, har Natur representantens uttalande antyder att Zhou et al.s tillägg inte utvärderades som forskning.

Vi frågade en uppföljningsfråga den 2 december: ”utsattes detta tillägg för eventuell peer-review och / eller redaktionell tillsyn av Natur? ” Fru Walton svarade inte direkt; hon svarade: ”I allmänhet kommer våra redaktörer att bedöma kommentarer eller oro som tas upp med oss ​​i första hand, konsultera författarna och söka råd från kolleggranskare och andra externa experter om vi anser det nödvändigt. Vår sekretesspolicy innebär att vi inte kan kommentera den specifika hanteringen av enskilda ärenden. ”

Eftersom Natur anser att ett tillägg är ett Post-publikationsuppdateringoch inte utsätter sådana tillägg efter publicering till samma peer-review-standarder som originalpublikationer, verkar det troligt att Zhou et al. tillägget genomgick inte peer-review.

Författarna Zhengli Shi och Peng Zhou svarade inte på våra frågor om deras Natur Addendum.

Nya e-postmeddelanden visar forskares överläggningar om hur man diskuterar SARS-CoV-2-ursprung 

Skriva ut E-post Dela Tweeta

Nyligen erhållna e-postmeddelanden ger en glimt av hur en berättelse om säkerhet utvecklats om det naturliga ursprunget till det nya coronaviruset SARS-CoV-2, medan viktiga vetenskapliga frågor kvarstod. De interna diskussionerna och ett tidigt utkast till ett vetenskapligt brev visar experter som diskuterar kunskapsluckor och obesvarade frågor om laboratorieursprung, även om vissa försökte trampa ner på ”kantiga” teorier om möjligheten att viruset kom från ett laboratorium.

Inflytelserika forskare och många nyheter har beskrivit bevisen som ”överväldigande”Att viruset härstammar från djurlivet, inte från ett laboratorium. Men ett år efter de första rapporterade fallen av SARS-CoV-2 i den kinesiska staden Wuhan, lite är känt hur eller var viruset har sitt ursprung. Att förstå ursprunget till SARS-CoV-2, som orsakar sjukdomen COVID-19, kan vara avgörande för att förhindra nästa pandemi.

E-postmeddelandena från coronavirusexperten Professor Ralph Baric - erhållits genom en begäran om offentliga register från US Right to Know - visa konversationer mellan representanter för National Academy of Sciences (NAS) och experter inom biosäkerhet och infektionssjukdomar från amerikanska universitet och EcoHealth Alliance.

Den 3 februari, Vita husets kontor för vetenskap och teknikpolitik (OSTP) frågade National Academies of Sciences, Engineering and Medicine (NASEM) för att "sammankalla expertmöten ... för att bedöma vilken data, information och prover som behövs för att ta itu med okända, för att förstå det evolutionära ursprunget till 2019-nCoV, och svara mer effektivt till både utbrottet och eventuell resulterande felinformation. ”

Baric och andra smittsamma experter var involverade i utarbetandet svaret. E-postmeddelandena visar experternas interna diskussioner och ett tidigt utkast daterad 4 februari.

I det tidiga utkastet beskrivs ”de första synpunkterna från experterna” att ”tillgängliga genomiska data överensstämmer med naturlig utveckling och att det för närvarande inte finns några bevis för att viruset konstruerades för att sprida sig snabbare bland människor.” Detta utkast till mening ställde en fråga inom parentes: "[be experter att lägga till detaljer om bindande platser?]" Det inkluderade också en fotnot inom parentes: "[möjligen lägg till en kort förklaring om att detta inte utesluter en oavsiktlig utsläpp från ett laboratorium som studerar utveckling av relaterade koronavirus]. ”

In ett e-postmeddelande, daterad 4 februari, sa smittsamma experter Trevor Bedford: ”Jag skulle inte nämna bindande platser här. Om du börjar väga bevis finns det mycket att tänka på för båda scenarierna. ” Med "båda scenarierna" verkar Bedford hänvisa till scenarier med ursprung i laboratoriet och naturligt ursprung.

Frågan om bindningssidor är viktig för debatten om ursprunget till SARS-CoV-2. Särskilda bindningsställen på SARS-CoV-2: s spikprotein ger “Nästan optimal” bindning och inträde av viruset i humana celler, och gör SARS-CoV-2 smittsammare än SARS-CoV. Forskare har hävdat att SARS-CoV-2s unika bindningsställen kunde ha sitt ursprung antingen som ett resultat av naturlig spillover i naturen eller avsiktlig laboratorium rekombination av en ännu ej avslöjad naturlig förfader till SARS-CoV-2.

