Natura e patogeni PLoS sondano la veridicità scientifica degli studi chiave che collegano i coronavirus del pangolino all'origine della SARS-CoV-2

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Di Sainath Suryanarayanan, PhD 

Qui forniamo le nostre e-mail con autori senior di Liu et al. e Xiao et al.e gli editori di Patogeni PLoS e Natura. Presentiamo anche una discussione approfondita delle domande e delle preoccupazioni sollevate da queste e-mail, che mettono in dubbio la validità di questi studi chiave sull'origine del nuovo coronavirus SARS-CoV-2 che causa COVID-19. Guarda i nostri rapporti su queste email, Validità di studi chiave sull'origine del coronavirus in dubbio; riviste scientifiche che indagano (11.9.20)


Comunicazioni via e-mail con il Dr. Jinping Chen, autore senior di Liu et al:


Le e-mail del dottor Jinping Chen sollevano una serie di dubbi e domande: 

1– Liu et al. (2020) hanno assemblato la sequenza del genoma del coronavirus del pangolino pubblicata sulla base dei coronavirus campionati da tre pangolini, due campioni da un lotto di contrabbando nel marzo 2019 e un campione da un lotto diverso intercettato nel luglio 2019. Database del National Center for Biotechnology Information (NCBI) , dove gli scienziati sono tenuti a depositare i dati della sequenza per garantire la verifica indipendente e la riproducibilità dei risultati pubblicati, contiene i dati dell'archivio di lettura della sequenza (SRA) per i due campioni di marzo 2019 ma mancano i dati per il campione di luglio 2019. Alla domanda su questo campione mancante, che il dottor Jinping Chen identifica come F9, il dottor Jinping Chen ha dichiarato: "I dati grezzi di questi tre campioni potrebbero essere trovati sotto il numero di accesso NCBI PRJNA573298 e l'ID del campione biologico era SAMN12809952, SAMN12809953 e SAMN12809954, inoltre, Anche l'individuo (F9) di un lotto diverso è risultato positivo, i dati grezzi possono essere visualizzati in NCBI SRA SUB 7661929, che sarà presto rilasciato perché abbiamo un altro SM (in fase di revisione)"(La nostra enfasi).

È preoccupante che Liu et al. non hanno pubblicato dati corrispondenti a 1 dei 3 campioni di pangolini che hanno utilizzato per assemblare la sequenza del genoma del coronavirus del pangolino. Anche il dottor Jinping Chen non ha condiviso questi dati quando gli è stato chiesto. La norma nella scienza è pubblicare e / o condividere tutti i dati che consentirebbero ad altri di verificare e riprodurre in modo indipendente i risultati. Come ha fatto Patogeni PLoS lascia che Liu et al. eludere la pubblicazione di dati campione cruciali? Perché il dottor Jinping Chen non condivide i dati relativi a questo terzo campione di pangolino? Perché Liu et al. vuoi rilasciare dati inediti relativi a questo terzo campione di pangolino come parte di un altro studio che è stato presentato a un'altra rivista? La preoccupazione qui è che gli scienziati attribuiscano erroneamente il campione di pangolino mancante da Liu et al. a uno studio diverso, rendendo difficile per altri rintracciare successivamente dettagli importanti su questo campione di pangolino, come il contesto in cui è stato raccolto il campione di pangolino.

2– Il Dr. Jinping Chen ha negato che Liu et al. hanno avuto relazioni con Xiao et al. (2020) Natura studia. Ha scritto: "Abbiamo presentato il nostro documento PLOS Pathogens il 14 febbraio 2020 prima del documento Nature (il riferimento 12 nel nostro documento PLOS pathogens, presentato il 16 febbraio 2020 dalla data di presentazione in Nature), il nostro documento PLOS pathogens spiegare che SARS-Cov-2 non proviene direttamente dal coronavirus del pangolino e che il pangolino non è un ospite intermedio. Conoscevamo il loro lavoro dopo il briefing con le notizie del 7 febbraio 2020, e abbiamo opinioni diverse con loro, gli altri due documenti (Virus e Natura) sono stati elencati nel documento PLOS Pathogen come documenti di riferimento (numero di riferimento 10 e 12), siamo gruppi di ricerca diversi dagli autori di articoli su Nature e non ci sono relazioni tra loro e abbiamo prelevato campioni con informazioni dettagliate sui campioni dal centro di salvataggio della fauna selvatica del Guangdong con l'aiuto di Jiejian Zou e Fanghui Hou come nostri co-autori e non sappiamo da dove provengano i campioni della carta Nature. " (le nostre sottolineature)

