Nature and PLoS Pathogens menyelidiki kebenaran ilmiah dari studi utama yang menghubungkan coronavirus trenggiling dengan asal SARS-CoV-2

Mencetak Email Bagikan Tweet

Mendaftar untuk menerima pembaruan dari Blog Biohazards.

Oleh Sainath Suryanarayanan, PhD 

Di sini, kami memberikan email kami dengan penulis senior dari Liu et al. serta Xiao et al., dan editor PLoS Patogen serta Alam. Kami juga menyajikan diskusi mendalam tentang pertanyaan dan kekhawatiran yang diangkat oleh email ini, yang meragukan validitas studi utama ini tentang asal usul virus corona baru SARS-CoV-2 yang menyebabkan COVID-19. Lihat laporan kami tentang email ini, Validitas studi kunci tentang asal-usul virus korona diragukan; jurnal sains menyelidiki (11.9.20)


Komunikasi email dengan Dr. Jinping Chen, penulis senior Liu et al:


Email Dr. Jinping Chen menimbulkan sejumlah kekhawatiran dan pertanyaan: 

1– Liu et al. (2020) mengumpulkan urutan genom virus korona trenggiling yang diterbitkan berdasarkan sampel virus korona dari tiga trenggiling, dua sampel dari kelompok selundupan pada Maret 2019, dan satu sampel dari kelompok berbeda yang dicegat pada Juli 2019. Database Pusat Informasi Bioteknologi Nasional (NCBI) , di mana para ilmuwan diharuskan untuk menyimpan data urutan untuk memastikan verifikasi independen dan reproduktifitas hasil yang dipublikasikan, berisi data arsip baca urutan (SRA) untuk dua sampel Maret 2019 tetapi tidak ada data untuk sampel Juli 2019. Setelah ditanya tentang sampel yang hilang ini, yang diidentifikasi oleh Dr. Jinping Chen sebagai F9, Dr. Jinping Chen menyatakan: "Data mentah dari ketiga sampel ini dapat ditemukan di bawah nomor aksesi NCBI PRJNA573298, dan ID Sampel Bio adalah SAMN12809952, SAMN12809953, dan SAMN12809954, apalagi, individu (F9) dari batch berbeda juga positif, data mentah dapat dilihat di NCBI SRA SUB 7661929, yang akan segera dirilis karena kami memiliki MS lain (sedang ditinjau)”(Penekanan kami).

Hal ini mengkhawatirkan bahwa Liu et al. belum mempublikasikan data terkait 1 dari 3 sampel trenggiling yang mereka gunakan untuk menyusun urutan genom coronavirus trenggiling. Dr. Jinping Chen juga tidak membagikan data ini setelah diminta. Norma dalam sains adalah mempublikasikan dan / atau membagikan semua data yang memungkinkan orang lain untuk memverifikasi dan mereproduksi hasil secara independen. Bagaimana PLoS Patogen biarkan Liu et al. menghindari publikasi data sampel penting? Mengapa Dr. Jinping Chen tidak membagikan data yang berkaitan dengan sampel trenggiling ketiga ini? Mengapa Liu et al. ingin merilis data yang belum dipublikasikan terkait sampel trenggiling ketiga ini sebagai bagian dari studi lain yang telah diserahkan ke jurnal lain? Kekhawatiran di sini adalah bahwa para ilmuwan akan salah mengartikan sampel trenggiling yang hilang dari Liu et al. ke studi lain, sehingga sulit bagi orang lain untuk melacak detail penting selanjutnya tentang sampel trenggiling ini, seperti konteks pengambilan sampel trenggiling.

2– Dr. Jinping Chen menyangkal bahwa Liu et al. pernah memiliki hubungan dengan Xiao et al.'s (2020) Alam belajar. Dia menulis: “Kami menyerahkan makalah Patogen PLOS kami pada 14 Februari 2020 sebelum makalah Alam (Referensi 12 dalam makalah patogen PLOS kami, mereka dikirimkan pada 16 Februari 2020 dari tanggal pengiriman mereka di Alam), makalah patogen PLOS kami jelaskan bahwa SARS-Cov-2 bukan berasal dari virus corona trenggiling secara langsung dan trenggiling bukan sebagai inang perantara. Kami mengetahui pekerjaan mereka setelah pengarahan berita mereka pada 7 Februari 2020, dan kami memiliki pendapat yang berbeda dengan mereka, dua makalah lainnya (Virus dan Alam) telah terdaftar di makalah Patogen PLOS sebagai makalah referensi (nomor referensi 10 dan 12), kami adalah kelompok penelitian yang berbeda dari penulis makalah Nature, dan tidak ada hubungan satu sama lain, dan kami mengambil sampel dengan informasi sampel detail dari pusat penyelamatan satwa liar Guangdong dengan bantuan dari Jiejian Zou dan Fanghui Hou sebagai rekan penulis kami dan kami tidak tahu dari mana sampel kertas Nature berasal. ” (penekanan kami)