Vårt sista bokstaven publicerad 6 februari nämnde inte bindningsställen eller möjligheten till ett laboratorieursprung. Det klargör att mer information är nödvändig för att bestämma ursprunget till SARS-CoV-2. I brevet anges: ”Experterna informerade oss om att det krävs ytterligare genomiska sekvensdata från geografiska - och temporalt - olika virala prover för att bestämma virusets ursprung och utveckling. Prover som samlats in så tidigt som möjligt vid utbrottet i Wuhan och prover från vilda djur skulle vara särskilt värdefulla. ”

E-postmeddelandena visar några experter som diskuterar behovet av ett tydligt språk för att motverka det man beskriver som ”crackpot-teorier” av laboratorieursprung. Kristian Andersen, huvudförfattare till en inflytelserika Nature Medicine papper hävdar ett naturligt ursprung till SARS-CoV-2, sade att det tidiga utkastet var "bra, men jag undrar om vi behöver vara mer fasta i frågan om teknik." Han fortsatte: "Om ett av huvudsyftena med detta dokument är att motverka dessa kantteorier, tycker jag att det är mycket viktigt att vi gör det så starkt och i klartext ..."

In hans svar, Baric syftade till att förmedla en vetenskaplig grund för SARS-CoV-2s naturliga ursprung. ”Jag tror att vi måste säga att närmaste släkting till detta virus (96%) identifierades från fladdermöss som cirkulerade i en grotta i Yunnan, Kina. Detta ger ett starkt uttalande för animaliskt ursprung. ”

Den slutliga brev från NASEM: s presidenter tar inte ställning till virusets ursprung. Den säger att ”Forskningsstudier för att bättre förstå ursprunget till 2019-nCoV och hur det relaterar till virus som finns i fladdermöss och andra arter pågår redan. Den närmaste kända släktingen till 2019-nCoV verkar vara ett coronavirus identifierat från prover som härrör från fladdermöss som samlats in i Kina. ” Brevet hänvisas till två studier som genomfördes av EcoHealth Alliance och Wuhan Institute of Virology. Båda är ett naturligt ursprung för SARS-CoV-2.

Några veckor senare framträdde NASEM-presidentens brev som en auktoritativ källa för en inflytelserik forskarnas uttalande publicerad i The Lancet som förmedlade mycket mer säkerhet om ursprunget till SARS-CoV-2. USRTK rapporterade tidigare att presidenten för EcoHealth Alliance Peter Daszak utarbetade detta uttalande, som hävdade att "forskare från flera länder ... överväldigande drar slutsatsen att detta koronavirus har sitt ursprung i djurlivet." Denna ståndpunkt, konstaterar uttalandet, "stöds ytterligare av ett brev från presidenterna för US National Academies of Science, Engineering and Medicine."

De efterföljande utnämningarna av Peter Daszak och andra allierade med EcoHealth Alliance Lancet COVID19-kommissionen och Daszak till Världshälsoorganisationens undersökningar av SARS-CoV-2s ursprung betyder att trovärdigheten för dessa ansträngningar undermineras av intressekonfliktoch genom att de redan har förutbedömt den aktuella saken.

---

"Frågor som vi nog borde undvika"

Baric-e-postmeddelandena visar också en NAS-representant vilket tyder på till amerikanska forskare borde de "troligen undvika" frågor om SARS-CoV-2s ursprung i bilaterala möten som de planerade med kinesiska COVID-19-experter. E-postmeddelandena i maj och juni 2020 diskuterade planerna för mötena. Deltagande amerikanska forskare, varav många är medlemmar i NAS Ständiga kommittén för framväxande infektionssjukdomar och hälsorisk från 21-talet, inkluderade Ralph Baric, Peter Daszak, David Franz, James Le Duc, Stanley Perlman, David Relman, Linda Saif och Peiyong Shi.

Vårt deltagande kinesiska forskare inkluderade George Gao, Zhengli Shi och Zhiming Yuan. George Gao är chef för China CDC. Zhengli Shi leder coronavirusforskningen vid Wuhan Institute of Virology, och Zhiming Yuan är chef för WIV.

In ett mail till amerikanska deltagare om en planeringssession, NAS Senior Program Officer Benjamin Rusek beskrev syftet med mötet: ”att fylla i dig i dialogbakgrunden, diskutera ämnena / frågorna (lista i ditt inbjudningsbrev och bifogade) och frågor som vi förmodligen borde undvik (ursprungsfrågor, politik) ... ”

För mer information:

Länk till professor Ralph Barics e-post från University of North Carolina finns här: Bariska e-postmeddelanden (83,416 sidor)

USAs rätt att veta publicerar dokument från våra offentliga registerförfrågningar om vår biohazardutredning. Se: FOI-dokument om ursprunget till SARS-CoV-2, risker med forskning om vinnande funktion och biosäkerhetslaboratorier.

EcoHealth Alliance orkestrerade viktiga forskares uttalande om ”naturligt ursprung” till SARS-CoV-2

Skriva ut E-post Dela Tweeta

E-post som erhållits av US Right to Know visar att a uttalande i The Lancet författad av 27 framstående folkhälsovetare som fördömde ”konspirationsteorier som tyder på att COVID-19 inte har ett naturligt ursprung” organiserades av anställda i EcoHealth Alliance, en ideell grupp som har fick miljontals dollar of Amerikanska skattebetalare finansiering till genetiskt manipulera coronavirus med forskare vid Wuhan Institute of Virology.

