Aard en PLoS-pathogenen onderzoeken de wetenschappelijke juistheid van belangrijke studies die pangolin-coronavirussen koppelen aan de oorsprong van SARS-CoV-2

Print E-mail* Deel Tweet

Meld je aan ontvang updates van de Biohazards Blog.

Door Sainath Suryanarayanan, PhD 

Hier bieden we onze e-mails met senior auteurs van Liu et al. en Xiao et al., en de redactie van PLoS Pathogens en NATUUR. We presenteren ook een diepgaande bespreking van de vragen en zorgen die door deze e-mails naar voren worden gebracht, die twijfel doen rijzen over de validiteit van deze belangrijke onderzoeken naar de oorsprong van het nieuwe coronavirus SARS-CoV-2 dat COVID-19 veroorzaakt. Zie onze rapportage over deze e-mails, Geldigheid kernonderzoeken naar oorsprong coronavirus twijfelachtig; wetenschappelijke tijdschriften onderzoeken 11.9.20


E-mailcommunicatie met Dr. Jinping Chen, senior auteur van Liu et al:


De e-mails van Dr. Jinping Chen roepen een aantal zorgen en vragen op: 

1– Liu et al. (2020) verzamelden hun gepubliceerde genoomsequentie van het pangolin-coronavirus op basis van coronavirussen die werden bemonsterd uit drie pangolins, twee monsters uit een gesmokkelde batch in maart 2019 en één monster uit een andere batch die in juli 2019 werd onderschept. De database van het National Center for Biotechnology Information (NCBI) -database , waar wetenschappers sequentiegegevens moeten deponeren om onafhankelijke verificatie en reproduceerbaarheid van gepubliceerde resultaten te garanderen, bevat de sequentie-leesarchiefgegevens (SRA) voor de twee monsters van maart 2019, maar er ontbreken gegevens voor het monster van juli 2019. Toen hem werd gevraagd naar dit ontbrekende monster, dat Dr. Jinping Chen identificeert als F9, verklaarde Dr. Jinping Chen: “De onbewerkte gegevens van deze drie monsters konden worden gevonden onder NCBI-toegangsnummer PRJNA573298, en het BioSample-ID was SAMN12809952, SAMN12809953, en SAMN12809954, bovendien individu (F9) uit verschillende batch was ook positief, de onbewerkte gegevens zijn te zien in NCBI SRA SUB 7661929, die binnenkort zal worden vrijgegeven, want we hebben nog een MS (wordt beoordeeld)”(Onze nadruk).

Het is zorgwekkend dat Liu et al. hebben geen gegevens gepubliceerd die overeenkomen met 1 van de 3 pangolins-monsters die ze gebruikten om hun genoomsequentie van het pangolin-coronavirus samen te stellen. Dr. Jinping Chen deelde deze gegevens ook niet op verzoek. De norm in de wetenschap is om alle gegevens te publiceren en / of te delen zodat anderen de resultaten onafhankelijk kunnen verifiëren en reproduceren. Hoe deed PLoS Pathogens laat Liu et al. omzeilen van het publiceren van cruciale voorbeeldgegevens? Waarom deelt dr. Jinping Chen geen gegevens over dit derde schubdiermonster? Waarom zouden Liu et al. wilt u niet-gepubliceerde gegevens vrijgeven met betrekking tot dit derde schubdiermonster als onderdeel van een andere studie die is ingediend bij een ander tijdschrift? De zorg hier is dat wetenschappers het ontbrekende pangolin-monster van Liu et al. Verkeerd zouden toeschrijven. naar een andere studie, waardoor het voor anderen moeilijk werd om vervolgens belangrijke details over dit pangolinemonster op te sporen, zoals de context waarin het pangolinemonster werd verzameld.

2– Dr. Jinping Chen ontkende dat Liu et al. enige relatie hebben gehad met Xiao et al.'s (2020) NATUUR studie. Hij schreef: “We hebben ons PLOS Pathogens paper ingediend op 14 februari 2020 vóór het Nature paper (de referentie 12 in ons PLOS pathogens paper, ze hebben ingediend op 16 februari 2020 vanaf hun indieningsdatum in Nature), onze PLOS pathogenen paper leg uit dat SARS-Cov-2 niet rechtstreeks van het pangolin-coronavirus is en niet als tussengastheer. We kenden hun werk na hun nieuwsbriefing op 7 februari 2020, en we hebben verschillende meningen over hen, de andere twee artikelen (Virussen en Natuur) zijn opgenomen in het PLOS Pathogen-artikel als referentieartikelen (referentienummer 10 en 12), we zijn verschillende onderzoeksgroepen dan auteurs van Nature paper, en er is geen relatie met elkaaren we hebben monsters met gedetailleerde voorbeeldinformatie genomen van het opvangcentrum voor wilde dieren in Guangdong met hulp van Jiejian Zou en Fanghui Hou als onze co-auteurs en we weten niet waar de voorbeelden van het Nature-papier vandaan komen. " (onze accenten)

