Природа и патогены PLoS проверяют научную достоверность ключевых исследований, связывающих коронавирусы панголина с происхождением SARS-CoV-2

печать Эл. адрес Поделиться Твитнуть

Зарегистрируйтесь, чтобы получать обновления из блога Biohazards.

Саинат Сурьянараянан, доктор философии 

Здесь мы отправляем наши электронные письма старшим авторам Лю и др. а так же Xiao et al., и редакторы PLoS патогенов а так же природа. Мы также представляем подробное обсуждение вопросов и опасений, поднятых в этих электронных письмах, которые ставят под сомнение достоверность этих ключевых исследований происхождения нового коронавируса SARS-CoV-2, вызывающего COVID-19. Смотрите наши отчеты по этим письмам, Под вопросом достоверность ключевых исследований происхождения коронавируса; научные журналы исследуют (11.9.20)


Электронная переписка с доктором Цзиньпином Ченом, старший автор Лю и др.:


Электронные письма доктора Цзиньпина Чена вызывают ряд вопросов и опасений: 

1– Лю и др. (2020) собрали свою опубликованную последовательность генома коронавируса панголинов на основе образцов коронавирусов, взятых у трех ящеров, двух образцов из контрабандной партии в марте 2019 года и одного образца из другой партии, перехваченной в июле 2019 года. База данных Национального центра биотехнологической информации (NCBI) , где от ученых требуется депонировать данные о последовательностях для обеспечения независимой проверки и воспроизводимости опубликованных результатов, содержит данные архива считывания последовательностей (SRA) для двух образцов за март 2019 г., но отсутствуют данные для образца от июля 2019 г. На вопрос об этом пропавшем образце, который д-р Цзиньпин Чен идентифицирует как F9, д-р Цзиньпин Чен заявил: «Необработанные данные этих трех образцов можно было найти под номером доступа NCBI PRJNA573298, а идентификаторами биопроба были SAMN12809952, SAMN12809953 и SAMN12809954, кроме того, особь (F9) из другой партии также была положительной, исходные данные можно увидеть в NCBI SRA SUB 7661929, который скоро будет выпущен, потому что у нас есть еще один MS (на рассмотрении)»(Курсив наш).

Вызывает беспокойство то, что Liu et al. не опубликовали данные, соответствующие 1 из 3 образцов панголинов, которые они использовали для сборки своей последовательности генома коронавируса панголинов. Доктор Цзиньпин Чен также не поделился этими данными, когда его спросили. Нормой в науке является публикация и / или распространение всех данных, которые позволили бы другим независимо проверять и воспроизводить результаты. Как PLoS патогенов пусть Лю и др. уклоняться от публикации важных образцов данных? Почему доктор Цзиньпин Чен не делится данными, относящимися к этому третьему образцу панголина? Почему Лю и др. хотите опубликовать неопубликованные данные, относящиеся к этому третьему образцу панголина, как часть другого исследования, которое было отправлено в другой журнал? Беспокойство здесь заключается в том, что ученые неправильно приписывают пропавшую пробу панголина из Liu et al. к другому исследованию, что затрудняет последующее отслеживание важных деталей об этом образце панголина, таких как контекст, в котором был взят образец панголина.

2– Доктор Цзиньпин Чен отрицал, что Лю и др. имели какие-либо отношения с Сяо и др. (2020) природа исследование. Он написал: «Мы представили нашу статью о патогенных микроорганизмах PLOS 14 февраля 2020 года до публикации в Nature (ссылка 12 в нашей статье о патогенных микроорганизмах PLOS, которую они представили 16 февраля 2020 года с даты их отправки в Nature), нашей статьи о патогенных микроорганизмах PLOS. объясните, что SARS-Cov-2 не является прямым источником коронавируса панголинов, а панголин не является промежуточным хозяином. Мы узнали об их работе после их новостного брифинга 7 февраля 2020 г., и у нас есть разные мнения с ними, две другие статьи (Вирусы и Природа) были перечислены в статье PLOS Pathogen в качестве справочных документов (номер ссылки 10 и 12), мы разные исследовательские группы от авторов статей в журнале Nature, и между нами нет никаких отношенийи мы взяли образцы с подробной информацией об образцах из центра спасения дикой природы Гуандуна с помощью Цзэцзянь Цзоу и Фанхуй Хоу в качестве наших соавторов. и мы не знаем откуда образцы бумаги Nature. » (наши акценты)

