پاتوژنهای طبیعت و PLoS صحت علمی مطالعات کلیدی رابط بین ویروس های پانگولین و منشا SARS-CoV-2 بررسی می کنند

چاپ پست الکترونیک (ایمیل) اشتراک گذاری توییتر

ثبت نام کنید به روزرسانی ها را از وبلاگ Biohazards دریافت کنید.

توسط Sainath Suryanarayanan ، PhD 

در اینجا ، ما نامه های الکترونیکی خود را با نویسندگان ارشد سایت ارائه می دهیم لیو و همکاران و شیائو و همکاران، و سردبیران PLoS پاتوژن ها و طبیعت. ما همچنین یک بحث عمیق درباره سالات و نگرانی های مطرح شده توسط این ایمیل ها ارائه می دهیم ، که اعتبار این مطالعات کلیدی را در مورد ریشه ویروس کرونا ویروس جدید SARS-CoV-2 که باعث COVID-19 می شود ، زیر سوال می برد. گزارش ما در مورد این ایمیل ها را مشاهده کنید ، اعتبار مطالعات کلیدی در مورد منشا ویروس کرونا در شک. مجلات علمی تحقیق (11.9.20)


ارتباطات ایمیل با دکتر جین پینگ شن، نویسنده ارشد لیو و دیگران:


ایمیل های دکتر جین پینگ چن نگرانی ها و سوالات زیادی را ایجاد می کند: 

1– لیو و همکاران (2020) توالی ژن منتشر شده از ویروس کرونا ویروس پانگولین را بر اساس ویروسهای کرونا ویروس نمونه برداری شده از سه پانگلین ، دو نمونه از یک دسته قاچاق در مارس 2019 و یک نمونه از یک دسته دیگر که در ژوئیه 2019 رهگیری شد ، مونتاژ کرد. بانک اطلاعات مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی (NCBI) ، جایی که دانشمندان برای اطمینان از راستی آزمایی و تکرارپذیری مستقل نتایج منتشر شده ، باید داده های توالی را واریز کنند ، حاوی داده های بایگانی خواندن توالی (SRA) برای دو نمونه مارس 2019 است اما داده های مربوط به نمونه ژوئیه 2019 وجود ندارد دکتر جینپینگ چن هنگامی که از وی در مورد این نمونه گمشده ، که دکتر Jinping Chen به عنوان F9 معرفی می کند ، سال شد ، اظهار داشت: "داده های خام این سه نمونه را می توان با شماره دستیابی NCBI PRJNA573298 پیدا کرد ، و BioSample ID SAMN12809952 ، SAMN12809953 و SAMN12809954 ، علاوه بر این ، فردی (F9) از دسته های مختلف نیز مثبت بود ، داده های خام را می توان در NCBI SRA SUB 7661929 مشاهده کرد, که به زودی برای ما MS دیگری آزاد می شود (تحت بررسی)”(تأکید ما).

این نگران کننده است که لیو و دیگران اطلاعات مربوط به 1 نمونه از 3 نمونه پنگولین را که برای جمع آوری توالی ژن ویروس کرون ویروس پانگولین خود استفاده کرده اند منتشر نکرده اند. دکتر جین پینگ چن نیز پس از پرسش این داده ها را به اشتراک نگذاشت. قاعده در علم انتشار و / یا به اشتراک گذاشتن تمام داده هایی است که به دیگران امکان می دهد نتایج را به طور مستقل بررسی و بازتولید کنند. چطور شد PLoS پاتوژن ها بگذارید لیو و دیگران از انتشار نمونه های مهم اطلاعاتی فرار می کنید؟ چرا دکتر جین پینگ شن داده های مربوط به این نمونه سوم پانگولین را به اشتراک نمی گذارد؟ چرا لیو و همکاران آیا می خواهید داده های منتشر نشده مربوط به این نمونه سوم پانگولین را به عنوان بخشی از مطالعه دیگری که به مجله دیگری ارسال شده است ، منتشر کنید؟ نگرانی در اینجا این است که دانشمندان نمونه پانگولین گمشده لیو و همکاران را نسبتاً ناموفق نشان دهند. برای مطالعه متفاوت ، ردیابی جزئیات مهم در مورد این نمونه پانگولین ، مانند زمینه ای که در آن نمونه پانگولین جمع آوری شده است ، برای دیگران دشوار است.