E-postmeddelandena som erhållits via begäran om offentliga register visar att EcoHealth Alliance-ordförande Peter Daszak utarbetade Lansetten uttalande och att han tänkt det "Inte kan identifieras som kommer från någon organisation eller person" utan snarare att ses som ”Helt enkelt ett brev från ledande forskare”. Daszak skrev att han ville ha ”för att undvika att ett politiskt uttalande framträder".

Forskarnas brev dök upp i The Lancet den 18 februari, bara en vecka efter att Världshälsoorganisationen tillkännagav att sjukdomen orsakad av det nya koronaviruset skulle heta COVID-19.

De 27 författarna "fördömer starkt [redigerade] konspirationsteorier som tyder på att COVID-19 inte har ett naturligt ursprung" och rapporterade att forskare från flera länder "överväldigande drar slutsatsen att detta coronavirus har sitt ursprung i vilda djur." Brevet innehöll inga vetenskapliga referenser för att motbevisa en teori om virusets ursprung i laboratoriet. En forskare, Linda Saif, frågade via e-post om det skulle vara användbart ”För att bara lägga till en eller två påståenden till stöd för varför nCOV inte är ett labbgenererat virus och naturligt förekommer? Verkar kritiskt för att vetenskapligt motbevisa sådana påståenden! ” Daszak svarade, ”Jag tror att vi nog borde hålla oss till ett brett uttalande. "

Växande samtal att undersöka Wuhan Institute of Virology som en potentiell källa till SARS-CoV-2 har lett till ökad granskning från EcoHealth Alliance. E-postmeddelandena visar hur medlemmar i EcoHealth Alliance spelade en tidig roll i utformningen av frågor om eventuellt SARS-CoV-2-laboratorieursprung som "crackpot-teorier som måste behandlas" Berättade Daszak The Guardian.

Även om frasen "EcoHealth Alliance" bara föreföll en gång i The Lancet uttalande, i samarbete med medförfattare Daszak, har flera andra medförfattare också direkta band till gruppen som inte avslöjades som intressekonflikter. Rita Colwell och James Hughes är det medlemmar styrelsen för EcoHealth Alliance, William Karesh är gruppens vice verkställande direktör för hälsa och politik, och Hume Field är vetenskaps- och policyrådgivare.

Uttalandets författare hävdade också att "den snabba, öppna och transparenta delningen av data om detta utbrott nu hotas av rykten och felinformation kring dess ursprung." Idag dock lite är känt om ursprunget av SARS-CoV-2 och utredningar om dess ursprung av Världshälsoorganisationen och The Lancet COVID-19-uppdrag har höljd i hemlighet och mired av intressekonflikter.

Peter Daszak, Rita Colwell och The Lancet Redaktör Richard Horton gav inga kommentarer som svar på våra önskemål om den här berättelsen.

För mer information:

En länk till hela satsen med EcoHealth Alliance-e-postmeddelanden hittar du här: EcoHealth Alliance e-post: University of Maryland (466 sidor)

USA: s rätt att veta publicerar dokument som erhållits genom FOI-begäranden om allmänhet vår utredning av Biohazards i vårt inlägg: FOI-dokument om ursprunget till SARS-CoV-2, risker med forskning om vinnande funktion och biosäkerhetslaboratorier.

Giltigheten hos nyckelstudier om koronavirus är i tvivel; vetenskapliga tidskrifter som undersöker

Skriva ut E-post Dela Tweeta

Av Carey Gillam

Eftersom den utbrott av COVID-19 i den kinesiska staden Wuhan i december 2019 har forskare letat efter ledtrådar om vad som ledde till framväxten av dess orsakande medel, det nya koronaviruset SARS-CoV-2. Att avslöja källan till SARS-CoV-2 kan vara avgörande för att förhindra framtida utbrott.

En serie av fyra hög profil studier publicerades tidigare i år gav vetenskaplig tro på hypotesen att SARS-CoV-2 härstammar från fladdermöss och sedan hoppade till människor genom en typ av anteater som kallas en pangolin - bland världens mest trafikerade vilda djur. Medan det specifik teori med pangoliner har varit till stor del diskonteradefortsätter de fyra studier som kallas "pangolinpapper" att stödja uppfattningen att coronavirus nära besläktade med SARS-CoV-2 cirkulera i naturen, vilket betyder att SARS-CoV-2 som orsakade COVID-19 kommer troligen från en vildkälla. 

Fokuset på en vildkällkälla, den "zoonotiska" teorin, har blivit ett kritiskt element i global diskussion om viruset och riktar allmänhetens uppmärksamhet bort från möjligheten att viruset kan ha sitt ursprung inne i ett kinesiskt statligt laboratorium - Den Wuhan Institute of Virology.

US Right to Know (USRTK) har dock lärt sig att två av de fyra artiklarna som utgör grunden för den zoonotiska teorin verkar vara bristfälliga och att redaktörerna vid de tidskrifter där tidningarna publicerades - PLoS-patogener och Natur - undersöker kärndata bakom studierna och hur data analyserades. De andra två verkar också drabbas av brister.

