Nature and PLoS Pathogens는 판 골린 코로나 바이러스와 SARS-CoV-2의 기원을 연결하는 주요 연구의 과학적 진실성을 조사합니다.

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Sainath Suryanarayanan, PhD 작성 

여기에서 우리는 다음의 수석 저자들에게 이메일을 제공합니다. Liu et al.Xiao et al.및 편집자 병원균 PLoS자연. 또한 COVID-2를 유발하는 신종 코로나 바이러스 SARS-CoV-19의 기원에 대한 주요 연구의 타당성을 의심하는 이러한 이메일에서 제기 된 질문과 우려 사항에 대한 심층 토론을 제공합니다. 이 이메일에 대한보고를 참조하십시오. 의심되는 코로나 바이러스의 기원에 대한 주요 연구의 타당성; 조사하는 과학 저널 (11.9.20)


진핑 첸 박사와의 이메일 커뮤니케이션, Liu et al의 선임 저자:


진핑 첸 박사의 이메일은 많은 우려와 질문을 제기합니다. 

1– Liu et al. (2020)은 2019 개의 pangolin에서 샘플링 한 코로나 바이러스, 2019 년 2019 월에 밀수 된 배치에서 2019 개의 샘플, 9 년 573298 월에 차단 된 다른 배치에서 12809952 개의 샘플을 기반으로 공개 된 pangolin coronavirus 게놈 서열을 수집했습니다. NCBI (National Center for Biotechnology Information) 데이터베이스 과학자들이 발표 된 결과의 독립적 인 검증 및 재현성을 보장하기 위해 서열 데이터를 보관해야하는 경우 12809953 년 12809954 월 샘플 XNUMX 개에 대한 SRA (Sequence Read Archive) 데이터가 포함되어 있지만 XNUMX 년 XNUMX 월 샘플에 대한 데이터가 누락되었습니다. Jinping Chen 박사가 FXNUMX로 식별 한이 누락 된 샘플에 대한 질문을받은 Jinping Chen 박사는 다음과 같이 말했습니다.“이 세 가지 샘플의 원시 데이터는 NCBI 등록 번호 PRJNAXNUMX에서 찾을 수 있으며 BioSample ID는 SAMNXNUMX, SAMNXNUMX 및 또한 SAMNXNUMX, 다른 배치의 개별 (F9)도 양성이었습니다. 원시 데이터는 NCBI SRA SUB 7661929에서 볼 수 있습니다., 또 다른 MS를 위해 곧 출시 될 예정입니다 (검토 중).”(강조).

그것은 Liu et al. 그들은 그들의 pangolin coronavirus 게놈 서열을 조립하는 데 사용한 1 개의 pangolins 샘플 중 3 개에 해당하는 데이터를 발표하지 않았습니다. Dr. Jinping Chen도 요청을 받았을 때이 데이터를 공유하지 않았습니다. 과학의 표준은 다른 사람들이 결과를 독립적으로 확인하고 재현 할 수 있도록 모든 데이터를 게시 및 / 또는 공유하는 것입니다. 어떻게 했어 병원균 PLoS Liu et al. 중요한 샘플 데이터를 게시하지 않습니까? 진핑 첸 박사가이 세 번째 천산갑 샘플과 관련된 데이터를 공유하지 않는 이유는 무엇입니까? Liu et al. 다른 저널에 제출 된 다른 연구의 일부로이 세 번째 천산갑 샘플과 관련된 미발표 데이터를 공개하고 싶습니까? 여기서 우려되는 점은 과학자들이 Liu et al.에서 누락 된 천산갑 샘플을 잘못 분류 할 것이라는 점입니다. 다른 연구를 통해 다른 연구자들이이 천산갑 샘플에 대한 중요한 세부 사항 (예 : 천산갑 샘플이 수집 된 상황)을 추적하기 어렵게 만듭니다.

2– Dr. Jinping Chen은 Liu et al. Xiao et al. (2020)과 어떤 관계가 있습니다. 자연 연구. 그는 다음과 같이 썼습니다.“우리는 Nature 논문 (PLOS 병원균 논문의 Reference 14, Nature에 제출 한 날짜로부터 2020 년 12 월 16 일에 제출 한 PLOS 병원균 논문) 이전에 2020 년 2 월 XNUMX 일 PLOS 병원균 논문을 제출했습니다. SARS-Cov-XNUMX는 pangolin coronavirus에서 직접 유래하지 않았으며 pangolin은 중간 숙주가 아닙니다. 7 년 2020 월 XNUMX 일 뉴스 브리핑 후 그들의 작업을 알았습니다., 우리는 그들과 다른 의견을 가지고 있으며, 다른 두 논문 (Viruses와 Nature)은 PLOS Pathogen 논문에 참고 논문 (참조 번호 10과 12)으로 등재되었습니다. 우리는 Nature paper 저자와 다른 연구 그룹이며 서로 관계가 없습니다.우리는 공동 저자 인 Jiejian Zou와 Fanghui Hou의 도움을 받아 광동 야생 동물 구조 센터의 세부 샘플 정보와 함께 샘플을 채취했습니다. 그리고 우리는 Nature paper의 샘플이 어디에서 왔는지 모릅니다..” (우리의 강조)