De volgende punten doen twijfels rijzen over de beweringen van Dr. Chen hierboven: 

a– Liu et al. (2020), Xiao et al (2020) en Liu et al. (2019) deelden de volgende auteurs: Ping Liu en Jinping Chen waren auteurs van de 2019 Virussen papier en de 2020 PLoS Pathogens papier, senior auteur Wu Chen over Xiao et al. (2020) was co-auteur van de 2019 Virussen paper, en Jiejian Zhou en Fanghui Hou waren auteurs van zowel Xiao et al. en Liu et al. 

b– Beide manuscripten zijn gedeponeerd op de openbare preprint-server bioRxiv op dezelfde datum: 20 februari 2020. 

c– Xiao et al. “Hernoemde pangolin-monsters voor het eerst gepubliceerd door Liu et al. [2019] Virussen zonder hun studie te noemen als het originele artikel waarin deze monsters werden beschreven, en gebruikten de metagenomische gegevens van deze monsters bij hun analyse "(Chan en Zhan). 

d– Liu et al .'s volledige pangolin coronavirus-genoom is 99.95% identiek op het nucleotideniveau van het volledige pangolin-coronavirusgenoom gepubliceerd door Xiao et al. Hoe konden Liu et al. hebben een heel genoom geproduceerd dat 99.95% identiek is (slechts ~ 15 nucleotiden verschil) aan Xiao et al. zonder datasets en analyses te delen?

Wanneer verschillende onderzoeksgroepen onafhankelijk van elkaar tot vergelijkbare conclusies komen over een bepaalde onderzoeksvraag, vergroot dit de waarschijnlijkheid van waarheid van de betrokken claims aanzienlijk. De zorg hier is dat Liu et al. en Xiao et al. waren geen onafhankelijk uitgevoerde onderzoeken zoals beweerd door Dr. Chen. Was er enige coördinatie tussen Liu et al. en Xiao et al. met betrekking tot hun analyse en publicaties? Zo ja, wat was de omvang en de aard van die coördinatie? 

3– Waarom hebben Liu et al. niet openbaar maken van de ruwe amplicon-sequentiegegevens die ze gebruikten om hun pangolin-coronavirusgenoom samen te stellen? Zonder deze ruwe data, het pangolin coronavirus genoom samengesteld door Liu et al., Kunnen anderen de resultaten van Liu et al. Niet onafhankelijk verifiëren en reproduceren. Zoals eerder vermeld, is de norm in de wetenschap om alle gegevens te publiceren en / of te delen zodat anderen de resultaten onafhankelijk kunnen verifiëren en reproduceren. We vroegen Dr. Jingping Chen om de onbewerkte ampliconsequentiegegevens van Liu et al. Te delen. Hij reageerde door de resultaten van de RT-PCR-productsequentie van Liu et al. Te delen, die niet de ruwe amplicongegevens zijn die worden gebruikt om het pangolin-coronavirusgenoom samen te stellen. Waarom aarzelt dr. Jinping Chen om de ruwe gegevens vrij te geven waarmee anderen de analyse van Liu et al. Onafhankelijk kunnen verifiëren?

4- Liu et al. Virussen (2019) werd in oktober 2019 gepubliceerd en de auteurs hadden hun SRA-gegevens van het schubdiercoronavirus (sequentie-leesarchief) bij NCBI gedeponeerd September 23, 2019, maar wachtte tot 22 januari 2020 om deze gegevens openbaar toegankelijk te maken. Wetenschappers geven doorgaans zo snel mogelijk na de publicatie van hun studies onbewerkte genomische sequentiegegevens vrij in openbaar toegankelijke databases. Deze praktijk zorgt ervoor dat anderen onafhankelijk toegang kunnen krijgen tot dergelijke gegevens, deze kunnen verifiëren en gebruiken. Waarom hebben Liu et al. 2019 4 maanden wachten om hun SRA-gegevens openbaar toegankelijk te maken? Dr. Jinping Chen koos ervoor om deze vraag van ons niet direct te beantwoorden in zijn antwoord op 9 november 2020.