Problemen med forskningsdokumenten väcker "allvarliga frågor och oro" om giltigheten av den zoonotiska teorin totalt, enligt Dr Sainath Suryanarayanan, en biolog och vetenskaps sociolog, och USRTK personal forskare.  Studierna saknar tillräckligt tillförlitliga data, oberoende verifierbara datamängder och en transparent peer review och redaktionell process, enligt Dr Suryanarayanan. 

Se hans e-postmeddelanden med seniorförfattare av tidningarna och tidskriftsredaktörer och analys: Natur och PLoS-patogener undersöker vetenskapliga riktigheten hos nyckelstudier som kopplar pangolin coronavirus till ursprunget till SARS-CoV-2.

Kinesiska myndigheter först främjade idén att källan till orsakssubstansen för COVID-19 hos människor kom från ett vilddjur i december. Kinesiska regeringsstödda forskare stödde sedan den teorin i fyra separata studier som lämnades in i tidskrifterna mellan 7 och 18 februari.

Världshälsoorganisationens gemensamma uppdragsteam i Kina undersöker framväxten och spridningen av COVID-19 i Kina anges i februari : "Eftersom COVID-19-viruset har en genomidentitet på 96% till ett SARS-liknande koronavirus och 86% -92% till ett SARS-liknande coronavirus av pangolin, är en djurkälla för COVID-19 mycket troligt." 

Det kinesiskt initierade fokuset på en vildkälla hjälpte till att kyla samtal för en utredning av Wuhan Institute of Virologydär koronavirus från djur länge har lagrats och genetiskt manipulerats. Istället har det internationella vetenskapliga och politiska beslutssamhällets resurser och ansträngningar varit kanaliseras för att förstå de faktorer som skapar kontakt mellan människor och vilda djur. 

De fyra artiklarna i fråga är Liu et al., Xiao et al. , Lam et al. och Zhang et al. De två som för närvarande undersöks av tidningsredaktörerna är Liu et al och Xiao et al. I kommunikation med författarna och tidskriftsredaktörerna för dessa två artiklar har USRTK lärt sig om allvarliga problem med publiceringen av dessa studier, inklusive följande:    

  • Liu et al. publicerade eller delade inte (på begäran) råa och / eller saknade data som skulle göra det möjligt för experter att självständigt verifiera sina genomiska analyser.
  • Redaktörer på båda Natur och PLoS-patogener, liksom professor Stanley Perlman, redaktören för Liu et al., har erkänt i e-postkommunikation att de är medvetna om allvarliga problem med dessa tidningar och att tidskrifterna undersöker dem. Ändå har de inte offentliggjort de potentiella problemen med tidningarna.  

Tystningen i tidskrifterna angående deras pågående utredningar innebär att större samhällen av forskare, politiska beslutsfattare och allmänheten som påverkas av COVID-19 är omedvetna om problemen i samband med forskningsdokumenten, säger Dr Suryanarayanan. 

"Vi tror att dessa frågor är viktiga, eftersom de kan forma hur institutioner reagerar på en katastrofal pandemi som har radikalt påverkat liv och försörjning över hela världen," sa han.

Länkar till dessa e-postmeddelanden finns här: 

I juli 2020, USAs rätt att veta började skicka in offentliga registerförfrågningar i jakten på data från offentliga institutioner i ett försök att upptäcka vad som är känt om ursprunget till det nya koronaviruset SARS-CoV-2, som orsakar sjukdomen Covid-19. Sedan början av utbrottet i Wuhan har SARS-CoV-2 dödat mer än en miljon människor, medan de sjuksköter miljoner till i en global pandemi som fortsätter att utvecklas.

På november 5, USAs rätt att veta väckte en rättegång mot National Institutes of Health (NIH) för brott mot bestämmelserna i Freedom of Information Act. Rättegången, inlämnad vid US District Court i Washington, DC, söker korrespondens med eller om organisationer som Wuhan Institute of Virology och Wuhan Center for Disease Control and Prevention, samt EcoHealth Alliance, som samarbetade med och finansierade Wuhan Institute of Virologi.

US Right to Know är en ideell forskningsgrupp som fokuserar på att främja öppenhet för folkhälsan. Du kan stödja vår forskning och rapportering genom att donera här. 

Natur och PLoS-patogener undersöker vetenskaplig riktighet hos nyckelstudier som kopplar pangolin coronavirus till ursprunget till SARS-CoV-2

Skriva ut E-post Dela Tweeta

Anmäl dig till få uppdateringar från Biohazards Blog.

