Nature y PLoS Pathogens investigan la veracidad científica de estudios clave que relacionan los coronavirus del pangolín con el origen del SARS-CoV-2

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Por Sainath Suryanarayanan, PhD 

Aquí, proporcionamos nuestros correos electrónicos con autores principales de Liu y col. y Xiao y col., y los editores de PLoS Patógenos y Naturaleza. También presentamos una discusión en profundidad de las preguntas e inquietudes planteadas por estos correos electrónicos, que ponen en duda la validez de estos estudios clave sobre el origen del nuevo coronavirus SARS-CoV-2 que causa COVID-19. Vea nuestros informes sobre estos correos electrónicos, La validez de estudios clave sobre el origen del coronavirus está en duda; revistas científicas que investigan (11.9.20)


Comunicaciones por correo electrónico con el Dr. Jinping Chen, autor principal de Liu et al:


Los correos electrónicos del Dr. Jinping Chen plantean una serie de inquietudes y preguntas: 

1– Liu et al. (2020) reunió su secuencia del genoma del coronavirus del pangolín publicada basada en coronavirus muestreados de tres pangolines, dos muestras de un lote de contrabando en marzo de 2019 y una muestra de un lote diferente interceptado en julio de 2019. La base de datos del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) , donde los científicos deben depositar datos de secuencia para garantizar la verificación independiente y la reproducibilidad de los resultados publicados, contiene los datos del archivo de lectura de secuencia (SRA) para las dos muestras de marzo de 2019, pero faltan datos para la muestra de julio de 2019. Cuando se le preguntó acerca de esta muestra faltante, que el Dr. Jinping Chen identifica como F9, el Dr. Jinping Chen declaró: “Los datos sin procesar de estas tres muestras se pueden encontrar con el número de acceso del NCBI PRJNA573298, y el ID de la muestra biológica era SAMN12809952, SAMN12809953 y SAMN12809954, además, individuo (F9) de diferentes lotes también fue positivo, los datos sin procesar se pueden ver en NCBI SRA SUB 7661929, que se lanzará pronto porque tenemos otro MS (en revisión)”(Nuestro énfasis).

Es preocupante que Liu et al. no han publicado datos correspondientes a 1 de las 3 muestras de pangolines que utilizaron para ensamblar la secuencia del genoma del coronavirus del pangolín. El Dr. Jinping Chen tampoco compartió estos datos cuando se le preguntó. La norma en ciencia es publicar y / o compartir todos los datos que permitirían a otros verificar y reproducir los resultados de forma independiente. Como lo hizo PLoS Patógenos deje que Liu et al. evadir la publicación de datos de muestra cruciales? ¿Por qué el Dr. Jinping Chen no comparte datos relacionados con esta tercera muestra de pangolín? ¿Por qué Liu et al. ¿Desea publicar datos inéditos relacionados con esta tercera muestra de pangolín como parte de otro estudio que se ha enviado a una revista diferente? La preocupación aquí es que los científicos atribuyan erróneamente la muestra de pangolín que falta de Liu et al. a un estudio diferente, lo que dificulta que otros puedan rastrear posteriormente detalles importantes sobre esta muestra de pangolín, como el contexto en el que se tomó la muestra de pangolín.

2– El Dr. Jinping Chen negó que Liu et al. han tenido alguna relación con Xiao et al. (2020) Naturaleza estudiar. Él escribió: “Presentamos nuestro artículo PLOS Pathogens el 14 de febrero de 2020 antes que el artículo de Nature (la Referencia 12 en nuestro artículo de PLOS patógenos, que enviaron el 16 de febrero de 2020 desde su fecha de envío en Nature), nuestro artículo de PLOS patógenos explique que el SARS-Cov-2 no proviene directamente del coronavirus del pangolín y que el pangolín no es un huésped intermedio. Conocimos su trabajo después de la conferencia de prensa del 7 de febrero de 2020., y tenemos opiniones diferentes con ellos, los otros dos artículos (Virus y Naturaleza) se han incluido en el artículo PLOS Pathogen como artículos de referencia (número de referencia 10 y 12), somos diferentes grupos de investigación de los autores de artículos de Nature, y no hay relación entre nosotros y Tomamos muestras con información de muestra detallada del centro de rescate de vida silvestre de Guangdong con la ayuda de Jiejian Zou y Fanghui Hou como nuestros coautores. y no sabemos de dónde proceden las muestras del artículo de Nature. " (nuestro énfasis)

Los siguientes puntos generan dudas sobre las afirmaciones del Dr. Chen anteriores: 

a– Liu et al. (2020), Xiao et al (2020) y Liu et al. (2019) compartieron los siguientes autores: Ping Liu y Jinping Chen fueron autores en el 2019 Los virus papel y el 2020 PLoS Patógenos artículo, autor principal Wu Chen sobre Xiao et al. (2020) fue coautor del 2019 Los virus artículo, y Jiejian Zhou y Fanghui Hou fueron autores de Xiao et al. y Liu et al. 

b– Ambos manuscritos fueron depositados en el servidor público de preimpresiones. bioRxiv en la misma fecha: 20 de febrero de 2020. 

c– Xiao et al. “Muestras de pangolín renombradas publicadas por primera vez por Liu et al. [2019] Virus sin citar su estudio como el artículo original que describió estas muestras, y utilizó los datos metagenómicos de estas muestras en su análisis ”(Chan y Zhan). 

d– El genoma completo del coronavirus del pangolín de Liu et al. 99.95% idéntico a nivel de nucleótidos hasta el genoma completo del coronavirus del pangolín publicado por Xiao et al. ¿Cómo pudieron Liu et al. han producido un genoma completo que es 99.95% idéntico (sólo ~ 15 nucleótidos de diferencia) a Xiao et al. sin compartir conjuntos de datos y análisis?

