自然とPLoS病原体は、パンゴリンコロナウイルスをSARS-CoV-2の起源に関連付ける重要な研究の科学的信憑性を調査します

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サイナス・スリヤナラヤナン博士 

ここでは、の上級著者にメールを提供します Liu etal。 , Xiao etal。、およびの編集者 PLoS病原体 , 自然。 また、COVID-2を引き起こす新しいコロナウイルスSARS-CoV-19の起源に関するこれらの重要な研究の妥当性を疑う、これらの電子メールによって提起された質問と懸念についての詳細な議論を提示します。 これらのメールに関するレポートをご覧ください。 疑わしいコロナウイルスの起源に関する重要な研究の妥当性; 調査している科学ジャーナル (11.9.20)


習近平博士との電子メール通信、Liuらの上級著者:


習近平博士の電子メールは、多くの懸念と質問を提起します。 

1– Liu etal。 (2020)2019つのパンゴリンからサンプリングされたコロナウイルス、2019年2019月に密輸されたバッチからの2019つのサンプル、および9年573298月に傍受された別のバッチからの12809952つのサンプルに基づいて、公開されたパンゴリンコロナウイルスゲノム配列を組み立てました。国立バイオテクノロジー情報センター(NCBI)データベース、科学者が公開された結果の独立した検証と再現性を確保するためにシーケンスデータを保管する必要がある場合、12809953年12809954月XNUMX日のサンプルのシーケンス読み取りアーカイブ(SRA)データが含まれていますが、XNUMX年XNUMX月のサンプルのデータはありません。 習近平博士がFXNUMXと特定したこの欠落したサンプルについて尋ねられたとき、習近平博士は次のように述べています。「これらXNUMXつのサンプルの生データは、NCBIアクセッション番号PRJNAXNUMXで見つけることができ、BioSample IDはSAMNXNUMX、SAMNXNUMX、およびさらに、SAMNXNUMX、 異なるバッチからの個人(F9)も陽性であり、生データはNCBI SRA SUB7661929で見ることができます。, 別のMSがあるため、まもなくリリースされます(レビュー中)」(私たちの強調)。

Liu etal。 彼らがパンゴリンコロナウイルスゲノム配列を組み立てるために使用した1つのパンゴリンサンプルのうちの3つに対応するデータを公開していません。 習近平博士も、尋ねられたときにこのデータを共有しませんでした。 科学の規範は、他の人が結果を独立して検証および再現できるようにするすべてのデータを公開および/または共有することです。 どうやって PLoS病原体 Liu etal。 重要なサンプルデータの公開を回避しますか? 習近平博士がこのXNUMX番目の鱗甲目サンプルに関するデータを共有していないのはなぜですか? なぜ劉ら。 別のジャーナルに提出された別の研究の一部として、このXNUMX番目のパンゴリンサンプルに関連する未公開のデータをリリースしたいですか? ここでの懸念は、科学者がLiu etal。から欠落しているパンゴリンサンプルを誤って帰属させることです。 別の研究に移すと、他の人がこのパンゴリンサンプルに関する重要な詳細(パンゴリンサンプルが収集された状況など)を追跡することが困難になります。

2–習近平博士は、Liu etal。 Xiao et al。(2020)と何らかの関係があった 自然 調査。 彼は次のように書いています。「私たちは14年2020月12日にネイチャーペーパー(PLOS病原体ペーパーのリファレンス16、ネイチャーでの提出日から2020年2月XNUMX日に提出)の前にPLOS病原体ペーパーを提出しました。 SARS-Cov-XNUMXはパンゴリンコロナウイルスに直接由来するものではなく、パンゴリンは中間宿主ではないことを説明します。 7年2020月XNUMX日の記者会見で彼らの仕事を知りました、そして私たちは彼らとは異なる意見を持っていますが、他の10つの論文(VirusesとNature)は、PLOS Pathogenの論文に参照論文(参照番号12とXNUMX)としてリストされています。 私たちはネイチャーペーパーの著者とは異なる研究グループであり、お互いに関係はありませんおよび 共著者としてJiejianZouとFanghuiHouの助けを借りて、広東野生生物救助センターから詳細なサンプル情報を含むサンプルを採取しました。 ネイチャーペーパーのサンプルがどこから来たのかわかりません。」 (私たちの強調)

以下の点は、上記のチェン博士の主張について疑問を投げかけています。 

a– Liu etal。 (2020)、Xiao et al(2020)およびLiu etal。 (2019)次の著者を共有しました:PingLiuとJinpingChenは2019年の著者でした ウイルス 紙と2020 PLoS病原体 論文、Xiaoらの上級著者WuChen。 (2020)は2019年の共著者でした ウイルス 論文、およびJiejianZhouとFanghuiHouは、Xiao etal。の両方の著者でした。 およびLiuetal。 

b–両方の原稿が公開プレプリントサーバーに寄託されました bioRxiv 同日:20年2020月XNUMX日。 

c– Xiao etal。 「Liuらによって最初に公開された名前が変更されたパンゴリンサンプル。 [2019]これらのサンプルを説明した元の記事として彼らの研究を引用せず、分析にこれらのサンプルからのメタゲノムデータを使用したウイルス」(チャンとザン). 

d– Liu etal。の完全なパンゴリンコロナウイルスゲノムは 99.95%同一 Xiaoらによって公開された完全なパンゴリンコロナウイルスゲノムへのヌクレオチドレベルで。 Liu etal。 Xiao et al。と99.95%同一(約15ヌクレオチドの違いのみ)の全ゲノムを生成しました。 データセットと分析を共有せずに?

