Nature and PLoS Pathogens investigam a veracidade científica dos principais estudos que ligam os coronavírus do pangolim à origem do SARS-CoV-2

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Por Sainath Suryanarayanan, PhD 

Aqui, fornecemos nossos e-mails com autores sênior de Liu et al. e Xiao et al., e os editores de PLoS Pathogens e natureza. Apresentamos também uma discussão aprofundada das questões e preocupações levantadas por esses e-mails, que colocam em dúvida a validade desses estudos importantes sobre a origem do novo coronavírus SARS-CoV-2, que causa o COVID-19. Veja nosso relatório sobre esses e-mails, Validade dos principais estudos sobre a origem do coronavírus em dúvida; revistas científicas investigando (11.9.20)


Comunicações por e-mail com o Dr. Jinping Chen, autor sênior de Liu et al:


Os e-mails do Dr. Jinping Chen levantam uma série de preocupações e perguntas: 

1– Liu et al. (2020) montaram sua sequência de genoma de coronavírus de pangolim publicada com base em coronavírus amostrados de três pangolinas, duas amostras de um lote contrabandeado em março de 2019 e uma amostra de um lote diferente interceptado em julho de 2019. Banco de dados do National Center for Biotechnology Information (NCBI) , onde os cientistas são obrigados a depositar dados de sequência para garantir a verificação independente e reprodutibilidade dos resultados publicados, contém os dados do arquivo de leitura de sequência (SRA) para as duas amostras de março de 2019, mas estão faltando dados para a amostra de julho de 2019. Ao ser questionado sobre esta amostra ausente, que o Dr. Jinping Chen identifica como F9, o Dr. Jinping Chen afirmou: "Os dados brutos dessas três amostras podem ser encontrados sob o número de acesso do NCBI PRJNA573298, e a ID da BioSample era SAMN12809952, SAMN12809953 e SAMN12809954, além disso, individual (F9) de lote diferente também foi positivo, os dados brutos podem ser vistos no NCBI SRA SUB 7661929, que será lançado em breve, pois temos outro MS (em revisão)”(Grifo nosso).

É preocupante que Liu et al. não publicaram dados correspondentes a 1 das 3 amostras de pangolins que usaram para montar a sequência do genoma do coronavírus do pangolim. O Dr. Jinping Chen também não compartilhou esses dados quando solicitado. A norma na ciência é publicar e / ou compartilhar todos os dados que permitiriam a outros verificar e reproduzir os resultados de forma independente. Como fez PLoS Pathogens deixe Liu et al. evita a publicação de dados de amostra cruciais? Por que o Dr. Jinping Chen não está compartilhando dados relativos a esta terceira amostra de pangolim? Por que Liu et al. deseja liberar dados não publicados relativos a esta terceira amostra de pangolim como parte de outro estudo que foi submetido a uma revista diferente? A preocupação aqui é que os cientistas atribuam erroneamente a amostra de pangolim ausente de Liu et al. a um estudo diferente, tornando difícil para outros rastrearem detalhes importantes sobre essa amostra de pangolim, como o contexto em que a amostra de pangolim foi coletada.

2– Dr. Jinping Chen negou que Liu et al. teve qualquer relação com Xiao et al. (2020) natureza estude. Ele escreveu: “Enviamos nosso artigo de patógenos PLOS em 14 de fevereiro de 2020 antes do artigo da Nature (a Referência 12 em nosso artigo de patógenos PLOS, eles enviaram em 16 de fevereiro de 2020 a partir da data de envio na Nature), nosso artigo de patógenos PLOS explicar que o SARS-Cov-2 não é diretamente do coronavírus do pangolim e que o pangolim não é um hospedeiro intermediário. Conhecemos o trabalho deles após a coletiva de imprensa em 7 de fevereiro de 2020, e temos opiniões diferentes com eles, os outros dois artigos (Viruses and Nature) foram listados no artigo PLOS Pathogen como artigos de referência (número de referência 10 e 12), somos grupos de pesquisa diferentes dos autores de artigos da Nature, e não há relacionamento entre nóse coletamos amostras com informações detalhadas do centro de resgate da vida selvagem de Guangdong com a ajuda de Jiejian Zou e Fanghui Hou como nossos co-autores e não sabemos de onde vêm as amostras do jornal Nature. ” (nossas ênfases)

