Nature et PLoS Pathogens sondent la véracité scientifique des études clés reliant les coronavirus du pangolin à l'origine du SRAS-CoV-2

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Par Sainath Suryanarayanan, PhD 

Ici, nous fournissons nos courriels aux auteurs principaux de Liu et coll. pour Xiao et coll., et les éditeurs de Pathogènes PLoS pour Nature. Nous présentons également une discussion approfondie des questions et des préoccupations soulevées par ces courriels, qui mettent en doute la validité de ces études clés sur l'origine du nouveau coronavirus SARS-CoV-2 à l'origine du COVID-19. Consultez nos rapports sur ces e-mails, Validité des études clés sur l'origine du coronavirus en doute; revues scientifiques enquêtant (11.9.20)


Communications par courriel avec le Dr Jinping Chen, auteur principal de Liu et al:


Les courriels du Dr Jinping Chen soulèvent un certain nombre de préoccupations et de questions: 

1– Liu et al. (2020) ont assemblé leur séquence publiée du génome du coronavirus du pangolin sur la base de coronavirus prélevés sur trois pangolins, deux échantillons d'un lot de contrebande en mars 2019 et un échantillon d'un lot différent intercepté en juillet 2019. Base de données du National Center for Biotechnology Information (NCBI) , où les scientifiques sont tenus de déposer des données de séquence pour assurer une vérification indépendante et la reproductibilité des résultats publiés, contient les données d'archive de lecture de séquence (SRA) pour les deux échantillons de mars 2019, mais il manque des données pour l'échantillon de juillet 2019. Interrogé sur cet échantillon manquant, que le Dr Jinping Chen identifie comme F9, le Dr Jinping Chen a déclaré: «Les données brutes de ces trois échantillons peuvent être trouvées sous le numéro d'accès NCBI PRJNA573298, et l'identifiant du BioSample était SAMN12809952, SAMN12809953, et SAMN12809954, en outre, l'individu (F9) d'un lot différent était également positif, les données brutes peuvent être vues dans NCBI SRA SUB 7661929, qui sortira bientôt car nous avons un autre MS (en cours de révision)»(Notre emphase).

Il est inquiétant que Liu et al. n'ont pas publié de données correspondant à 1 des 3 échantillons de pangolins qu'ils ont utilisés pour assembler leur séquence du génome du coronavirus du pangolin. Le Dr Jinping Chen n'a pas non plus partagé ces données après avoir été interrogé. La norme en science est de publier et / ou de partager toutes les données qui permettraient à d'autres de vérifier et de reproduire indépendamment les résultats. Comment Pathogènes PLoS laissez Liu et al. éviter de publier des exemples de données cruciales? Pourquoi le Dr Jinping Chen ne partage-t-il pas les données relatives à ce troisième échantillon de pangolin? Pourquoi Liu et al. vous souhaitez publier des données non publiées concernant ce troisième échantillon de pangolins dans le cadre d'une autre étude qui a été soumise à une autre revue? Le problème ici est que les scientifiques attribueraient à tort l'échantillon de pangolin manquant de Liu et al. à une étude différente, ce qui rend difficile pour les autres de retracer ultérieurement des détails importants sur cet échantillon de pangolin, comme le contexte dans lequel l'échantillon de pangolin a été collecté.

2– Le Dr Jinping Chen a nié que Liu et al. ont eu une relation avec Xiao et al. (2020) Nature étude. Il a écrit: «Nous avons soumis notre article PLOS Pathogens le 14 février 2020 avant l'article Nature (la référence 12 dans notre article PLOS pathogens, ils ont soumis le 16 février 2020 à partir de leur date de soumission dans Nature), notre article PLOS pathogens expliquez que le SRAS-Cov-2 ne provient pas directement du coronavirus du pangolin et que le pangolin n'est pas un hôte intermédiaire. Nous connaissions leur travail après leur point de presse du 7 février 2020, et nous avons des opinions différentes avec eux, les deux autres articles (Virus et Nature) ont été répertoriés dans l'article PLOS Pathogen comme documents de référence (numéros de référence 10 et 12), nous sommes des groupes de recherche différents des auteurs d'articles Nature, et il n'y a pas de relation les uns avec les autres nous avons prélevé des échantillons avec des informations détaillées sur des échantillons du centre de sauvetage de la faune du Guangdong avec l'aide de Jiejian Zou et Fanghui Hou en tant que co-auteurs et nous ne savons pas d'où proviennent les échantillons du papier Nature. » (nos accents)