Av Sainath Suryanarayanan, doktor 

Här tillhandahåller vi våra e-postmeddelanden med seniorförfattare av Liu et al. och Xiao et al.och redaktörerna för PLoS-patogener och Natur. Vi presenterar också en fördjupad diskussion om de frågor och problem som tas upp i dessa e-postmeddelanden, vilket tvivlar på giltigheten av dessa nyckelstudier om ursprunget till det nya koronaviruset SARS-CoV-2 som orsakar COVID-19. Se vår rapportering om dessa e-postmeddelanden, Giltigheten hos nyckelstudier om koronavirus är i tvivel; vetenskapliga tidskrifter som undersöker (11.9.20)


E-postkommunikation med Dr. Jinping Chen, seniorförfattare till Liu et al:


Dr. Jinping Chens e-postmeddelanden väcker ett antal problem och frågor: 

1– Liu et al. (2020) samlade sin publicerade pangolin coronavirus-genomssekvens baserad på coronavirus samplade från tre pangoliner, två prover från ett smugglat parti i mars 2019 och ett prov från en annan batch som fångades upp i juli 2019. National Center for Biotechnology Information (NCBI) databas , där forskare måste deponera sekvensdata för att säkerställa oberoende verifiering och reproducerbarhet av publicerade resultat, innehåller sekvensläst arkivdata (SRA) för de två mars 2019-proverna men saknar data för juli 2019-provet. När han frågades om detta saknade prov, som Dr. Jinping Chen identifierar som F9, uppgav Dr. Jinping Chen: ”Rådata för dessa tre prover kunde hittas under NCBI: s anslutningsnummer PRJNA573298, och BioSample ID var SAMN12809952, SAMN12809953 och SAMN12809954, dessutom, individ (F9) från olika satser var också positiv, rådata kan ses i NCBI SRA SUB 7661929, som släpps snart för vi har ytterligare en MS (under granskning)”(Vår betoning).

Det gäller Liu et al. har inte publicerat data som motsvarar en av de tre pangolinsproverna som de använde för att samla sin pangolin coronavirus-genomsekvens. Dr. Jinping Chen delade inte heller dessa uppgifter när han blev tillfrågad. Normen inom vetenskapen är att publicera och / eller dela all data som gör det möjligt för andra att självständigt verifiera och återge resultaten. Hur gjorde PLoS-patogener låt Liu et al. undvika att publicera viktiga exempeldata? Varför delar Dr. Jinping Chen inte data som hör till detta tredje pangolinprov? Varför skulle Liu et al. Vill du släppa opublicerade uppgifter om detta tredje pangolinprov som en del av en annan studie som har skickats till en annan tidskrift? Oron här är att forskare skulle felattributera det saknade pangolinprovet från Liu et al. till en annan studie, vilket gör det svårt för andra att därefter spåra viktiga detaljer om detta pangolinprov, till exempel i vilket sammanhang pangolinprovet samlades in.

2– Dr. Jinping Chen förnekade att Liu et al. har haft någon relation med Xiao et al. (2020) Natur studie. Han skrev: ”Vi skickade in vårt PLOS-patogenpapper den 14 februari 2020 före Nature-papperet (referens 12 i vårt PLOS-patogenpapper, de skickade in den 16 februari 2020 från deras inlämningsdatum i Nature), vårt PLOS-patogenpapper förklara att SARS-Cov-2 inte är direkt från pangolin coronavirus och pangolin inte som mellanliggande värd. Vi kände till deras arbete efter deras nyhetsrapport den 7 februari 2020, och vi har olika åsikter med dem, de andra två artiklarna (Virus och Nature) har listats i PLOS Pathogen-papperet som referenspapper (referensnummer 10 och 12), vi är olika forskargrupper från naturpappersförfattare och det finns ingen relation med varandraoch Vi tog prover med detaljerad provinformation från Guangdong djurlivsredningscenter med hjälp från Jiejian Zou och Fanghui Hou som våra medförfattare och vi vet inte var proverna från Nature-papperet kommer ifrån. ” (våra betoning)

Följande punkter väcker tvivel om Dr. Chens påståenden ovan: 

a– Liu et al. (2020), Xiao et al (2020) och Liu et al. (2019) delade följande författare: Ping Liu och Jinping Chen var författare på 2019 Virus papper och 2020 PLoS-patogener papper, seniorförfattare Wu Chen om Xiao et al. (2020) var medförfattare till 2019 Virus papper, och Jiejian Zhou och Fanghui Hou var författare på både Xiao et al. och Liu et al. 

b– Båda manuskriptet deponerades på den offentliga förtrycksservern bioRxiv samma datum: 20 februari 2020. 

c– Xiao et al. ”Bytt namn på pangolinprover först publicerade av Liu et al. [2019] Virus utan att nämna sin studie som den ursprungliga artikeln som beskrev dessa prover, och använde metagenomiska data från dessa prover i sin analys ”(Chan och Zhan). 

d– Liu et al. är fullständigt genom av pangolin coronavirus 99.95% identiska vid nukleotidnivån till det fullständiga pangolin-coronavirus-genomet publicerat av Xiao et al. Hur kunde Liu et al. har producerat ett helt genom som är 99.95% identiskt (endast ~ 15 nukleotidskillnad) med Xiao et al. utan att dela datamängder och analyser?