Следующие пункты вызывают сомнения в отношении утверждений доктора Чена выше: 

a– Лю и др. (2020), Xiao et al (2020) и Liu et al. (2019) разделили следующих авторов: Пин Лю и Цзиньпин Чен были авторами 2019 года. Вирусы бумага и 2020 PLoS патогенов статья, старший автор Wu Chen on Xiao et al. (2020) был соавтором 2019 Вирусы paper, а Цзэцзянь Чжоу и Фанхуй Хоу были авторами как Xiao et al. и Лю и др. 

б– Обе рукописи депонированы на общедоступный сервер препринтов. bioRxiv в тот же день: 20 февраля 2020 г. 

c– Xiao et al. «Переименованные образцы панголинов, впервые опубликованные Liu et al. [2019] Вирусы, не ссылаясь на свое исследование как на оригинальную статью, описывающую эти образцы, и использовали метагеномные данные этих образцов в своем анализе »(Чан и Жан). 

d– Полный геном коронавируса панголина у Лю и др. 99.95% идентичны на уровне нуклеотидов до полного генома коронавируса панголина, опубликованного Xiao et al. Как мог Лю и др. получили полный геном, который на 99.95% идентичен (разница всего ~ 15 нуклеотидов) Xiao et al. без обмена наборами данных и анализами?

Когда разные исследовательские группы независимо приходят к одинаковому набору выводов по заданному исследовательскому вопросу, это значительно увеличивает вероятность истинности соответствующих утверждений. Обеспокоенность здесь заключается в том, что Liu et al. и Xiao et al. не были независимо проведенными исследованиями, как утверждает доктор Чен. Была ли какая-либо координация между Лю и др. и Xiao et al. относительно их анализа и публикаций? Если да, то каковы были степень и характер этой координации? 

3– Почему Лю и др. не сделать общедоступными необработанные данные секвенирования ампликонов, которые они использовали для построения генома своего коронавируса панголина? Без этих необработанных данных геном коронавируса панголина, собранный Лю и др., Другие не могут независимо проверить и воспроизвести результаты Лю и др. Как упоминалось ранее, нормой в науке является публикация и / или совместное использование всех данных, которые позволили бы другим независимо проверять и воспроизводить результаты. Мы попросили доктора Цзинпин Чена поделиться необработанными данными последовательности ампликонов Лю и др. Он ответил, поделившись результатами анализа последовательности продукта ОТ-ПЦР Лю и др., Которые не являются исходными данными ампликона, используемыми для сборки генома коронавируса панголина. Почему доктор Цзиньпин Чен не хочет публиковать необработанные данные, которые позволили бы другим независимо проверить анализ Лю и др.

4- Лю и др. Вирусы (2019) был опубликован в октябре 2019 года, и его авторы депонировали свои данные SRA о коронавирусе панголина (архив чтения последовательностей) в NCBI сентября 23, 2019, но подождал, пока 22 января 2020 сделать эти данные общедоступными. Ученые обычно публикуют необработанные данные о геномной последовательности в общедоступных базах данных как можно скорее после публикации своих исследований. Такая практика гарантирует, что другие могут независимо получать доступ, проверять и использовать такие данные. Почему Лю и др. 2019 ждать 4 месяца, чтобы сделать свои данные SRA общедоступными? Доктор Цзиньпин Чен решил не отвечать прямо на этот наш вопрос в своем ответе 9 ноября 2020 года.