다음 사항은 위의 Chen 박사의 주장에 대한 의구심을 불러 일으 킵니다. 

a– Liu et al. (2020), Xiao et al (2020) 및 Liu et al. (2019)는 다음 저자를 공유했습니다 .Ping Liu와 Jinping Chen은 2019의 저자였습니다. 바이러스 종이와 2020 병원균 PLoS 논문, Xiao et al.의 선임 저자 Wu Chen. (2020)은 2019의 공동 저자였습니다. 바이러스 논문, Jiejian Zhou와 Fanghui Hou는 Xiao et al. 및 Liu et al. 

b– 두 원고 모두 공개 사전 인쇄 서버에 기탁되었습니다. bioRxiv 같은 날짜 : 20 년 2020 월 XNUMX 일. 

c– Xiao et al. "이름이 변경된 천산갑 샘플은 Liu et al. [2019] 이러한 샘플을 설명하는 원본 기사로 연구를 인용하지 않고 이러한 샘플의 메타 게놈 데이터를 분석에 사용했습니다.”(찬과 잔). 

d– Liu et al. 's full pangolin coronavirus genome is 99.95 % 동일 뉴클레오타이드 수준에서 전체 판 골린 코로나 바이러스 게놈에 이르기까지 Xiao et al. Liu et al. Xiao et al.와 99.95 % 동일한 (단 ~ 15 개 뉴클레오티드 차이) 전체 게놈을 생성했습니다. 데이터 세트와 분석을 공유하지 않고?

여러 연구 그룹이 독립적으로 주어진 연구 질문에 대해 유사한 결론에 도달하면 관련된 주장의 진실 가능성이 크게 높아집니다. 여기서 관심사는 Liu et al. 및 Xiao et al. Chen 박사가 주장한대로 독립적으로 수행 된 연구가 아닙니다. Liu et al. 사이에 어떤 조정이 있었습니까? 및 Xiao et al. 그들의 분석과 출판에 대해? 그렇다면 그 조정의 범위와 성격은 어땠습니까? 

3– Liu et al. 판 골린 코로나 바이러스 게놈을 조립하는 데 사용한 원시 앰플 리콘 시퀀싱 데이터를 공개적으로 사용하지 않습니까? 이 원시 데이터가 없으면 Liu et al.에 의해 조립 된 pangolin coronavirus 게놈, 다른 사람들은 Liu et al.의 결과를 독립적으로 확인하고 재현 할 수 없습니다. 앞서 언급했듯이 과학의 규범은 다른 사람들이 결과를 독립적으로 확인하고 재현 할 수 있도록 모든 데이터를 게시 및 / 또는 공유하는 것입니다. 우리는 Jingping Chen 박사에게 Liu 등의 원시 앰플 리콘 시퀀스 데이터를 공유하도록 요청했습니다. 그는 Liu et al.의 RT-PCR 제품 서열 결과를 공유함으로써 응답했으며, 이는 판 골린 코로나 바이러스 게놈을 조립하는 데 사용되는 원시 앰플 리콘 데이터가 아닙니다. Jinping Chen 박사는 다른 사람들이 Liu 등의 분석을 독립적으로 검증 할 수있는 원시 데이터를 공개하는 것을 꺼리는 이유는 무엇입니까?

4 - Liu et al. 바이러스 (2019) 2019 년 XNUMX 월에 출판되었으며 저자는 판 골린 코로나 바이러스 (시퀀스 읽기 아카이브) SRA 데이터를 NCBI에 기탁했습니다. 9월 23, 2019에,하지만 기다렸습니다 22 년 2020 월 XNUMX 일 이 데이터를 공개적으로 액세스 할 수 있습니다. 과학자들은 일반적으로 연구가 발표 된 후 가능한 한 빨리 공개적으로 접근 가능한 데이터베이스에 원시 게놈 서열 데이터를 공개합니다. 이 관행은 다른 사람들이 이러한 데이터에 독립적으로 액세스, 확인 및 활용할 수 있도록합니다. Liu et al. 2019 년은 SRA 데이터를 공개적으로 액세스 할 수 있도록 4 개월을 기다려야합니까? 진핑 첸 박사는 9 년 2020 월 XNUMX 일의 답변에서 우리의 질문에 직접 답하지 않기로 결정했습니다.