異なる研究グループが独立して、特定の研究質問について同様の結論に到達すると、関連する主張の真実の可能性が大幅に高まります。 ここでの懸念は、Liu etal。 およびXiaoetal。 チェン博士が主張するように、独立して実施された研究ではありませんでした。 劉らの間に調整はありましたか? およびXiaoetal。 彼らの分析と出版物に関して? もしそうなら、その調整の範囲と性質は何でしたか? 

3–なぜLiu etal。 彼らがパンゴリンコロナウイルスゲノムを組み立てるために使用した生のアンプリコンシーケンスデータを公開しませんか? この生データがなければ、Liuらによって組み立てられたパンゴリンコロナウイルスゲノムは、Liuらの結果を独自に検証および再現することはできません。 前述のように、科学の規範は、他の人が結果を独立して検証および再現できるようにするすべてのデータを公開および/または共有することです。 習近平博士に、Liuらの生のアンプリコン配列データを共有するように依頼しました。 彼は、Liu et al。のRT-PCR産物配列の結果を共有することで応答しました。これは、パンゴリンコロナウイルスゲノムの組み立てに使用される生のアンプリコンデータではありません。 習近平博士が、他の人がLiu etal。の分析を独自に検証できるようにする生データの公開に消極的であるのはなぜですか。

4- Liu etal。 ウイルス(2019) 2019年XNUMX月に公開され、その著者はパンゴリンコロナウイルス(シーケンス読み取りアーカイブ)SRAデータをNCBIに寄託しました 9月23、2019上、しかしまで待った January 22, 2020 このデータを公にアクセス可能にするため。 科学者は通常、研究の公開後できるだけ早く、公的にアクセス可能なデータベースで生のゲノム配列データを公開します。 この方法により、他の人がそのようなデータに独立してアクセス、検証、および利用できるようになります。 なぜ劉ら。 2019年にSRAデータを公開するまで4か月待ちますか? 習近平博士は、9年2020月XNUMX日の回答で、私たちのこの質問に直接答えないことを選択しました。

スタンリー・パールマン博士とも連絡を取りました。 PLoS病原体 Liu他の編集者。 そして これは彼が言わなければならなかったことです.

特に、Perlman博士は次のことを認めました。

  • 「PLoSPathogensはこの論文をより詳細に調査しています」 
  • 彼は「出版前の査読中に2019年XNUMX月のサンプルの信憑性を検証しなかった」
  • 「[c] XNUMXつの研究間の類似性に関する懸念[Liuetal。 とXiaoet al。]は、両方の研究が発表されて初めて明らかになりました。」
  • 彼は「ピアレビュー中にアンプリコンデータを見ませんでした。 著者は、アセンブルされたゲノムのアクセッション番号を提供しました…公開後、記事のデータ可用性ステートメントにリストされているアクセッション番号が正しくないことが明らかになりました。 このエラーと生のコンティグシーケンスデータに関する質問は、現在、出版後のケースの一部として対処されています。」

連絡したとき PLoS病原体 劉らについての私たちの懸念と。 私たちは次のものを得ました PLoS PublicationEthicsチームの上級編集者からの回答:

Xiao他からのメール.

10月の28では、 の主任生物科学編集者 自然 「私たちはこれらの問題を非常に真剣に受け止め、あなたが下で提起する問題を非常に注意深く調査します」というキーワードで(以下に)答えました。 

30月XNUMX日、Xiao etal。 最後に 公開 それらの生のアンプリコン配列データ。 ただし、この記事の公開時点では、Xiao etal。によって提出されたアンプリコンシーケンスデータ。 他の人が彼らのパンゴリンコロナウイルスゲノム配列を組み立てて検証することを可能にする実際の生データファイルが欠落しています。

対処する必要のある重要な質問が残っています。 

  1. パンゴリンコロナウイルスは本物ですか? のキャプション Xiaoらの図1e。 状態:「ウイルス粒子は、コロナウイルスを示す形態で、6つのパンゴリンからの均質化された肺組織の上清を接種したVeroEXNUMX細胞培養から撮影した透過型電子顕微鏡画像の二重膜小胞に見られます。」 Xiao etal。 パンゴリンコロナウイルスを分離した場合、分離したウイルスサンプルを中国国外の研究者と共有しますか? これは、このウイルスが実際に存在し、鱗甲目組織に由来することを確認するのに大いに役立つ可能性があります。
  2. 2020年、あるいは2019年の早い時期に Liu etal。, Xiao etal。, ラム等。 , チャンら。 同じデータセットに基づいて結果を公開することに気づいていますか?
    a。 18つは20月XNUMX日にプレプリントされ、XNUMXつはXNUMX月XNUMX日にプレプリントされたことを考慮して、調整はありましたか?
    b。 なぜ劉ら。 (2019)NCBIのデータベースに寄託した日に、シーケンス読み取りアーカイブデータを公にアクセス可能にしませんか? なぜ彼らはこのパンゴリンコロナウイルス配列データを公開するために22年2020月XNUMX日まで待ったのですか。
    c。 劉らの前に。 2019年 ウイルス データは22年2020月XNUMX日にNCBIでリリースされましたが、このデータは中国の他の研究者がアクセスできましたか? もしそうなら、どのデータベースにパンゴリンコロナウイルスシーケンスデータが保存され、誰がアクセスでき、いつデータが保管されてアクセス可能になりましたか?
  3. 著者は、これらのパンゴリンサンプルの出所を追跡するための独立した調査に協力して、2年2019月からXNUMX月の密輸された動物のバッチでSARS-CoV-XNUMXのようなウイルスがさらに見つかるかどうかを確認しますか?広東野生生物救助センターでまだ生きていますか?
  4. そして、著者は、密輸業者(彼らは投獄されたのか、罰金を科されて手放されたのか)がこれらのウイルスへの定期的な曝露からSARSウイルス抗体を持っているかどうかを確認するために独立した調査に協力しますか?