We hebben ook contact opgenomen met Dr.Stanley Perlman, PLoS Pathogens Editor van Liu et al. en dit is wat hij te zeggen had.

Met name erkende dr.Perlman dat:

  • "PLoS Pathogens onderzoekt dit artikel in meer detail" 
  • Hij "heeft de waarheidsgetrouwheid van de steekproef van juli 2019 niet geverifieerd tijdens pre-publicatie peer review"
  • “[C] maakt zich zorgen over de gelijkenis tussen de twee onderzoeken [Liu et al. en Xiao et al.] kwamen pas aan het licht nadat beide onderzoeken waren gepubliceerd. "
  • Hij “zag geen amplicongegevens tijdens peer review. De auteurs verstrekten een toegangsnummer voor het verzamelde genoom… hoewel na publicatie aan het licht kwam dat het toegangsnummer vermeld in de Data Availability Statement van het artikel onjuist is. Deze fout en vragen over de onbewerkte sequentiegegevens worden momenteel behandeld als onderdeel van de post-publicatie. "

Toen we contact opnamen PLoS Pathogens met onze zorgen over Liu et al. we hebben het volgende reactie van de Senior Editor van het PLoS Publication Ethics-team:

E-mails van Xiao et al.

Op 28 oktober jl Hoofdredacteur Biologische Wetenschappen van NATUUR antwoordde (hieronder) met de sleutelzin "we nemen deze kwesties zeer serieus en zullen de kwestie die u hieronder aan de orde stelt zeer zorgvuldig onderzoeken." 

Op 30 oktober hebben Xiao et al. Tenslotte publiekelijk vrijgegeven hun ruwe ampliconsequentiegegevens. Vanaf de publicatie van dit stuk zijn de amplicon-sequentiegegevens die zijn ingediend door Xiao et al. mist de feitelijke onbewerkte gegevensbestanden waarmee anderen hun genoomsequentie van het pangolin-coronavirus kunnen samenstellen en verifiëren.

Er blijven nog belangrijke vragen die moeten worden aangepakt: 

  1. Zijn de schubdieren coronavirussen echt? Het bijschrift voor Figuur 1e in Xiao et al. stelt: "Virale deeltjes worden gezien in dubbelmembraanblaasjes in het transmissie-elektronenmicroscopiebeeld genomen uit Vero E6-celkweek geïnoculeerd met supernatant van gehomogeniseerd longweefsel van één schubdier, met een morfologie die wijst op coronavirus." Als Xiao et al. isoleerden het pangolin coronavirus, zouden ze het geïsoleerde virusmonster delen met onderzoekers buiten China? Dit zou een lange weg kunnen zijn om te verifiëren dat dit virus echt bestaat en afkomstig is van schubdierweefsel.
  2. Hoe vroeg in 2020, of zelfs 2019, waren Liu et al., Xiao et al., Lam et al. en Zhang et al. zich ervan bewust dat ze resultaten zouden publiceren op basis van dezelfde dataset?
    een. Was er enige coördinatie gezien het feit dat er een voorgedrukt was op 18 februari en drie voorgedrukt op 20 februari?
    b. Waarom hebben Liu et al. (2019) hun archiefgegevens niet openbaar toegankelijk maken op de datum waarop ze deze in de NCBI-database hebben gedeponeerd? Waarom wachtten ze tot 22 januari 2020 om deze sequentiegegevens van het pangolin-coronavirus openbaar te maken?
    c. Voordat de Liu et al. 2019 Virussen gegevens zijn op 22 januari 2020 vrijgegeven op NCBI, waren deze gegevens toegankelijk voor andere onderzoekers in China? Zo ja, in welke database waren de sequentiegegevens van het pangolin-coronavirus opgeslagen, wie had toegang en wanneer werden de gegevens gedeponeerd en toegankelijk gemaakt?
  3. Zullen de auteurs meewerken aan een onafhankelijk onderzoek om de bron van deze schubdiermonsters op te sporen om te zien of er meer SARS-CoV-2-achtige virussen kunnen worden gevonden in de batches van gesmokkelde dieren van maart tot juli 2019 - die kunnen bestaan ​​als bevroren monsters of nog in leven in het Guangdong Wildlife Rescue Center?
  4. En zullen de auteurs meewerken aan een onafhankelijk onderzoek om te zien of de smokkelaars (werden ze gevangengezet? Of beboet en losgelaten?) SARS-virusantistoffen hebben door regelmatige blootstelling aan deze virussen?