2– دکتر جین پینگ شن انکار کرد که لیو و دیگران با شیائو و همکاران (2020) رابطه داشته اند طبیعت مطالعه. وی نوشت: "ما مقاله PLOS Pathogens خود را در تاریخ 14 فوریه سال 2020 قبل از مقاله Nature (مرجع 12 در مقاله بیماریزای PLOS ما ، آنها در تاریخ 16 فوریه ، 2020 از تاریخ ارسال در Nature ارسال کردند) ، مقاله بیماریزای PLOS ما توضیح دهید که SARS-Cov-2 از ویروس پانگولین کرونا ویروس نیست و پانگولین به عنوان میزبان متوسط ​​نیست. ما کار آنها را پس از جلسه خبری آنها در 7 فوریه 2020 می دانستیم، و ما نظرات مختلفی با آنها داریم ، دو مقاله دیگر (ویروس ها و طبیعت) در مقاله PLOS Pathogen به عنوان مقالات مرجع ذکر شده اند (شماره مرجع 10 و 12) ، ما گروه های تحقیقاتی مختلفی از نویسندگان مقاله نیچر هستیم و هیچ ارتباطی با یکدیگر نداریمو ما نمونه هایی با اطلاعات دقیق از مرکز نجات حیات وحش گوانگدونگ با کمک Jiejian Zou و Fanghui Hou به عنوان همکاران ما نمونه گرفتیم و ما نمی دانیم که نمونه های مقاله Nature از کجاست" (تأکیدهای ما)

نکات زیر تردیدهایی را در مورد ادعاهای دکتر چن در بالا ایجاد می کند: 

a– لیو و همکاران (2020) ، شیائو و همکاران (2020) و لیو و همکاران (2019) نویسندگان زیر را به اشتراک گذاشت: پینگ لیو و جین پینگ چن نویسندگان سال 2019 بودند ویروس ها کاغذ و 2020 PLoS پاتوژن ها مقاله ، نویسنده ارشد وو چن در مورد شیائو و دیگران. (2020) یکی از نویسندگان 2019 بود ویروس ها مقاله ، و Jiejian Zhou و Fanghui Hou نویسندگان هر دو Xiao و همکاران بودند. و لیو و همکاران 

ب– هر دو نسخه خطی به سرور پیش چاپ عمومی واریز شدند bioRxiv در همان تاریخ: 20 فوریه 2020. 

ج– شیائو و همکاران "نمونه های پانگولین تغییر نام داد که اولین بار توسط لیو و همکاران منتشر شد. [2019] ویروس ها بدون ذکر مطالعه خود به عنوان مقاله اصلی که این نمونه ها را توصیف می کند ، و از داده های متاژنومی این نمونه ها در تجزیه و تحلیل خود استفاده می کنند "(چان و ژان). 

d- ژنوم ویروس کرونا ویروس پانگولین و لیو و دیگران است 99.95٪ یکسان است در سطح نوکلئوتید به ژنوم ویروس کرونا ویروس پانگولین منتشر شده توسط شیائو و همکاران چگونه لیو و همکاران می توانند یک ژنوم کامل تولید کرده اند که 99.95٪ یکسان است (فقط 15 nucle اختلاف نوکلئوتید) با شیائو و همکاران. بدون به اشتراک گذاری مجموعه داده ها و تجزیه و تحلیل ها؟