När olika forskargrupper oberoende kommer fram till liknande uppsättningar av slutsatser om en given forskningsfråga ökar det sannolikheten för sanningen för de inblandade påståendena. Oron här är att Liu et al. och Xiao et al. utfördes inte oberoende studier enligt Dr. Chen. Var det någon samordning mellan Liu et al. och Xiao et al. om deras analys och publikationer? Om så är fallet, vad var omfattningen och karaktären av den samordningen? 

3– Varför gjorde Liu et al. inte offentliggöra de råa amplikonsekvenseringsdata som de använde för att montera sitt genom av pangolin coronavirus? Utan dessa rådata kan pangolin coronavirus-genomet som samlats av Liu et al., Andra inte oberoende verifiera och reproducera resultaten av Liu et al. Som tidigare nämnts är normen i vetenskapen att publicera och / eller dela all data som gör det möjligt för andra att självständigt verifiera och reproducera resultaten. Vi bad Dr. Jingping Chen att dela Liu et al.: S råa amplikonsekvensdata. Han svarade genom att dela Liu et al.: S RT-PCR-produktsekvensresultat, som inte är de råa amplikondata som används för att montera genomet av pangolin coronavirus. Varför är Dr. Jinping Chen ovillig att släppa rådata som gör det möjligt för andra att självständigt verifiera Liu et al.s analys.

4 Liu et al. Virus (2019) publicerades i oktober 2019 och dess författare hade deponerat sina pangolin coronavirus (sekvensläst arkiv) SRA-data hos NCBI september 23, 2019, men väntade till Januari 22, 2020 för att göra dessa uppgifter offentligt tillgängliga. Forskare släpper vanligtvis råa genomiska sekvensdata på offentligt tillgängliga databaser så snart som möjligt efter publiceringen av sina studier. Denna praxis säkerställer att andra oberoende kan komma åt, verifiera och använda sådan information. Varför gjorde Liu et al. 2019 vänta 4 månader på att göra deras SRA-data offentligt tillgängliga? Dr. Jinping Chen valde att inte svara direkt på denna fråga i vårt svar den 9 november 2020.

Vi kom också i kontakt med Dr. Stanley Perlman, PLoS-patogener Redaktör för Liu et al. och det här var vad han hade att säga.

Framför allt erkände Dr Perlman att:

  • ”PLoS Pathogens undersöker denna uppsats mer detaljerat” 
  • Han ”verifierade inte riktigheten i juli 2019-urvalet under peer review före publicering”
  • ”[C] oro över likheten mellan de två studierna [Liu et al. och Xiao et al.] kom fram när båda studierna hade publicerats. ”
  • Han ”såg inga amplikondata under peer review. Författarna gav ett anslutningsnummer för det sammansatta genomet ... även om det efter publicering kom fram att anslutningsnumret som anges i artikelns datatillgänglighetsförklaring är felaktigt. Det här felet och frågorna kring de råa sekvensuppgifterna för contig behandlas för närvarande som en del av fallet efter publicering. ”

När vi kontaktade PLoS-patogener med våra bekymmer om Liu et al. vi har följande svar från seniorredaktören för PLoS-teamet för publikationsetik:

E-post från Xiao et al.

Den 28 oktober, den Chief Biological Sciences Redaktör för Natur svarade (nedan) med nyckelfrasen "vi tar dessa frågor på allvar och kommer att undersöka ärendet du tar upp mycket noggrant." 

Den 30 oktober förklarade Xiao et al. till sist offentligt släppt deras råa amplikonsekvensdata. Emellertid, från och med publiceringen av denna bit, har amplikonsekvensdata som lämnats in av Xiao et al. saknas de faktiska rådatafilerna som gör det möjligt för andra att montera och verifiera deras pangolin coronavirus genomssekvens.

Viktiga frågor kvarstår som måste tas upp: 

  1. Är pangolin coronavirus riktiga? Bildtexten för Figur 1e i Xiao et al. säger: "Virala partiklar ses i dubbelmembranblåsor i överföringselektronmikroskopbilden taget från Vero E6-cellodling inokulerad med supernatanten av homogeniserad lungvävnad från en pangolin, med morfologi som indikerar koronavirus." Om Xiao et al. isolerade pangolin coronavirus, skulle de dela det isolerade virusprovet med forskare utanför Kina? Detta kan gå långt för att verifiera att detta virus faktiskt existerar och kommer från pangolinvävnad.
  2. Hur tidigt 2020 eller till och med 2019 var Liu et al., Xiao et al., Lam et al. och Zhang et al. medveten om att de skulle publicera resultat baserat på samma dataset?
    a. Fanns det någon samordning med tanke på att en var förtryckt den 18 februari och tre var förtryckta den 20 februari?
    b. Varför gjorde Liu et al. (2019) inte göra deras sekvenslästa arkivdata offentligt tillgängliga samma dag som de deponerade dem på NCBI: s databas? Varför väntade de till den 22 januari 2020 med att offentliggöra denna pangolin coronavirus-sekvensdata.
    c. Innan Liu et al. 2019 Virus data släpptes på NCBI den 22 januari 2020, var dessa uppgifter tillgängliga för andra forskare i Kina? Om så är fallet, vilken databas lagrades sekvenseringsdata för pangolin coronavirus på, vem hade åtkomst och när deponerades och gjordes informationen?
  3. Kommer författarna att samarbeta i en oberoende undersökning för att spåra källan till dessa pangolinprover för att se om fler SARS-CoV-2-liknande virus kan hittas i partier av smugglade djur i mars till juli 2019 - som kan finnas som frysta prover eller vara fortfarande lever i Guangdong Wildlife Rescue Center?
  4. Och kommer författarna att samarbeta i en oberoende utredning för att se om smugglarna (fängslades eller fick böter och släpptes?) Har SARS-virusantikroppar från regelbunden exponering för dessa virus?