Мы также связались с доктором Стэнли Перлманом, PLoS патогенов Редактор Liu et al. а также это то, что он должен был сказать.

Примечательно, что доктор Перлман признал, что:

  • «PLoS Pathogens изучает этот документ более подробно» 
  • Он «не проверял достоверность образца от июля 2019 года во время рецензирования перед публикацией».
  • «[C] обеспокоен сходством между двумя исследованиями [Liu et al. и Сяо и др.] стали известны только после того, как оба исследования были опубликованы ».
  • Он «не видел никаких данных об ампликоне во время экспертной оценки. Авторы предоставили регистрационный номер для собранного генома… хотя после публикации выяснилось, что регистрационный номер, указанный в Заявлении о доступности данных статьи, неверен. Эта ошибка и вопросы, связанные с необработанными данными секвенирования контигов, в настоящее время рассматриваются как часть дела после публикации ».

Когда мы связались PLoS патогенов с нашей обеспокоенностью по поводу Лю и др. мы получили следующее ответ старшего редактора группы по этике публикаций PLoS:

Письма от Сяо и др..

В октябре 28, Главный редактор биологических наук природа ответил (ниже) ключевой фразой: «Мы очень серьезно относимся к этим вопросам и очень внимательно рассмотрим вопрос, который вы поднимаете ниже». 

30 октября Xiao et al. наконец-то публично выпущенный их необработанные данные последовательности ампликонов. Однако на момент публикации этой статьи данные о последовательности ампликонов, представленные Xiao et al. отсутствуют фактические файлы необработанных данных, которые позволили бы другим собрать и проверить свою последовательность генома коронавируса панголина.

Остаются важные вопросы, которые необходимо решить: 

  1. Настоящие ли коронавирусы панголинов? Заголовок для Рисунок 1e в Xiao et al. утверждает: «Вирусные частицы видны в везикулах с двойной мембраной на изображении просвечивающей электронной микроскопии, взятом из культуры клеток Vero E6, засеянной супернатантом гомогенизированной легочной ткани одного панголина, с морфологией, указывающей на коронавирус». Если Xiao et al. изолировали коронавирус панголина, поделятся ли они изолированным образцом вируса с исследователями за пределами Китая? Это может иметь большое значение для подтверждения того, что этот вирус действительно существует и произошел из ткани панголина.
  2. Насколько рано в 2020 или даже 2019 были Лю и др., Xiao et al., Лам и др. а так же Zhang et al. знаете, что они будут публиковать результаты на основе одного и того же набора данных?
    а. Была ли какая-либо координация, учитывая, что один был напечатан 18 февраля, а три - 20 февраля?
    б. Почему Лю и др. (2019) не сделали ли их архивные данные последовательного чтения общедоступными на дату их размещения в базе данных NCBI? Почему они ждали до 22 января 2020 года, чтобы обнародовать эти данные о последовательности коронавируса ящеров?
    c. До того, как Liu et al. 2019 г. Вирусы данные были опубликованы в NCBI 22 января 2020 г., были ли эти данные доступны другим исследователям в Китае? Если да, то в какой базе данных хранились данные о секвенировании коронавируса панголинов, у кого был доступ, и когда данные были депонированы и сделаны доступными?
  3. Будут ли авторы сотрудничать в независимом расследовании, чтобы отследить источник этих образцов ящеров, чтобы увидеть, можно ли будет найти больше вирусов, подобных SARS-CoV-2, в партиях незаконно ввезенных животных с марта по июль 2019 г., которые могут существовать в виде замороженных образцов или быть все еще живы в Центре спасения дикой природы Гуандун?
  4. И будут ли авторы сотрудничать в независимом расследовании, чтобы выяснить, есть ли у контрабандистов (были ли они заключены в тюрьму? Или оштрафованы и отпущены?) Антитела к вирусу SARS от регулярного контакта с этими вирусами?