Poin-poin berikut menimbulkan keraguan tentang klaim Dr. Chen di atas: 

a– Liu et al. (2020), Xiao et al (2020) dan Liu et al. (2019) membagikan penulis berikut: Ping Liu dan Jinping Chen adalah penulis pada 2019 virus kertas dan 2020 PLoS Patogen makalah, penulis senior Wu Chen tentang Xiao et al. (2020) adalah rekan penulis 2019 virus kertas, dan Jiejian Zhou serta Fanghui Hou adalah penulis di Xiao et al. dan Liu et al. 

b– Kedua manuskrip disimpan ke server pracetak publik bioRxiv pada tanggal yang sama: 20 Februari 2020. 

c– Xiao et al. “Sampel trenggiling yang diganti namanya pertama kali diterbitkan oleh Liu et al. [2019] Virus tanpa mengutip penelitiannya sebagai artikel asli yang mendeskripsikan sampel ini, dan menggunakan data metagenomik dari sampel ini dalam analisisnya "(Chan dan Zhan). 

d– Genom lengkap virus korona trenggiling Liu dkk. adalah 99.95% identik di tingkat nukleotida ke genom coronavirus trenggiling lengkap yang diterbitkan oleh Xiao et al. Bagaimana bisa Liu et al. telah menghasilkan seluruh genom yang 99.95% identik (hanya ~ 15 perbedaan nukleotida) dengan Xiao et al. tanpa membagikan kumpulan data dan analisis?

Ketika kelompok penelitian yang berbeda secara independen sampai pada kesimpulan yang sama tentang pertanyaan penelitian tertentu, secara signifikan meningkatkan kemungkinan kebenaran klaim yang terlibat. Perhatian di sini adalah bahwa Liu et al. dan Xiao et al. tidak dilakukan studi secara independen seperti yang diklaim oleh Dr. Chen. Apakah ada koordinasi antara Liu et al. dan Xiao et al. mengenai analisis dan publikasi mereka? Jika ya, sejauh mana dan sifat koordinasi tersebut? 

3– Mengapa Liu et al. tidak menyediakan data pengurutan amplikon mentah yang mereka gunakan untuk menyusun genom virus corona trenggiling? Tanpa data mentah ini, genom virus korona trenggiling yang dikumpulkan oleh Liu et al., Orang lain tidak dapat memverifikasi dan mereproduksi hasil Liu et al. Seperti disebutkan sebelumnya, norma dalam sains adalah mempublikasikan dan / atau membagikan semua data yang memungkinkan orang lain untuk memverifikasi dan mereproduksi hasilnya secara independen. Kami meminta Dr. Jingping Chen untuk membagikan data urutan amplikon mentah Liu et al. Dia menanggapi dengan membagikan hasil urutan produk RT-PCR Liu et al., Yang bukan merupakan data amplikon mentah yang digunakan untuk menyusun genom coronavirus trenggiling. Mengapa Dr. Jinping Chen enggan merilis data mentah yang akan memungkinkan orang lain untuk secara independen memverifikasi analisis Liu et al.

4- Liu et al. Virus (2019) diterbitkan pada Oktober 2019 dan penulisnya telah menyimpan data SRA virus corona (arsip baca urutan) trenggiling mereka dengan NCBI September 23, 2019, tapi menunggu sampai Januari 22, 2020 untuk membuat data ini dapat diakses publik. Ilmuwan biasanya merilis data urutan genom mentah pada database yang dapat diakses publik sesegera mungkin setelah studi mereka dipublikasikan. Praktik ini memastikan bahwa orang lain dapat mengakses, memverifikasi, dan memanfaatkan data tersebut secara independen. Mengapa Liu et al. 2019 menunggu 4 bulan agar data SRA mereka dapat diakses publik? Jinping Chen memilih untuk tidak langsung menjawab pertanyaan kami ini dalam tanggapannya pada tanggal 9 November 2020.