Les points suivants soulèvent des doutes sur les affirmations du Dr Chen ci-dessus: 

a– Liu et al. (2020), Xiao et al (2020) et Liu et al. (2019) ont partagé les auteurs suivants: Ping Liu et Jinping Chen étaient les auteurs du 2019 Virus papier et le 2020 Pathogènes PLoS article, auteur principal Wu Chen sur Xiao et al. (2020) était co-auteur du 2019 Virus papier, et Jiejian Zhou et Fanghui Hou étaient les auteurs de Xiao et al. et Liu et al. 

b– Les deux manuscrits ont été déposés sur le serveur public de pré-impression bioRxiv à la même date: 20 février 2020. 

c– Xiao et al. «Des échantillons de pangolins renommés pour la première fois publiés par Liu et al. [2019] Virus sans citer leur étude comme article original décrivant ces échantillons, et utilisant les données métagénomiques de ces échantillons dans leur analyse »(Chan et Zhan). 

d– Le génome complet du coronavirus du pangolin de Liu et al. est 99.95% identique au niveau des nucléotides jusqu'au génome complet du coronavirus du pangolin publié par Xiao et al. Comment Liu et al. ont produit un génome entier identique à 99.95% (seulement ~ 15 nucléotides de différence) à Xiao et al. sans partager des ensembles de données et des analyses?

Lorsque différents groupes de recherche parviennent indépendamment à des ensembles similaires de conclusions sur une question de recherche donnée, cela augmente considérablement la probabilité de véracité des affirmations impliquées. Le problème ici est que Liu et al. et Xiao et al. n'étaient pas des études menées indépendamment, comme le prétend le Dr Chen. Y avait-il une coordination entre Liu et al. et Xiao et al. concernant leur analyse et leurs publications? Dans l'affirmative, quelle était l'étendue et la nature de cette coordination? 

3– Pourquoi Liu et al. ne pas rendre publiques les données brutes de séquençage d'amplicon qu'ils ont utilisées pour assembler leur génome de coronavirus pangolin? Sans ces données brutes, le génome du coronavirus du pangolin assemblé par Liu et al., D'autres ne peuvent pas vérifier et reproduire indépendamment les résultats de Liu et al. Comme mentionné précédemment, la norme en science est de publier et / ou de partager toutes les données qui permettraient à d'autres de vérifier et de reproduire indépendamment les résultats. Nous avons demandé au Dr Jingping Chen de partager les données brutes de séquence d'amplicon de Liu et al. Il a répondu en partageant les résultats de la séquence de produits RT-PCR de Liu et al., qui ne sont pas les données brutes d'amplicon utilisées pour assembler le génome du coronavirus du pangolin. Pourquoi le Dr Jinping Chen est-il réticent à publier les données brutes qui permettraient à d'autres de vérifier indépendamment l'analyse de Liu et al.

4- Liu et coll. Virus (2019) a été publié en octobre 2019 et ses auteurs avaient déposé leurs données SRA sur le coronavirus du pangolin (archive de lecture de séquence) auprès du NCBI en Septembre 23, 2019, mais j'ai attendu 22 janvier 2020 pour rendre ces données accessibles au public. Les scientifiques publient généralement des données brutes de séquence génomique dans des bases de données accessibles au public dès que possible après la publication de leurs études. Cette pratique garantit que d'autres peuvent accéder, vérifier et utiliser de manière indépendante ces données. Pourquoi Liu et al. 2019 attendez 4 mois pour rendre leurs données SRA accessibles au public? Le Dr Jinping Chen a choisi de ne pas répondre directement à cette question dans sa réponse du 9 novembre 2020.

Nous avons également contacté le Dr Stanley Perlman, Pathogènes PLoS Editeur de Liu et al. et c'est ce qu'il avait à dire.

