변경된 데이터 세트는 코로나 바이러스 기원에 대한 주요 연구의 신뢰성에 대해 더 많은 질문을 제기합니다.

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코로나 바이러스 기원에 대한 네 가지 주요 연구와 관련된 게놈 데이터 세트에 대한 수정은 이러한 연구의 신뢰성에 대한 추가 질문을 추가하여 가설에 대한 기본 지원을 제공합니다. SARS-CoV-2는 야생 동물에서 유래했습니다. 연구, Peng Zhou 외., Hong Zhou 외., Lam et al.Xiao et al., 말발굽 박쥐와 말라야 천산갑에서 SARS-CoV-2 관련 코로나 바이러스를 발견했습니다.

연구의 저자들은 다음과 같은 DNA 염기 서열 데이터를 기탁했습니다. 시퀀스 읽기, 그들은 NCBI (National Center for Biotechnology Information)에서 박쥐 및 천산갑 코로나 바이러스 게놈을 조립하는 데 사용했습니다. 시퀀스 읽기 아카이브 (SRA). NCBI는 고 처리량 시퀀싱 기술을 기반으로 한 게놈 분석의 독립적 검증을 지원하기 위해 공개 데이터베이스를 구축했습니다.

미국 알 권리는 공공 기록에 의해 획득 한 문서를 다음과 같이 요청합니다. 개정판보기 이 연구의 SRA 데이터는 출판 된 지 몇 달 후입니다. 이러한 수정은 게시 후에 발생했으며 어떠한 근거, 설명 또는 검증도 없었기 때문에 이상합니다.

예를 들어, Peng Zhou et al.Lam et al. 동일한 두 날짜에 SRA 데이터를 업데이트했습니다. 문서는 데이터를 변경 한 이유를 설명하지 않고 일부 변경 사항 만 작성했습니다. Xiao et al. 수많은 변화를 10 월 19 일에 두 개의 데이터 세트 삭제, 8 월 30 일에 새 데이터 세트 추가, 13 월 XNUMX 일에 처음 출시 된 데이터의 XNUMX 월 XNUMX 일 교체, XNUMX 월 XNUMX 일에 추가 데이터 변경을 포함하여 SRA 데이터에 추가됩니다. 이틀 후 자연 편집자의 "주의 사항"추가 연구에 대해. Hong Zhou et al. 독립적 인 검증을 가능하게하는 전체 SRA 데이터 세트를 아직 공유하지 않았습니다. 저널이 좋아하는 동안 자연 작성자는 모든 데이터를 작성해야합니다.즉시 사용 가능”발행 당시 SRA 데이터 공개 가능 출판; 그러나 출판 후 몇 달 동안 그러한 변경을하는 것은 드문 일입니다.

SRA 데이터의 이러한 비정상적인 변경으로 인해 XNUMX 개의 연구와 관련 데이터 세트가 자동으로 신뢰할 수 없게되는 것은 아닙니다. 그러나 SRA 데이터의 지연, 격차 및 변경으로 인해 독립 조립 및 검증을 방해 게시 된 게놈 서열의 질문우려 전에, 효력 다음과 같은 네 가지 연구 중

  1. SRA 데이터에 대한 정확한 게시 후 수정 사항은 무엇입니까? 왜 만들어 졌습니까? 관련 게놈 분석 및 결과에 어떤 영향을 미쳤습니까?
  2. 이러한 SRA 개정은 독립적으로 검증 되었습니까? 그렇다면 어떻게? 그만큼 NCBI의 유일한 검증 "유기체 이름"과 같은 기본 정보 외에 SRA BioProject를 게시하는 기준은 중복 될 수 없다는 것입니다.

자세한 내용은 다음을 참조하십시오 : 

그리고, 국립 생명 공학 정보 센터 (NCBI) 문서는 여기에서 찾을 수 있습니다. NCBI 이메일 (63 페이지)

US Right to Know는 생물학적 위험 조사를 위해 공개 기록 요청에서 문서를 게시하는 것입니다. 보다: SARS-CoV-2의 기원, 기능 향상 연구 및 생물 안전 실험실의 위험에 대한 FOI 문서.

배경 페이지 SARS-CoV-2의 기원에 대한 US Right to Know의 조사에 대해.