Os seguintes pontos levantam dúvidas sobre as alegações do Dr. Chen acima: 

a– Liu et al. (2020), Xiao et al (2020) e Liu et al. (2019) compartilharam os seguintes autores: Ping Liu e Jinping Chen foram autores em 2019 vírus papel e 2020 PLoS Pathogens artigo, autor sênior Wu Chen em Xiao et al. (2020) foi um co-autor do 2019 vírus artigo, e Jiejian Zhou e Fanghui Hou foram os autores de Xiao et al. e Liu et al. 

b– Ambos os manuscritos foram depositados no servidor público de pré-impressão bioRxiv na mesma data: 20 de fevereiro de 2020. 

c– Xiao et al. “Amostras de pangolim renomeadas publicadas pela primeira vez por Liu et al. [2019] Vírus sem citar seu estudo como o artigo original que descreveu essas amostras e usou os dados metagenômicos dessas amostras em sua análise ”(Chan e Zhan). 

d– O genoma completo do pangolin coronavirus de Liu et al. 99.95% idêntico no nível de nucleotídeo para o genoma completo do coronavírus pangolin publicado por Xiao et al. Como Liu et al. produziram um genoma completo que é 99.95% idêntico (diferença de apenas ~ 15 nucleotídeos) a Xiao et al. sem compartilhar conjuntos de dados e análises?

Quando diferentes grupos de pesquisa chegam independentemente a conjuntos semelhantes de conclusões sobre uma determinada questão de pesquisa, isso aumenta significativamente a probabilidade de veracidade das afirmações envolvidas. A preocupação aqui é que Liu et al. e Xiao et al. não foram realizados estudos independentes, como afirma o Dr. Chen. Houve alguma coordenação entre Liu et al. e Xiao et al. em relação às suas análises e publicações? Em caso afirmativo, qual foi a extensão e a natureza dessa coordenação? 

3– Por que Liu et al. não disponibilizam publicamente os dados brutos do sequenciamento do amplicon que usaram para montar o genoma do coronavírus pangolim? Sem esses dados brutos, o genoma do coronavírus pangolim montado por Liu et al., Outros não podem verificar e reproduzir de forma independente os resultados de Liu et al. Como mencionado anteriormente, a norma na ciência é publicar e / ou compartilhar todos os dados que permitiriam a outros verificar e reproduzir os resultados de forma independente. Pedimos ao Dr. Jingping Chen para compartilhar os dados brutos da sequência do amplicon de Liu et al. Ele respondeu compartilhando os resultados da sequência do produto RT-PCR de Liu et al., Que não são os dados de amplicon brutos usados ​​para montar o genoma do coronavírus do pangolim. Por que o Dr. Jinping Chen reluta em divulgar os dados brutos que permitiriam que outros verificassem de forma independente a análise de Liu et al.?

4- Liu et al. Vírus (2019) foi publicado em outubro de 2019 e seus autores depositaram seus dados de SRA do coronavírus do pangolim (arquivo de leitura de sequência) com o NCBI de setembro 23, 2019, mas esperou até 22 de janeiro de 2020 para tornar esses dados acessíveis ao público. Os cientistas normalmente liberam dados brutos da sequência genômica em bancos de dados acessíveis ao público o mais rápido possível após a publicação de seus estudos. Essa prática garante que outras pessoas possam acessar, verificar e utilizar esses dados de forma independente. Por que Liu et al. 2019 esperar 4 meses para tornar seus dados SRA acessíveis ao público? O Dr. Jinping Chen optou por não responder diretamente a esta nossa pergunta em sua resposta em 9 de novembro de 2020.