Varför vi undersöker ursprunget till SARS-CoV-2, biosäkerhetslaboratorier och GOF-forskning

Skriva ut E-post Dela Tweeta

se Biohazards Blog för uppdateringar om vår undersökning, och vi publicerar dokument från vår undersökning här. Bli Medlem här för att få veckovisa uppdateringar. 

I juli 2020 började USAs rätt att veta att skicka in offentliga registerförfrågningar i strävan efter data från offentliga institutioner i ett försök att upptäcka vad som är känt om ursprunget till det nya koronaviruset SARS-CoV-2, som orsakar sjukdomen Covid-19. Sedan början av utbrottet i Wuhan har SARS-CoV-2 dödat mer än en miljon människor, medan miljontals fler är sjuka i en global pandemi som fortsätter att utvecklas.

Vi undersöker också olyckor, läckor och andra missöden vid laboratorier där patogener med pandemipotential lagras och modifieras, och folkhälsoriskerna med GOF-forskning (involvering av funktionssätt), som involverar experiment för att förbättra aspekter av dödliga patogeners funktionalitet. , såsom virusbelastning, infektivitet och överförbarhet.

Allmänheten och det globala vetenskapssamhället har rätt att veta vilka uppgifter som finns om dessa frågor. Vi rapporterar här alla användbara resultat som kan komma fram ur vår forskning.

US Right to Know är en undersökande forskargrupp som fokuserar på att främja öppenhet för folkhälsan.

Varför bedriver vi denna forskning?

Vi är oroade över att de nationella säkerhetsapparaterna i USA, Kina och på andra håll och universitetet, industrin och statliga enheter som de samarbetar med kanske inte ger en fullständig och ärlig bild av ursprunget till SARS-CoV-2 och farorna. av gain-of-function-forskning.

Genom vår forskning försöker vi svara på tre frågor:

  • Vad är känt om ursprunget till SARS-CoV-2?
  • Finns det olyckor eller olyckor som har inträffat vid biosäkerhet eller GOF-forskningsanläggningar som inte har rapporterats?
  • Finns det oro för pågående säkerhetsrisker för biosäkerhetslaboratorier eller GOF-forskning som inte har rapporterats?

Vad är ursprunget till SARS-CoV-2?

I slutet av december 2019, i staden Wuhan, Kina, kom nyheter om den dödliga smittsamma sjukdomen som heter COVID-19, orsakad av SARS-CoV-2, ett nytt koronavirus som man inte tidigare har känt till. Ursprunget till SARS-CoV-2 är inte känt. Det finns två huvudhypoteser.

Forskare i professionella nätverk associerade med Wuhan Institute of Virology (WIV) och EcoHealth Alliance, en amerikansk ideell organisation som har samlat miljontals dollar från bidrag från skattebetalare till sammarbeta med WIV om coronavirusforskning, Har skriven att det nya viruset troligen härstammar från naturligt urval i djurvärdar, med dess behållare i fladdermöss. Detta "Zoonotiskt" ursprung hypotesen stärktes ytterligare av hävdar att det nya koronavirusutbrottet startade i en "vilda djur och växter" marknaden i Wuhan, den Huanan skaldjursmarknaddär potentiellt infekterade djur kan ha sålts. (Men åtminstone en tredjedel av det första klustret av infekterade patienter, inklusive det tidigaste kända infektionsfallet från den 1 december 2019, hade varken direkt eller indirekt kontakt med Huanans skaldjursmarknad för människor och djur.

Zoonoshypotesen är för närvarande den rådande ursprungshypotesen. Det zoonotiska ursprunget till SARS-CoV-2 har dock ännu inte definitivt fastställt, och vissa forskare har påpekat att det vilar på motsägande observationer den där kräver vidare utredning.

För ytterligare läsning om dessa ämnen, se vår läslista: Vad är ursprunget till SARS-CoV-2? Vilka är riskerna med vinst-till-funktion-forskning?

Vissa forskare har föreslagit en annan ursprungshypotes; de spekulerar i att SARS-CoV-2 är resultatet av en oavsiktligt frisättning av vildtyp eller lab-modifierad stam av en nära besläktad SARS-liknande virus som hade lagrats i biosäkerhetsanläggningar som genomför koronavirusforskning i Wuhan, såsom WIV eller Wuhan Centers for Disease Control and Prevention.