의심되는 코로나 바이러스의 기원에 대한 주요 연구의 타당성; 조사하는 과학 저널

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Carey Gillam 작성

이후 COVID-19의 발생 2019 년 2 월 중국 우한에서 과학자들은 원인 인자 인 신종 코로나 바이러스 SARS-CoV-2의 출현에 대한 단서를 찾았습니다. SARS-CoV-XNUMX의 출처를 밝히는 것은 향후 발생을 예방하는 데 중요 할 수 있습니다.

일련의 높은 윤곽 연구 올해 초에 발표 된 것은 SARS-CoV-2가 박쥐에서 유래 한 다음 천산갑이라고하는 개미 핥기 유형을 통해 인간에게 뛰어 들었다는 가설에 대한 과학적 신뢰를 제공했습니다. 세계에서 가장 많이 밀매되는 야생 동물 중. 그 동안 특정 이론 천산갑과 관련된 것은 대폭 할인,“pangolin papers”로 알려진 2 개의 연구는 코로나 바이러스가 SARS-CoV-XNUMX와 밀접한 관련이 있다는 개념을 계속해서 뒷받침합니다. 야생에서 돌다, 즉 COVID-2를 유발 한 SARS-CoV-19는 아마도 야생 동물에서 나온 것입니다. 

야생 동물 출처 인 "동물학"이론에 대한 초점은 바이러스에 대한 글로벌 토론에서 중요한 요소가되어 대중의 관심을 가능성 바이러스의 기원 중국 정부 연구소 내부 - 우한 바이러스 연구소.

그러나 USRTK (US Right to Know)는 동물학 이론의 토대를 구성하는 XNUMX 개의 논문 중 XNUMX 개가 결함이있는 것으로 보이며 해당 논문이 출판 된 저널의 편집자들이 – 병원균 PLoS 자연 – 연구이면의 ​​핵심 데이터와 데이터 분석 방법을 조사하고 있습니다. 다른 두 가지는 비슷하게 보입니다. 결점을 겪다.

연구 논문의 문제는 전체 동물학 이론의 타당성에 대해“심각한 질문과 우려”를 일으킨다. Sainath Suryanarayanan 박사, 생물 학자이자 과학 사회 학자이며 USRTK 직원 과학자입니다.  Suryanarayanan 박사에 따르면이 연구에는 충분히 신뢰할 수있는 데이터, 독립적으로 검증 가능한 데이터 세트, 투명한 동료 검토 및 편집 프로세스가 부족합니다. 

논문의 선임 저자 및 저널 편집자 및 분석과 함께 그의 이메일을 참조하십시오. Nature and PLoS Pathogens는 판 골린 코로나 바이러스와 SARS-CoV-2의 기원을 연결하는 주요 연구의 과학적 진실성을 조사합니다.

중국 정부 당국 먼저 아이디어를 홍보 인간의 COVID-19 원인 인자의 근원은 7 월 야생 동물에서 나왔다고합니다. 중국 정부 지원 과학자들은 18 월 XNUMX 일과 XNUMX 일 사이에 저널에 제출 된 XNUMX 개의 개별 연구에서이 이론을 뒷받침했습니다.

중국에서 COVID-19의 출현과 확산을 조사하는 세계 보건기구의 중국 합동 선교 팀 XNUMX 월에 명시 : "COVID-19 바이러스는 박쥐 사스 유사 코로나 바이러스에 대해 96 %, 천산갑 사스 유사 코로나 바이러스에 대해 86 % -92 %의 게놈 정체성을 가지고 있기 때문에 COVID-19의 동물 공급원 일 가능성이 높습니다." 

중국에서 시작된 야생 동물 공급원에 대한 집중은 냉기를 도왔습니다. 통화 조사를 위해 무한 바이러스 연구소, 동물 코로나 바이러스가 오랫동안 저장되고 유 전적으로 조작 된 곳입니다. 대신, 국제 과학 및 정책 입안 커뮤니티의 자원과 노력은 깔때기가있는 사람과 야생 동물 사이의 접촉을 형성하는 요인을 이해하기 위해. 