I seguenti punti sollevano dubbi sulle affermazioni del dottor Chen sopra: 

a– Liu et al. (2020), Xiao et al (2020) e Liu et al. (2019) ha condiviso i seguenti autori: Ping Liu e Jinping Chen erano autori del 2019 I virus carta e il 2020 Patogeni PLoS articolo, autore senior Wu Chen su Xiao et al. (2020) è stato un coautore del 2019 I virus articolo, e Jiejian Zhou e Fanghui Hou erano autori di Xiao et al. e Liu et al. 

b– Entrambi i manoscritti sono stati depositati sul server pubblico di prestampa bioRxiv nella stessa data: 20 febbraio 2020. 

c– Xiao et al. “Campioni di pangolino ribattezzati pubblicati per la prima volta da Liu et al. [2019] Virus senza citare il loro studio come articolo originale che descriveva questi campioni e utilizzava i dati metagenomici di questi campioni nella loro analisi "(Chan e Zhan). 

d– Il genoma completo del coronavirus del pangolino di Liu et al. è Identico al 99.95% a livello di nucleotidi al genoma completo del coronavirus del pangolino pubblicato da Xiao et al. Come potrebbero Liu et al. hanno prodotto un intero genoma identico al 99.95% (solo ~ 15 nucleotidi di differenza) a Xiao et al. senza condividere set di dati e analisi?

Quando diversi gruppi di ricerca giungono indipendentemente a serie simili di conclusioni su una data domanda di ricerca, aumenta significativamente la probabilità di verità delle affermazioni coinvolte. La preoccupazione qui è che Liu et al. e Xiao et al. non sono stati condotti studi indipendenti come affermato dal Dr. Chen. C'era qualche coordinamento tra Liu et al. e Xiao et al. riguardo alle loro analisi e pubblicazioni? In caso affermativo, qual era la portata e la natura di tale coordinamento? 

3– Perché Liu et al. non rendere disponibili pubblicamente i dati grezzi di sequenziamento degli ampliconi che hanno usato per assemblare il loro genoma di coronavirus del pangolino? Senza questi dati grezzi, il genoma del coronavirus del pangolino assemblato da Liu et al., Altri non possono verificare e riprodurre in modo indipendente i risultati di Liu et al. Come accennato in precedenza, la norma nella scienza è quella di pubblicare e / o condividere tutti i dati che consentirebbero ad altri di verificare e riprodurre in modo indipendente i risultati. Abbiamo chiesto al dottor Jingping Chen di condividere i dati grezzi sulla sequenza degli ampliconi di Liu et al. Ha risposto condividendo i risultati della sequenza del prodotto RT-PCR di Liu et al., Che non sono i dati grezzi degli ampliconi utilizzati per assemblare il genoma del coronavirus del pangolino. Perché il dottor Jinping Chen è riluttante a rilasciare i dati grezzi che consentirebbero ad altri di verificare in modo indipendente l'analisi di Liu et al.

4- Liu et al. Virus (2019) è stato pubblicato nell'ottobre 2019 ei suoi autori avevano depositato i dati SRA del coronavirus del pangolino (archivio di lettura della sequenza) con NCBI settembre 23, 2019, ma ho aspettato fino a 22 Gennaio 2020 per rendere questi dati pubblicamente accessibili. Gli scienziati in genere rilasciano dati grezzi sulla sequenza genomica su database accessibili pubblicamente il prima possibile dopo la pubblicazione dei loro studi. Questa pratica garantisce che altri possano accedere, verificare e utilizzare in modo indipendente tali dati. Perché Liu et al. 2019 attendere 4 mesi per rendere i propri dati SRA pubblicamente accessibili? Il dottor Jinping Chen ha scelto di non rispondere direttamente a questa nostra domanda nella sua risposta il 9 novembre 2020.

