Ändrade datamängder ger fler frågor om tillförlitligheten hos viktiga studier om koronavirusursprung

Skriva ut E-post Dela Tweeta

Revideringar av genomiska datamängder associerade med fyra viktiga studier om koronavirusursprung lägger till ytterligare frågor om tillförlitligheten hos dessa studier, vilket ger grundläggande stöd för hypotesen att SARS-CoV-2 har sitt ursprung i vilda djur. Studierna, Peng Zhou et al., Hong Zhou et al., Lam et al.och Xiao et al., upptäckte SARS-CoV-2-relaterade koronavirus i hästskofladdermöss och malaysiska pangoliner.

Studiens författare deponerade DNA-sekvensdata som anropades sekvensen läser, som de använde för att montera genom- och pangolin-coronavirusgenom, i National Center for Biotechnology Information (NCBI) sekvensläst arkiv (SRA). NCBI grundade den offentliga databasen för att hjälpa oberoende verifiering av genomiska analyser baserade på sekvenseringstekniker med hög kapacitet.

USA: s rätt att veta erhållna dokument genom en offentlig register begär att visa revisioner till dessa studier SRA-data månader efter det att de publicerades. Dessa revisioner är udda eftersom de inträffade efter publicering och utan någon motivering, förklaring eller validering.

Till exempel, Peng Zhou et al. och Lam et al. uppdaterade sina SRA-uppgifter samma två datum. Dokumenten förklarar inte varför de ändrade sina uppgifter, bara att vissa ändringar gjordes. Xiao et al. gjort många ändringar till deras SRA-data, inklusive borttagning av två datamängder den 10 mars, tillägg av en ny datamängd den 19 juni, en ersättning den 8 november av data som först släpptes den 30 oktober och en ytterligare dataändring den 13 november - två dagar efter Natur lade till en redaktörs "not av bekymmer" om studien. Hong Zhou et al. har ännu inte delat hela SRA-datasetet som möjliggör oberoende verifiering. Medan tidskrifter gillar Natur kräva att författare gör alla uppgifter ”omedelbart tillgänglig”Vid tidpunkten för publicering kan SRA-data släppas efter offentliggörande; men det är ovanligt att göra sådana ändringar månader efter publicering.

Dessa ovanliga ändringar av SRA-data gör inte automatiskt de fyra studierna och deras tillhörande datamängder opålitliga. Förseningarna, luckorna och förändringarna i SRA-data har dock hindrat oberoende montering och verifiering av de publicerade genomssekvenserna och lägga till frågor och oro handla om de giltighet av de fyra studierna, såsom:

  1. Vilka var de exakta revisionerna av SRA-uppgifterna efter publiceringen? Varför skapades de? Hur påverkade de associerade genomiska analyser och resultat?
  2. Validerades dessa Vägverkets revisioner oberoende? Om så är fallet, hur? De NCBI: s enda validering kriterium för att publicera ett SRA BioProject - utöver grundläggande information som ”organismens namn” - är att det inte kan vara ett duplikat.

För mer information

Vårt National Center for Biotechnology Information (NCBI) dokument finns här: NCBI-e-postmeddelanden (63 sidor)

USAs rätt att veta publicerar dokument från våra offentliga registerförfrågningar för vår utredning av biohazards. Ser: FOI-dokument om ursprunget till SARS-CoV-2, risker med forskning om vinnande funktion och biosäkerhetslaboratorier.

Bakgrundssida om USA: s rätt att veta undersökning av ursprunget till SARS-CoV-2.

Ingen peer review för tillägg till framstående studie av coronavirus ursprung?

Skriva ut E-post Dela Tweeta

Dagboken Natur bedömde inte tillförlitligheten för viktiga påståenden som gjordes den 17 november tillägg till en studera om bat-ursprunget till romanen coronavirus SARS-CoV-2, korrespondens med Natur personal föreslår.

Den 3 februari 2020 rapporterade forskare från Wuhan Institute of Virology att de upptäckte den närmaste kända släktingen till SARS-CoV-2, ett bat coronavirus som heter RaTG13. RaTG13 har blivit centralt till hypotesen att SARS-CoV-2 härstammar från vilda djur.

Tillägget adresserar obesvarad frågor om härkomst från RaTG13. Författarna, Zhou et al., Klargjorde att de hittade RaTG13 2012-2013 "i en övergiven minskaft i Mojiang County, Yunnan-provinsen", där sex gruvarbetare led akut andningsnedsyndrom efter exponering för fladd avföringoch tre dog. Undersökningar av symtom hos sjuka gruvarbetare kan ge viktiga ledtrådar om ursprunget till SARS-CoV-2. Zhou et al. rapporterade att de inte hittade SARS-relaterade koronavirus i lagrade serumprover från sjuka gruvarbetare, men de stödde inte sina påståenden med data och metoder om deras analyser och experimentella kontroller.

Frånvaron av nyckeldata i tillägget har väckte ytterligare frågor om tillförlitligheten hos Zhou et al. studie. Den 27 november frågade USAs rätt att veta Natur frågor om tilläggets påståenden och begärde det Natur publicera alla stödjande uppgifter som Zhou et al. kan ha tillhandahållit.

December 2, Natur Kommunikationschef Bex Walton svarade att originalet Zhou et al. studien var "exakt men otydlig" och att tillägget var lämpligt plattform efter publicering för att klargöra. Hon tillade: ”När det gäller dina frågor skulle vi uppmana dig att kontakta författarna till uppsatsen för svar, som dessa frågor gäller inte den forskning som vi har publicerat men till annan forskning utförd av författarna, som vi inte kan kommentera ”(betonar vår). Eftersom våra frågor relaterade till forskning som beskrivs i tillägget, har Natur representantens uttalande antyder att Zhou et al.s tillägg inte utvärderades som forskning.

Vi frågade en uppföljningsfråga den 2 december: ”utsattes detta tillägg för eventuell peer-review och / eller redaktionell tillsyn av Natur? ” Fru Walton svarade inte direkt; hon svarade: ”I allmänhet kommer våra redaktörer att bedöma kommentarer eller oro som tas upp med oss ​​i första hand, konsultera författarna och söka råd från kolleggranskare och andra externa experter om vi anser det nödvändigt. Vår sekretesspolicy innebär att vi inte kan kommentera den specifika hanteringen av enskilda ärenden. ”

Eftersom Natur anser att ett tillägg är ett Post-publikationsuppdateringoch inte utsätter sådana tillägg efter publicering till samma peer-review-standarder som originalpublikationer, verkar det troligt att Zhou et al. tillägget genomgick inte peer-review.

Författarna Zhengli Shi och Peng Zhou svarade inte på våra frågor om deras Natur Addendum.