Kami juga menghubungi Dr. Stanley Perlman, PLoS Patogen Editor Liu et al. dan ini yang dia katakan.

Secara khusus, Dr. Perlman mengakui bahwa:

  • “PLoS Pathogens sedang menyelidiki makalah ini secara lebih rinci” 
  • Dia "tidak memverifikasi kebenaran sampel Juli 2019 selama tinjauan sejawat pra-publikasi"
  • “[C] prihatin tentang kesamaan antara dua studi [Liu et al. dan Xiao et al.] terungkap hanya setelah kedua penelitian dipublikasikan. "
  • Dia “tidak melihat data amplikon selama tinjauan sejawat. Penulis memberikan nomor aksesi untuk genom yang dirakit… meskipun setelah publikasi terungkap bahwa nomor aksesi yang tercantum dalam Pernyataan Ketersediaan Data artikel tersebut tidak benar. Kesalahan ini dan pertanyaan seputar data sekuensing contig mentah saat ini sedang ditangani sebagai bagian dari kasus pasca-publikasi. "

Saat kami menghubungi PLoS Patogen dengan keprihatinan kami tentang Liu et al. kami mendapat yang berikut ini tanggapan dari Redaktur Senior tim Etika Publikasi PLoS:

Email dari Xiao et al.

Pada Oktober 28, the Pemimpin Redaksi Ilmu Biologi Alam membalas (di bawah) dengan frasa kunci "kami menangani masalah ini dengan sangat serius dan akan menyelidiki masalah yang Anda ajukan di bawah dengan sangat cermat". 

Pada tanggal 30 Oktober, Xiao et al. akhirnya dirilis ke publik data urutan amplikon mentah mereka. Namun, pada publikasi bagian ini, data urutan amplikon yang dikirimkan oleh Xiao et al. kehilangan file data mentah sebenarnya yang memungkinkan orang lain untuk berkumpul dan memverifikasi urutan genom virus corona trenggiling mereka.

Pertanyaan penting tetap perlu dijawab: 

  1. Apakah coronavirus trenggiling itu nyata? Teks untuk Gambar 1e di Xiao et al. menyatakan: "Partikel virus terlihat pada vesikula membran ganda pada gambar mikroskop elektron transmisi yang diambil dari kultur sel Vero E6 yang diinokulasi dengan supernatan jaringan paru-paru yang dihomogenkan dari satu trenggiling, dengan morfologi yang mengindikasikan virus corona." Jika Xiao et al. mengisolasi virus korona trenggiling, apakah mereka akan membagikan sampel virus yang diisolasi dengan peneliti di luar China? Ini bisa sangat membantu memverifikasi bahwa virus ini benar-benar ada dan berasal dari jaringan trenggiling.
  2. Betapa awal tahun 2020, atau bahkan tahun 2019 Liu et al., Xiao et al., Lam dkk. serta Zhang et al. sadar bahwa mereka akan menerbitkan hasil berdasarkan kumpulan data yang sama?
    Sebuah. Adakah koordinasi, mengingat satu pracetak pada 18 Februari dan tiga pracetak pada 20 Februari?
    b. Mengapa Liu et al. (2019) tidak membuat data arsip baca urutan mereka dapat diakses publik pada tanggal mereka menyimpannya di database NCBI? Mengapa mereka menunggu hingga 22 Januari 2020 untuk membuat data urutan virus corona trenggiling ini menjadi publik.
    c. Sebelum Liu et al. 2019 virus Data di NCBI dirilis pada 22 Januari 2020, apakah data ini dapat diakses oleh peneliti lain di China? Jika demikian, di database apa data sekuensing virus korona trenggiling disimpan, siapa yang memiliki akses, dan kapan data disimpan dan dapat diakses?
  3. Akankah penulis bekerja sama dalam penyelidikan independen untuk melacak sumber sampel trenggiling ini untuk melihat apakah lebih banyak virus mirip SARS-CoV-2 dapat ditemukan dalam kumpulan hewan selundupan pada bulan Maret hingga Juli 2019 — yang dapat berupa sampel beku atau masih hidup di Pusat Penyelamatan Satwa Liar Guangdong?
  4. Dan akankah penulis bekerja sama dalam penyelidikan independen untuk melihat apakah penyelundup (apakah mereka dipenjara? Atau didenda dan dilepaskan?) Memiliki antibodi virus SARS dari paparan rutin virus ini?