문제의 네 가지 논문은 Liu et al., Xiao et al. , Lam et al.장 외. 현재 저널 편집자들이 조사하고있는 두 가지는 Liu et al과 Xiao et al입니다. 이 두 논문의 저자 및 저널 편집자들과의 의사 소통에서 USRTK는 다음을 포함하여 해당 연구의 출판에 심각한 문제가 있음을 알게되었습니다.    

  • Liu et al. 전문가가 자신의 게놈 분석을 독립적으로 검증 할 수있는 원시 및 / 또는 누락 된 데이터를 게시하거나 공유하지 않았습니다 (요청시).
  • 두 편집자 자연병원균 PLoS, Liu et al.의 편집자 인 Stanley Perlman 교수는 이메일 커뮤니케이션에서 이러한 논문의 심각한 문제를 알고 있으며 저널이이를 조사하고 있음을 인정했습니다. 그러나 그들은 논문의 잠재적 인 문제를 공개하지 않았습니다.  

현재 진행중인 조사에 대한 저널의 침묵은 더 많은 과학자, 정책 입안자 및 COVID-19의 영향을받는 대중이 연구 논문과 관련된 문제를 인식하지 못한다는 것을 의미한다고 Suryanarayanan 박사는 말했습니다. 

"우리는 이러한 문제가 전 세계의 삶과 생계에 급격한 영향을 미치는 재앙적인 유행병에 기관이 대응하는 방식을 형성 할 수 있기 때문에 중요하다고 생각합니다."라고 그는 말했습니다.

이러한 이메일에 대한 링크는 여기에서 찾을 수 있습니다. 

7 월 2020에서는, US Right to Know는 데이터를 추구하기 위해 공개 기록 요청을 제출하기 시작했습니다. Covid-2를 유발하는 신종 코로나 바이러스 SARS-CoV-19의 기원에 대해 알려진 것을 발견하기 위해 공공 기관으로부터. 우한에서 발발이 시작된 이래로 SARS-CoV-2는 백만 명이 넘는 사람들을 죽였고 계속해서 펼쳐지는 세계적인 유행병으로 수백만 명이 더 병을 앓고 있습니다.

11 월 5, 미국 알 권리가 소송을 제기했습니다. 정보 자유 법의 조항을 위반 한 국립 보건원 (NIH)에 반대합니다. 소송워싱턴 DC에있는 미국 지방 법원에 제출 된는 Wuhan Institute of Virology, Wuhan Center for Disease Control and Prevention, 그리고 Wuhan Institute of와 제휴하고 자금을 지원 한 EcoHealth Alliance와 같은 조직과의 통신을 요청합니다. 바이러스학.

US Right to Know는 공중 보건의 투명성 증진에 초점을 맞춘 비영리 조사 연구 그룹입니다. 당신은 할 수 있습니다 여기에 기부하여 연구 및보고를 지원하십시오. 

Nature and PLoS Pathogens는 판 골린 코로나 바이러스와 SARS-CoV-2의 기원을 연결하는 주요 연구의 과학적 진실성을 조사합니다.

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Sainath Suryanarayanan, PhD 작성 

여기에서 우리는 다음의 수석 저자들에게 이메일을 제공합니다. Liu et al.Xiao et al.및 편집자 병원균 PLoS자연. 또한 COVID-2를 유발하는 신종 코로나 바이러스 SARS-CoV-19의 기원에 대한 주요 연구의 타당성을 의심하는 이러한 이메일에서 제기 된 질문과 우려 사항에 대한 심층 토론을 제공합니다. 이 이메일에 대한보고를 참조하십시오. 의심되는 코로나 바이러스의 기원에 대한 주요 연구의 타당성; 조사하는 과학 저널 (11.9.20)


진핑 첸 박사와의 이메일 커뮤니케이션, Liu et al의 선임 저자:


진핑 첸 박사의 이메일은 많은 우려와 질문을 제기합니다. 