Abbiamo anche contattato il dottor Stanley Perlman, Patogeni PLoS Editore di Liu et al. e questo è quello che aveva da dire.

In particolare, il dottor Perlman ha riconosciuto che:

  • "PLoS Pathogens sta studiando questo documento in modo più dettagliato" 
  • Egli "non ha verificato la veridicità del campione di luglio 2019 durante la revisione tra pari pre-pubblicazione"
  • “[C] oncerns circa la somiglianza tra i due studi [Liu et al. e Xiao et al.] sono venuti alla luce solo dopo che entrambi gli studi erano stati pubblicati ".
  • “Non ha visto alcun dato sugli ampliconi durante la revisione tra pari. Gli autori hanno fornito un numero di adesione per il genoma assemblato ... sebbene dopo la pubblicazione è emerso che il numero di adesione elencato nella Dichiarazione sulla disponibilità dei dati dell'articolo non è corretto. Questo errore e le domande sui dati grezzi di sequenziamento dei contig vengono attualmente affrontati come parte del caso post-pubblicazione ".

Quando abbiamo contattato Patogeni PLoS con le nostre preoccupazioni su Liu et al. abbiamo il seguente risposta del Senior Editor del team di etica della pubblicazione PLoS:

E-mail di Xiao et al.

In ottobre 28, il Capo redattore di scienze biologiche di Natura ha risposto (sotto) con la frase chiave "prendiamo molto seriamente questi problemi e esamineremo la questione che sollevi di seguito con molta attenzione". 

Il 30 ottobre Xiao et al. infine rilasciato pubblicamente i loro dati grezzi di sequenza di ampliconi. Tuttavia, al momento della pubblicazione di questo articolo, i dati sulla sequenza degli ampliconi presentati da Xiao et al. mancano i file di dati grezzi effettivi che consentirebbero ad altri di assemblare e verificare la sequenza del genoma del coronavirus del pangolino.

Restano domande importanti che devono essere affrontate: 

  1. I coronavirus del pangolino sono reali? La didascalia per La Figura 1e in Xiao et al. afferma: "Le particelle virali sono visibili nelle vescicole a doppia membrana nell'immagine al microscopio elettronico a trasmissione presa dalla coltura cellulare Vero E6 inoculata con surnatante di tessuto polmonare omogeneizzato da un pangolino, con morfologia indicativa del coronavirus." Se Xiao et al. hanno isolato il coronavirus del pangolino, condividono il campione di virus isolato con ricercatori al di fuori della Cina? Questo potrebbe fare molto per verificare che questo virus esista effettivamente e provenga dal tessuto di pangolino.
  2. Come erano all'inizio del 2020, o anche del 2019 Liu et al., Xiao et al., Lam et al. e Zhang et al. consapevole del fatto che pubblicherebbero risultati basati sullo stesso set di dati?
    un. C'è stato un coordinamento considerando che uno è stato prestampato il 18 febbraio e tre il 20 febbraio?
    b. Perché Liu et al. (2019) non rendono la loro sequenza di lettura dei dati dell'archivio pubblicamente accessibili alla data in cui l'hanno depositata sul database dell'NCBI? Perché hanno aspettato fino al 22 gennaio 2020 per rendere pubblici questi dati sulla sequenza del coronavirus del pangolino.
    c. Prima che Liu et al. 2019 I virus i dati sono stati rilasciati su NCBI il 22 gennaio 2020, questi dati erano accessibili ad altri ricercatori in Cina? In tal caso, su quale database erano archiviati i dati di sequenziamento del coronavirus del pangolino, chi aveva accesso e quando i dati sono stati depositati e resi accessibili?
  3. Gli autori collaboreranno a un'indagine indipendente per rintracciare la fonte di questi campioni di pangolino per vedere se più virus simili a SARS-CoV-2 possono essere trovati nei lotti da marzo a luglio 2019 di animali di contrabbando, che potrebbero esistere come campioni congelati o essere ancora vivo nel Guangdong Wildlife Rescue Center?
  4. E gli autori collaboreranno a un'indagine indipendente per vedere se i trafficanti (sono stati imprigionati? O multati e lasciati andare?) Hanno anticorpi contro il virus della SARS dovuti all'esposizione regolare a questi virus?