Notamment, le Dr Perlman a reconnu que:

  • «PLoS Pathogens étudie ce document plus en détail» 
  • Il "n'a pas vérifié la véracité de l'échantillon de juillet 2019 lors de l'examen par les pairs avant publication"
  • «[C] on s'inquiète de la similitude entre les deux études [Liu et al. et Xiao et al.] ne sont apparus qu'après la publication des deux études. »
  • Il «n'a vu aucune donnée d'amplicon lors de l'examen par les pairs. Les auteurs ont fourni un numéro d'accès pour le génome assemblé… bien qu'après la publication, il soit apparu que le numéro d'accès indiqué dans la déclaration de disponibilité des données de l'article était incorrect. Cette erreur et les questions concernant les données brutes de séquençage de contig sont actuellement traitées dans le cadre du cas post-publication. »

Quand nous avons contacté Pathogènes PLoS avec nos inquiétudes concernant Liu et al. nous avons ce qui suit réponse du rédacteur en chef de l'équipe d'éthique des publications PLoS:

Courriels de Xiao et al.

En octobre 28, le Rédacteur en chef des sciences biologiques de Nature a répondu (ci-dessous) avec la phrase clé "nous prenons ces questions très au sérieux et nous examinerons très attentivement la question que vous soulevez ci-dessous." 

Le 30 octobre, Xiao et al. enfin publié publiquement leurs données brutes de séquence d'amplicon. Cependant, à compter de la publication de cet article, les données de séquence d'amplicon soumises par Xiao et al. il manque les fichiers de données brutes réels qui permettraient à d'autres d'assembler et de vérifier la séquence du génome du coronavirus du pangolin.

Des questions importantes restent à résoudre: 

  1. Les coronavirus du pangolin sont-ils réels? La légende pour La figure 1e de Xiao et al. déclare: «Les particules virales sont observées dans les vésicules à double membrane dans l'image de microscopie électronique à transmission prise à partir de la culture de cellules Vero E6 inoculée avec le surnageant de tissu pulmonaire homogénéisé d'un pangolin, avec une morphologie indicative du coronavirus. Si Xiao et al. isolé le coronavirus du pangolin, partageraient-ils l'échantillon de virus isolé avec des chercheurs en dehors de la Chine? Cela pourrait contribuer grandement à vérifier que ce virus existe réellement et provient du tissu du pangolin.
  2. Combien de temps en 2020, voire en 2019, Liu et coll., Xiao et coll., Lam et coll. pour Zhang et al. conscient qu'ils publieraient des résultats basés sur le même ensemble de données?
    une. Y a-t-il eu une coordination étant donné que l'un a été préimprimé le 18 février et trois ont été préimprimés le 20 février?
    b. Pourquoi Liu et al. (2019) ne rendent pas leur séquence de lecture des données d'archives accessibles au public à la date à laquelle ils les ont déposées dans la base de données du NCBI? Pourquoi ont-ils attendu le 22 janvier 2020 pour rendre publiques les données de la séquence du coronavirus du pangolin?
    c. Avant le Liu et al. 2019 Virus les données ont été publiées sur NCBI le 22 janvier 2020, ces données étaient-elles accessibles à d'autres chercheurs en Chine? Si tel est le cas, sur quelle base de données les données de séquençage du coronavirus du pangolin étaient-elles stockées, qui y avait accès et quand les données ont-elles été déposées et rendues accessibles?
  3. Les auteurs vont-ils coopérer à une enquête indépendante pour suivre la source de ces échantillons de pangolins afin de voir si davantage de virus de type SRAS-CoV-2 peuvent être trouvés dans les lots d'animaux de contrebande de mars à juillet 2019 - qui pourraient exister sous forme d'échantillons congelés ou être toujours vivant dans le centre de sauvetage de la faune du Guangdong?
  4. Et les auteurs vont-ils coopérer à une enquête indépendante pour voir si les passeurs (ont-ils été emprisonnés? Ou condamnés à une amende et lâchés?) Ont des anticorps du virus du SRAS suite à une exposition régulière à ces virus?