Stanley Perlman 박사와도 연락했습니다. 병원균 PLoS Liu et al.의 편집자. 과 이것이 그가 말한 것입니다.

특히 Perlman 박사는 다음과 같이 인정했습니다.

  • "PLoS Pathogens는이 문서를 더 자세히 조사하고 있습니다." 
  • 그는 "출판 전 피어 리뷰에서 2019 년 XNUMX 월 샘플의 정확성을 확인하지 않았습니다"
  • “[c] 두 연구 간의 유사성에 대해 한 번에 [Liu et al. and Xiao et al.]은 두 연구가 모두 발표 된 후에야 밝혀졌습니다.”
  • 그는“동료 검토 중에 앰플 리콘 데이터를 보지 못했습니다. 저자는 조립 된 게놈에 대한 수탁 번호를 제공했지만… 출판 후 기사의 데이터 가용성 선언문에 나열된 수탁 번호가 정확하지 않다는 사실이 밝혀졌습니다. 이 오류와 원시 contig 시퀀싱 데이터에 대한 질문은 현재 게시 후 사례의 일부로 해결되고 있습니다.”

연락했을 때 병원균 PLoS Liu et al. 우리는 다음을 얻었다 PLoS 출판 윤리 팀 수석 편집자의 답변:

Xiao et al의 이메일.

28 월 XNUMX 일 의 최고 생물학 편집자 자연 "우리는 이러한 문제를 매우 진지하게 받아들이고 아래에서 제기하는 문제를 매우 신중하게 조사 할 것입니다."라는 핵심 문구로 (아래) 응답했습니다. 

30 월 XNUMX 일 Xiao et al. 드디어 공개적으로 출시 원시 앰플 리콘 시퀀스 데이터. 그러나이 작품의 출판 시점에서 Xiao et al. 다른 사람들이 그들의 천산갑 코로나 바이러스 게놈 서열을 조립하고 검증 할 수있는 실제 원시 데이터 파일이 누락되었습니다.

해결해야 할 중요한 질문이 남아 있습니다. 

  1. 천산갑 코로나 바이러스가 진짜인가요? 캡션 샤오 외 그림 1e. "바이러스 입자는 코로나 바이러스를 나타내는 형태로, 하나의 판 골린에서 균질화 된 폐 조직의 상층 액으로 접종 된 Vero E6 세포 배양에서 얻은 투과 전자 현미경 이미지에서 이중 막 소포에서 볼 수 있습니다." Xiao et al. 천산갑 코로나 바이러스를 분리하면 분리 된 바이러스 샘플을 중국 외부의 연구자들과 공유 할 수 있습니까? 이것은이 바이러스가 실제로 존재하고 천산갑 조직에서 나온 것인지 확인하는 데 큰 도움이 될 수 있습니다.
  2. 2020 년 또는 심지어 2019 년에는 Liu et al., Xiao et al., Lam et al.장 외. 동일한 데이터 세트를 기반으로 결과를 게시한다는 것을 알고 있습니까?
    ㅏ. 18 개는 20 월 XNUMX 일에, XNUMX 개는 XNUMX 월 XNUMX 일에 기 인쇄 된 점을 감안하면 조정이 있었나요?
    비. Liu et al. (2019) NCBI의 데이터베이스에 보관 한 날짜에 시퀀스 읽기 아카이브 데이터를 공개적으로 액세스 할 수 있도록하지 않습니까? 왜 그들은 22 년 2020 월 XNUMX 일까지이 천산갑 코로나 바이러스 시퀀스 데이터를 공개하기 위해 기다렸습니다.
    씨. Liu et al. 2019 년 바이러스 데이터는 22 년 2020 월 XNUMX 일 NCBI에 공개되었는데,이 데이터는 중국의 다른 연구자들이 접근 할 수 있었습니까? 그렇다면 천산갑 코로나 바이러스 시퀀싱 데이터는 어떤 데이터베이스에 저장되었고 누가 액세스했으며 언제 데이터를 보관하고 액세스 할 수 있었습니까?
  3. 저자는 2 년 2019 월에서 XNUMX 월까지의 밀수 동물 배치에서 더 많은 SARS-CoV-XNUMX- 유사 바이러스가 발견 될 수 있는지 알아보기 위해 이러한 천산갑 샘플의 출처를 추적하기 위해 독립적 인 조사에 협력 할 것입니다. 광둥 야생 동물 구조 센터에 아직 살아 있습니까?
  4. 그리고 저자들은 밀수업자 (수감 되었습니까? 아니면 벌금을 내고 놓아 주었습니까?)가이 바이러스에 정기적으로 노출 된 SARS 바이러스 항체를 가지고 있는지 확인하기 위해 독립적 인 조사에 협력 할 것입니까?