Também entramos em contato com o Dr. Stanley Perlman, PLoS Pathogens Editor de Liu et al. e É isto que ele tinha a dizer.

Notavelmente, o Dr. Perlman reconheceu que:

  • “PLoS Pathogens está investigando este artigo com mais detalhes” 
  • Ele “não verificou a veracidade da amostra de julho de 2019 durante a revisão por pares antes da publicação”
  • “[C] preocupa-se com a semelhança entre os dois estudos [Liu et al. e Xiao et al.] veio à tona somente depois que ambos os estudos foram publicados. ”
  • Ele “não viu nenhum dado do amplicon durante a revisão por pares. Os autores forneceram um número de acesso para o genoma montado ... embora após a publicação tenha se descoberto que o número de acesso listado na Declaração de Disponibilidade de Dados do artigo está incorreto. Este erro e as questões sobre os dados de sequenciamento contig brutos estão atualmente sendo tratados como parte do caso pós-publicação. ”

Quando entramos em contato PLoS Pathogens com nossas preocupações sobre Liu et al. nós temos o seguinte resposta do Editor Sênior da equipe de Ética da Publicação da PLoS:

Emails de Xiao et al.

Em outubro do 28, o Editor Chefe de Ciências Biológicas da natureza respondeu (abaixo) com a frase-chave “levamos essas questões muito a sério e analisaremos a questão que você levantar abaixo com muito cuidado”. 

Em 30 de outubro, Xiao et al. finalmente lançado publicamente seus dados brutos da sequência do amplicon. No entanto, a partir da publicação deste artigo, os dados da sequência do amplicon enviados por Xiao et al. está faltando os arquivos de dados brutos reais que permitiriam que outros montassem e verificassem sua sequência do genoma do coronavírus pangolim.

Ainda restam questões importantes que precisam ser abordadas: 

  1. Os coronavírus do pangolim são reais? A legenda para A Figura 1e em Xiao et al. afirma: “Partículas virais são vistas em vesículas de membrana dupla na imagem de microscopia eletrônica de transmissão tirada de cultura de células Vero E6 inoculada com sobrenadante de tecido pulmonar homogeneizado de um pangolim, com morfologia indicativa de coronavírus.” Se Xiao et al. isolado o coronavírus pangolin, eles compartilhariam a amostra isolada do vírus com pesquisadores fora da China? Isso pode ajudar muito a verificar se esse vírus realmente existe e veio do tecido do pangolim.
  2. Quão no início de 2020, ou mesmo 2019, Liu et al., Xiao et al., Lam et al. e Zhang et al. ciente de que publicariam resultados com base no mesmo conjunto de dados?
    uma. Houve alguma coordenação considerando que uma foi pré-impressa em 18 de fevereiro e três foram pré-impressos em 20 de fevereiro?
    b. Por que Liu et al. (2019) não tornou sua sequência de dados de arquivo de leitura acessível publicamente na data em que os depositou no banco de dados do NCBI? Por que eles esperaram até 22 de janeiro de 2020 para tornar públicos os dados da sequência do coronavírus do pangolim?
    c. Antes do Liu et al. 2019 vírus Os dados foram divulgados no NCBI em 22 de janeiro de 2020. Esses dados estavam acessíveis a outros pesquisadores na China? Em caso afirmativo, em qual banco de dados os dados de sequenciamento do coronavírus do pangolim estavam armazenados, quem teve acesso e quando os dados foram depositados e disponibilizados?
  3. Os autores irão cooperar em uma investigação independente para rastrear a origem dessas amostras de pangolim para ver se mais vírus semelhantes ao SARS-CoV-2 podem ser encontrados nos lotes de animais contrabandeados de março a julho de 2019 - que podem existir como amostras congeladas ou ser ainda está vivo no Guangdong Wildlife Rescue Center?
  4. E os autores irão cooperar em uma investigação independente para ver se os contrabandistas (eles foram presos? Ou multados e libertados?) Têm anticorpos contra o vírus SARS por exposição regular a esses vírus?