هنگامی که گروه های مختلف تحقیقاتی به طور مستقل در مورد یک نتیجه تحقیق مشخص نتیجه گیری مشابهی انجام می دهند ، احتمال حقیقت ادعاهای مربوطه را به میزان قابل توجهی افزایش می دهد. نگرانی در اینجا این است که لیو و همکاران و شیائو و همکاران طبق ادعای دکتر چن ، مطالعات مستقلی انجام نشده است. آیا هماهنگی بین لیو و همکاران وجود داشت و شیائو و همکاران در مورد تجزیه و تحلیل و انتشارات آنها؟ اگر چنین است ، میزان و ماهیت آن هماهنگی چقدر بود؟ 

3– چرا لیو و همکاران آیا داده های توالی آمپلیکون خام را که برای جمع آوری ژنوم ویروس کرون ویروس پانگولین خود استفاده کردند ، در دسترس عموم قرار نمی دهد؟ بدون این داده های خام ، ژنوم ویروس کرونا ویروس پانگولین که توسط لیو و دیگران جمع شده است ، دیگران نمی توانند به طور مستقل نتایج لیو و همکاران را تأیید و بازتولید کنند. همانطور که قبلاً ذکر شد ، قاعده در علم انتشار و / یا به اشتراک گذاشتن تمام داده هایی است که به دیگران امکان می دهد نتایج را به طور مستقل بررسی و بازتولید کنند. ما از دکتر جینگ پینگ چن خواستیم تا داده های توالی آمپلیکن خام لیو و دیگران را به اشتراک بگذارد. وی با به اشتراک گذاشتن نتایج توالی محصول RT-PCR لیو و همکاران ، که داده های آمپلیکن خام مورد استفاده برای جمع آوری ژن ویروس کرونا ویروس پانگولین نیست ، پاسخ داد. چرا دکتر جین پینگ شن تمایلی به انتشار داده های خام ندارد که به دیگران اجازه می دهد تجزیه و تحلیل لیو و دیگران را به طور مستقل بررسی کنند.

4- لیو و همکاران ویروس ها (2019) در اکتبر 2019 منتشر شد و نویسندگان آن ویروس پانگولین کرونا ویروس خود را (توالی خواندن آرشیو) را با NCBI واریز کرده اند در سپتامبر 23، 2019، اما منتظر ماند تا ژانویه 22، 2020 تا این داده ها در دسترس عموم قرار گیرد. دانشمندان به طور معمول داده های توالی ژنومی خام را در اسرع وقت پس از انتشار مطالعات خود در پایگاه های اطلاعاتی در دسترس عموم منتشر می کنند. این روش اطمینان می دهد که دیگران می توانند به طور مستقل به چنین داده هایی دسترسی پیدا کنند ، تأیید و استفاده کنند. چرا لیو و همکاران سال 2019 برای دسترسی عمومی به داده های SRA خود 4 ماه صبر می کند؟ دکتر جین پینگ چن تصمیم گرفت که در پاسخ خود در 9 نوامبر 2020 به این سوال ما پاسخ مستقیم ندهد.

ما همچنین با دکتر استنلی پرلمن تماس گرفتیم ، PLoS پاتوژن ها سردبیر لیو و همکاران و این چیزی است که او برای گفتن داشت.

قابل توجه ، دکتر پرلمن تصدیق کرد که:

  • "PLoS Pathogens در حال بررسی این مقاله با جزئیات بیشتری است" 
  • وی "صحت نمونه جولای 2019 را در جریان بررسی همکار قبل از انتشار تأیید نکرد"
  • "[c] درباره شباهت بین این دو مطالعه [لیو و همکاران. و شیائو و همکاران.] فقط پس از انتشار هر دو مطالعه به نمایش درآمدند. "
  • وی "هیچ داده آمپلیكونی را هنگام بررسی همكاران مشاهده نكرد. نویسندگان یک شماره الحاقی برای ژنوم مونتاژ شده ارائه داده اند ... اگرچه پس از انتشار مشخص شد که شماره دسترسی ذکر شده در بیانیه در دسترس بودن داده مقاله نادرست است. این خطا و س questionsالات پیرامون داده های توالی خام contig در حال حاضر به عنوان بخشی از پرونده پس از انتشار مطرح شده است. "

وقتی با هم تماس گرفتیم PLoS پاتوژن ها با نگرانی ما در مورد لیو و همکاران ما به شرح زیر رسیدیم پاسخ سردبیر ارشد تیم اخلاق نشریات PLoS:

ایمیل های Xiao و همکاران.