1– Liu et al. (2020)은 2019 개의 pangolin에서 샘플링 한 코로나 바이러스, 2019 년 2019 월에 밀수 된 배치에서 2019 개의 샘플, 9 년 573298 월에 차단 된 다른 배치에서 12809952 개의 샘플을 기반으로 공개 된 pangolin coronavirus 게놈 서열을 수집했습니다. NCBI (National Center for Biotechnology Information) 데이터베이스 과학자들이 발표 된 결과의 독립적 인 검증 및 재현성을 보장하기 위해 서열 데이터를 보관해야하는 경우 12809953 년 12809954 월 샘플 XNUMX 개에 대한 SRA (Sequence Read Archive) 데이터가 포함되어 있지만 XNUMX 년 XNUMX 월 샘플에 대한 데이터가 누락되었습니다. Jinping Chen 박사가 FXNUMX로 식별 한이 누락 된 샘플에 대한 질문을받은 Jinping Chen 박사는 다음과 같이 말했습니다.“이 세 가지 샘플의 원시 데이터는 NCBI 등록 번호 PRJNAXNUMX에서 찾을 수 있으며 BioSample ID는 SAMNXNUMX, SAMNXNUMX 및 또한 SAMNXNUMX, 다른 배치의 개별 (F9)도 양성이었습니다. 원시 데이터는 NCBI SRA SUB 7661929에서 볼 수 있습니다., 또 다른 MS를 위해 곧 출시 될 예정입니다 (검토 중).”(강조).

그것은 Liu et al. 그들은 그들의 pangolin coronavirus 게놈 서열을 조립하는 데 사용한 1 개의 pangolins 샘플 중 3 개에 해당하는 데이터를 발표하지 않았습니다. Dr. Jinping Chen도 요청을 받았을 때이 데이터를 공유하지 않았습니다. 과학의 표준은 다른 사람들이 결과를 독립적으로 확인하고 재현 할 수 있도록 모든 데이터를 게시 및 / 또는 공유하는 것입니다. 어떻게 했어 병원균 PLoS Liu et al. 중요한 샘플 데이터를 게시하지 않습니까? 진핑 첸 박사가이 세 번째 천산갑 샘플과 관련된 데이터를 공유하지 않는 이유는 무엇입니까? Liu et al. 다른 저널에 제출 된 다른 연구의 일부로이 세 번째 천산갑 샘플과 관련된 미발표 데이터를 공개하고 싶습니까? 여기서 우려되는 점은 과학자들이 Liu et al.에서 누락 된 천산갑 샘플을 잘못 분류 할 것이라는 점입니다. 다른 연구를 통해 다른 연구자들이이 천산갑 샘플에 대한 중요한 세부 사항 (예 : 천산갑 샘플이 수집 된 상황)을 추적하기 어렵게 만듭니다.

2– Dr. Jinping Chen은 Liu et al. Xiao et al. (2020)과 어떤 관계가 있습니다. 자연 연구. 그는 다음과 같이 썼습니다.“우리는 Nature 논문 (PLOS 병원균 논문의 Reference 14, Nature에 제출 한 날짜로부터 2020 년 12 월 16 일에 제출 한 PLOS 병원균 논문) 이전에 2020 년 2 월 XNUMX 일 PLOS 병원균 논문을 제출했습니다. SARS-Cov-XNUMX는 pangolin coronavirus에서 직접 유래하지 않았으며 pangolin은 중간 숙주가 아닙니다. 7 년 2020 월 XNUMX 일 뉴스 브리핑 후 그들의 작업을 알았습니다., 우리는 그들과 다른 의견을 가지고 있으며, 다른 두 논문 (Viruses와 Nature)은 PLOS Pathogen 논문에 참고 논문 (참조 번호 10과 12)으로 등재되었습니다. 우리는 Nature paper 저자와 다른 연구 그룹이며 서로 관계가 없습니다.우리는 공동 저자 인 Jiejian Zou와 Fanghui Hou의 도움을 받아 광동 야생 동물 구조 센터의 세부 샘플 정보와 함께 샘플을 채취했습니다. 그리고 우리는 Nature paper의 샘플이 어디에서 왔는지 모릅니다..” (우리의 강조)

다음 사항은 위의 Chen 박사의 주장에 대한 의구심을 불러 일으 킵니다. 

a– Liu et al. (2020), Xiao et al (2020) 및 Liu et al. (2019)는 다음 저자를 공유했습니다 .Ping Liu와 Jinping Chen은 2019의 저자였습니다. 바이러스 종이와 2020 병원균 PLoS 논문, Xiao et al.의 선임 저자 Wu Chen. (2020)은 2019의 공동 저자였습니다. 바이러스 논문, Jiejian Zhou와 Fanghui Hou는 Xiao et al. 및 Liu et al. 