Det är viktigt att ett laboratoriesprungscenario inte nödvändigtvis utesluter hypotesen för zoonos eftersom SARS-CoV-2 kan vara resultatet av laboratoriemodifikationer som utförts på orapporterade versioner av SARS-liknande bat coronavirus lagras i WIV, eller bara insamling och lagring av sådana koronavirus. Kritiker av hypoteser från lab-ursprung har avfärdat dessa idéer som ogrundade spekulationer och konspirationsteorier.

Hittills finns det inte tillräcklig bevis att definitivt avvisa antingen zoonotiskt ursprung eller hypoteser från laboratoriet. Vi vet, baserat på publicerade forskningsartiklar och Amerikanska federala bidrag till EcoHealth Alliance för finansiering av WIV: s coronavirusforskning, den WIV lagras hundratals potentiellt farliga SARS-liknande koronavirus och utfördes GOF-experiment om koronavirus i samarbete med amerikanska universitet, och det fanns biosäkerhetsproblem med WIV: s BSL-4-laboratorium.

Men hittills har det inte gjorts någon oberoende granskning av WIV: s laboratoriejournaler och databaser, och det finns lite information om WIV: s interna verksamhet. WIV har tagit bort information från sin webbplats så som 2018-besöket av amerikanska vetenskapsdiplomateroch stängde åtkomst till sin virusdatabas och laboratoriejournaler av koronavirusexperimenten som utförs av WIV-forskare.

Att förstå ursprunget till SARS-CoV-2 har avgörande politiska konsekvenser för folkhälso- och livsmedelssystemen. SARS-CoV-2s potentiella zoonotiska ursprung ökar frågor om politik som främjar en utvidgning av industriellt jordbruk och boskap, vilket kan vara en viktig drivkraft för framväxten av nya och högpatogena virus, avskogning, förlust av biologisk mångfald och intrång i livsmiljöer. De Möjligheten att SARS-CoV-2 kan ha kommit fram från ett biodefensionslaboratorium frågor handla om om vi borde har dessa anläggningar, där vild-härledda mikrobiella patogener lagras och modifieras via GOF-experiment.

Oavsett om SARS-CoV-2 är laboratoriemodifierad eller inte, väcker lab-origin-teoretikernas undersökningar livsviktiga frågor om transparensunderskott när det gäller forskning om potentiella pandemipatogener, och imperativ och aktörer som skapar alltmer utbredda anläggningar för biosäkerhetsbegränsning där farliga virus finns lagras och modifieras för att göra dem mer dödliga.

Är forskning om vinst-och-funktion värt risken?

Det är viktigt bevis att biosäkerhetslaboratorier har haft många olyckor, överträdelseroch fel i inneslutningen, och att potentiella fördelar med forskningsresultat Maj inte vara värt de risker orsakar potentiella pandemier.

GOF-forskning som oroar sig modifierar och testar farliga patogener som Ebola, H1N1-influensavirus och SARS-relaterade koronavirus under rubriken att utveckla medicinska motåtgärder (såsom vacciner). Som sådan är det av intresse inte bara att bioteknik och läkemedelsindustri men också till bioförsvarsindustri, som handlar om den potentiella användningen av GOF-forskning för biogarn.

GOF-forskning om dödliga patogener är en större allmän hälsofrågor. rapporter av oavsiktliga läckage och biosäkerhetsöverträdelser på GOF: s forskningsanläggningar är inte ovanliga. Efter en framstående grupp av virologer publicerade en brådskande konsensus uttalande den 14 juli 2014 med uppmaning till ett moratorium för GOF-forskning som oroar sig införde den amerikanska regeringen under president Barack Obamas regering en  "Finansieringspaus" om GOF-experiment med farliga patogener, inklusive koronavirus och influensavirus.

Den federala finansieringspausen för GOF-forskning som oroar sig upphävdes 2017 efter en period då den amerikanska regeringen åtog sig en serie överläggningar för att bedöma fördelar och risker associerade med studier som involverar GOF-forskning av intresse.

Söker öppenhet

Vi är oroliga för att data som är avgörande för folkhälsopolitiken om ursprunget till SARS-CoV-2, och riskerna med biosäkerhetslaboratorier och forskning om funktionsnedsättning, kan döljas inom biodefensionsnätverk i de nationella säkerhetsapparaterna i Förenta staterna. Stater, Kina och på andra håll.

Vi kommer att försöka belysa dessa frågor genom att använda offentliga registerförfrågningar. Kanske kommer vi att lyckas. Vi kan lätt misslyckas. Vi kommer att rapportera allt användbart som vi kan hitta.

Sainath Suryanarayanan, doktor, är forskare vid US Right to Know och medförfattare till boken, “Försvinnande bin: vetenskap, politik och honungsbihälsa”(Rutgers University Press, 2017).