در اکتبر 28 ، سردبیر ارشد علوم زیستی طبیعت (زیر) با عبارت کلیدی پاسخ داد: "ما این مسائل را بسیار جدی می گیریم و با دقت به موضوعی که در زیر می آورید خواهیم پرداخت." 

در تاریخ 30 اکتبر ، شیائو و همکاران سرانجام به طور عمومی آزاد شد داده های توالی amplicon خام آنها. با این حال ، از زمان انتشار این قطعه ، داده های توالی آمپلیکن ارائه شده توسط شیائو و همکاران فایلهای داده خام واقعی وجود ندارد که به دیگران امکان می دهد توالی ژنوم ویروس کرون ویروس پانگولین خود را جمع آوری و تأیید کنند.

س questionsالات مهمی باقی مانده است که باید به آنها توجه شود: 

  1. آیا ویروس های کرون ویروس پانگولین واقعی هستند؟ زیرنویس برای شکل 1e در Xiao و همکاران اظهار می کند: "ذرات ویروسی در وزیکول های غشای دوگانه در تصویر میکروسکوپ الکترونی عبوری گرفته شده از کشت سلول Vero E6 تلقیح شده با مایع فوقانی بافت ریه همگن از یک پانگولین ، مورفولوژی نشان دهنده ویروس کرونا دیده می شود." اگر شیائو و همکاران ویروس پانگولین کرونا را جدا کرده است ، آیا آنها نمونه ویروس جدا شده را با محققان خارج از چین به اشتراک می گذارند؟ این می تواند تا حد زیادی تأیید کند که این ویروس در واقع وجود دارد و از بافت پانگولین ناشی می شود.
  2. در سال 2020 یا حتی 2019 چقدر زود بود لیو و همکاران, شیائو و همکاران, لام و دیگران و ژانگ و همکاران آیا می دانید که آنها نتایج را بر اساس همان مجموعه داده منتشر می کنند؟
    آ. آیا با توجه به اینكه یكی در 18 فوریه پیش چاپ شد و سه نفر در 20 فوریه پیش چاپ شد ، هماهنگی وجود داشت؟
    ب چرا لیو و همکاران (2019) توالی خواندن بایگانی آنها را در تاریخی که آنها را در پایگاه داده NCBI واریز کرده اند ، قابل دسترسی نمی کند؟ چرا آنها برای انتشار عمومی این توالی ویروس کرونای پانگولین تا 22 ژانویه 2020 صبر کردند.
    ج قبل از لیو و همکاران 2019 ویروس ها داده ها در تاریخ 22 ژانویه 2020 در NCBI منتشر شد ، آیا این داده ها برای سایر محققان در چین قابل دسترسی است؟ اگر چنین است ، داده های توالی ویروس کرونا پانگولین در چه پایگاه داده ای ذخیره شده است ، چه کسی دسترسی داشته است و چه زمانی داده ها ذخیره و قابل دسترسی شده اند؟
  3. آیا نویسندگان در یک تحقیق مستقل برای ردیابی منبع این نمونه های پانگولین همکاری می کنند تا ببینند آیا ویروس های مشابه SARS-CoV-2 بیشتری می توان در مارس تا ژوئیه 2019 از حیوانات قاچاق یافت - که می تواند به عنوان نمونه های منجمد وجود داشته باشد یا هنوز در مرکز نجات حیات وحش گوانگدونگ زنده است؟
  4. و آیا نویسندگان در یک تحقیق مستقل همکاری خواهند کرد تا ببینند قاچاقچیان (زندانی شدند یا جریمه شدند و رها شدند؟) دارای آنتی بادی ویروس SARS در اثر تماس منظم با این ویروس ها هستند؟