b– 두 원고 모두 공개 사전 인쇄 서버에 기탁되었습니다. bioRxiv 같은 날짜 : 20 년 2020 월 XNUMX 일. 

c– Xiao et al. "이름이 변경된 천산갑 샘플은 Liu et al. [2019] 이러한 샘플을 설명하는 원본 기사로 연구를 인용하지 않고 이러한 샘플의 메타 게놈 데이터를 분석에 사용했습니다.”(찬과 잔). 

d– Liu et al. 's full pangolin coronavirus genome is 99.95 % 동일 뉴클레오타이드 수준에서 전체 판 골린 코로나 바이러스 게놈에 이르기까지 Xiao et al. Liu et al. Xiao et al.와 99.95 % 동일한 (단 ~ 15 개 뉴클레오티드 차이) 전체 게놈을 생성했습니다. 데이터 세트와 분석을 공유하지 않고?

여러 연구 그룹이 독립적으로 주어진 연구 질문에 대해 유사한 결론에 도달하면 관련된 주장의 진실 가능성이 크게 높아집니다. 여기서 관심사는 Liu et al. 및 Xiao et al. Chen 박사가 주장한대로 독립적으로 수행 된 연구가 아닙니다. Liu et al. 사이에 어떤 조정이 있었습니까? 및 Xiao et al. 그들의 분석과 출판에 대해? 그렇다면 그 조정의 범위와 성격은 어땠습니까? 

3– Liu et al. 판 골린 코로나 바이러스 게놈을 조립하는 데 사용한 원시 앰플 리콘 시퀀싱 데이터를 공개적으로 사용하지 않습니까? 이 원시 데이터가 없으면 Liu et al.에 의해 조립 된 pangolin coronavirus 게놈, 다른 사람들은 Liu et al.의 결과를 독립적으로 확인하고 재현 할 수 없습니다. 앞서 언급했듯이 과학의 규범은 다른 사람들이 결과를 독립적으로 확인하고 재현 할 수 있도록 모든 데이터를 게시 및 / 또는 공유하는 것입니다. 우리는 Jingping Chen 박사에게 Liu 등의 원시 앰플 리콘 시퀀스 데이터를 공유하도록 요청했습니다. 그는 Liu et al.의 RT-PCR 제품 서열 결과를 공유함으로써 응답했으며, 이는 판 골린 코로나 바이러스 게놈을 조립하는 데 사용되는 원시 앰플 리콘 데이터가 아닙니다. Jinping Chen 박사는 다른 사람들이 Liu 등의 분석을 독립적으로 검증 할 수있는 원시 데이터를 공개하는 것을 꺼리는 이유는 무엇입니까?

4 - Liu et al. 바이러스 (2019) 2019 년 XNUMX 월에 출판되었으며 저자는 판 골린 코로나 바이러스 (시퀀스 읽기 아카이브) SRA 데이터를 NCBI에 기탁했습니다. 9월 23, 2019에,하지만 기다렸습니다 22 년 2020 월 XNUMX 일 이 데이터를 공개적으로 액세스 할 수 있습니다. 과학자들은 일반적으로 연구가 발표 된 후 가능한 한 빨리 공개적으로 접근 가능한 데이터베이스에 원시 게놈 서열 데이터를 공개합니다. 이 관행은 다른 사람들이 이러한 데이터에 독립적으로 액세스, 확인 및 활용할 수 있도록합니다. Liu et al. 2019 년은 SRA 데이터를 공개적으로 액세스 할 수 있도록 4 개월을 기다려야합니까? 진핑 첸 박사는 9 년 2020 월 XNUMX 일의 답변에서 우리의 질문에 직접 답하지 않기로 결정했습니다.

Stanley Perlman 박사와도 연락했습니다. 병원균 PLoS Liu et al.의 편집자. 과 이것이 그가 말한 것입니다.

특히 Perlman 박사는 다음과 같이 인정했습니다.

  • "PLoS Pathogens는이 문서를 더 자세히 조사하고 있습니다." 
  • 그는 "출판 전 피어 리뷰에서 2019 년 XNUMX 월 샘플의 정확성을 확인하지 않았습니다"
  • “[c] 두 연구 간의 유사성에 대해 한 번에 [Liu et al. and Xiao et al.]은 두 연구가 모두 발표 된 후에야 밝혀졌습니다.”
  • 그는“동료 검토 중에 앰플 리콘 데이터를 보지 못했습니다. 저자는 조립 된 게놈에 대한 수탁 번호를 제공했지만… 출판 후 기사의 데이터 가용성 선언문에 나열된 수탁 번호가 정확하지 않다는 사실이 밝혀졌습니다. 이 오류와 원시 contig 시퀀싱 데이터에 대한 질문은 현재 게시 후 사례의 일부로 해결되고 있습니다.”

연락했을 때 병원균 PLoS Liu et al. 우리는 다음을 얻었다 PLoS 출판 윤리 팀 수석 편집자의 답변:

Xiao et al의 이메일.

28 월 XNUMX 일 의 최고 생물학 편집자 자연 "우리는 이러한 문제를 매우 진지하게 받아들이고 아래에서 제기하는 문제를 매우 신중하게 조사 할 것입니다."라는 핵심 문구로 (아래) 응답했습니다. 

30 월 XNUMX 일 Xiao et al. 드디어 공개적으로 출시 원시 앰플 리콘 시퀀스 데이터. 그러나이 작품의 출판 시점에서 Xiao et al. 다른 사람들이 그들의 천산갑 코로나 바이러스 게놈 서열을 조립하고 검증 할 수있는 실제 원시 데이터 파일이 누락되었습니다.

해결해야 할 중요한 질문이 남아 있습니다. 

  1. 천산갑 코로나 바이러스가 진짜인가요? 캡션 샤오 외 그림 1e. "바이러스 입자는 코로나 바이러스를 나타내는 형태로, 하나의 판 골린에서 균질화 된 폐 조직의 상층 액으로 접종 된 Vero E6 세포 배양에서 얻은 투과 전자 현미경 이미지에서 이중 막 소포에서 볼 수 있습니다." Xiao et al. 천산갑 코로나 바이러스를 분리하면 분리 된 바이러스 샘플을 중국 외부의 연구자들과 공유 할 수 있습니까? 이것은이 바이러스가 실제로 존재하고 천산갑 조직에서 나온 것인지 확인하는 데 큰 도움이 될 수 있습니다.
  2. 2020 년 또는 심지어 2019 년에는 Liu et al., Xiao et al., Lam et al.장 외. 동일한 데이터 세트를 기반으로 결과를 게시한다는 것을 알고 있습니까?
    ㅏ. 18 개는 20 월 XNUMX 일에, XNUMX 개는 XNUMX 월 XNUMX 일에 기 인쇄 된 점을 감안하면 조정이 있었나요?
    비. Liu et al. (2019) NCBI의 데이터베이스에 보관 한 날짜에 시퀀스 읽기 아카이브 데이터를 공개적으로 액세스 할 수 있도록하지 않습니까? 왜 그들은 22 년 2020 월 XNUMX 일까지이 천산갑 코로나 바이러스 시퀀스 데이터를 공개하기 위해 기다렸습니다.
    씨. Liu et al. 2019 년 바이러스 데이터는 22 년 2020 월 XNUMX 일 NCBI에 공개되었는데,이 데이터는 중국의 다른 연구자들이 접근 할 수 있었습니까? 그렇다면 천산갑 코로나 바이러스 시퀀싱 데이터는 어떤 데이터베이스에 저장되었고 누가 액세스했으며 언제 데이터를 보관하고 액세스 할 수 있었습니까?
  3. 저자는 2 년 2019 월에서 XNUMX 월까지의 밀수 동물 배치에서 더 많은 SARS-CoV-XNUMX- 유사 바이러스가 발견 될 수 있는지 알아보기 위해 이러한 천산갑 샘플의 출처를 추적하기 위해 독립적 인 조사에 협력 할 것입니다. 광둥 야생 동물 구조 센터에 아직 살아 있습니까?
  4. 그리고 저자들은 밀수업자 (수감 되었습니까? 아니면 벌금을 내고 놓아 주었습니까?)가이 바이러스에 정기적으로 노출 된 SARS 바이러스 항체를 가지고 있는지 확인하기 위해 독립적 인 조사에 협력 할 것입니까?