Cuando diferentes grupos de investigación llegan de forma independiente a conjuntos similares de conclusiones sobre una pregunta de investigación determinada, aumenta significativamente la probabilidad de veracidad de las afirmaciones involucradas. La preocupación aquí es que Liu et al. y Xiao et al. no fueron estudios realizados de forma independiente como afirma el Dr. Chen. ¿Hubo alguna coordinación entre Liu et al. y Xiao et al. en cuanto a sus análisis y publicaciones? De ser así, ¿cuál fue el alcance y la naturaleza de esa coordinación? 

3– ¿Por qué Liu et al. ¿No poner a disposición del público los datos de secuenciación de amplicones sin procesar que utilizaron para ensamblar su genoma del coronavirus del pangolín? Sin estos datos brutos, el genoma del coronavirus del pangolín ensamblado por Liu et al., Otros no pueden verificar y reproducir de forma independiente los resultados de Liu et al. Como se mencionó anteriormente, la norma en la ciencia es publicar y / o compartir todos los datos que permitirían a otros verificar y reproducir los resultados de manera independiente. Le pedimos al Dr. Jingping Chen que compartiera los datos de la secuencia de amplicones en bruto de Liu et al. Respondió compartiendo los resultados de la secuencia del producto de RT-PCR de Liu et al., Que no son los datos de amplicones sin procesar utilizados para ensamblar el genoma del coronavirus del pangolín. ¿Por qué el Dr. Jinping Chen es reacio a divulgar los datos sin procesar que permitirían a otros verificar de forma independiente el análisis de Liu et al.

4- Liu y col. Virus (2019) se publicó en octubre de 2019 y sus autores habían depositado sus datos de SRA sobre el coronavirus del pangolín (archivo de lectura de secuencia) con NCBI de septiembre 23, 2019, pero esperé hasta Enero para que estos datos sean de acceso público. Los científicos suelen publicar datos de secuencias genómicas sin procesar en bases de datos de acceso público tan pronto como sea posible después de la publicación de sus estudios. Esta práctica garantiza que otros puedan acceder, verificar y utilizar de forma independiente dichos datos. ¿Por qué Liu et al. 2019 ¿esperar 4 meses para que sus datos SRA sean accesibles al público? El Dr. Jinping Chen decidió no responder directamente a esta pregunta nuestra en su respuesta del 9 de noviembre de 2020.

También nos pusimos en contacto con el Dr. Stanley Perlman, PLoS Patógenos Editor de Liu et al. y esto es lo que tenia que decir.

En particular, el Dr. Perlman reconoció que:

  • "PLoS Pathogens está investigando este documento con más detalle" 
  • Él "no verificó la veracidad de la muestra de julio de 2019 durante la revisión por pares previa a la publicación"
  • “[C] on preocupaciones acerca de la similitud entre los dos estudios [Liu et al. y Xiao et al.] salieron a la luz solo después de que se publicaran ambos estudios ".
  • Él “no vio ningún dato de amplicones durante la revisión por pares. Los autores proporcionaron un número de acceso para el genoma ensamblado ... aunque después de la publicación, salió a la luz que el número de acceso que figura en la Declaración de disponibilidad de datos del artículo es incorrecto. Este error y las preguntas sobre los datos de secuenciación contig sin procesar se están abordando actualmente como parte del caso posterior a la publicación ".

Cuando contactamos PLoS Patógenos con nuestras preocupaciones sobre Liu et al. tenemos lo siguiente respuesta del Editor Senior del equipo de Ética de Publicaciones de PLoS:

Correos electrónicos de Xiao et al..

En octubre 28, el Editor Jefe de Ciencias Biológicas de Naturaleza respondió (a continuación) con la frase clave "nos tomamos muy en serio estos problemas y estudiaremos el asunto que plantea a continuación con mucho cuidado". 

El 30 de octubre, Xiao et al. finalmente lanzado públicamente sus datos de secuencia de amplicones sin procesar. Sin embargo, a partir de la publicación de este artículo, los datos de la secuencia de amplicones presentados por Xiao et al. faltan los archivos de datos brutos reales que permitirían a otros ensamblar y verificar la secuencia del genoma del coronavirus del pangolín.

Quedan preguntas importantes que deben abordarse: 

  1. ¿Son reales los coronavirus del pangolín? La leyenda de La figura 1e en Xiao et al. afirma: "Se ven partículas virales en vesículas de doble membrana en la imagen de microscopía electrónica de transmisión tomada de un cultivo de células Vero E6 inoculado con sobrenadante de tejido pulmonar homogeneizado de un pangolín, con morfología indicativa de coronavirus". Si Xiao et al. aislado el coronavirus del pangolín, ¿compartirían la muestra aislada del virus con investigadores fuera de China? Esto podría contribuir en gran medida a verificar que este virus realmente existe y proviene del tejido del pangolín.
  2. ¿Qué tan temprano en 2020, o incluso en 2019, fueron Liu y col., Xiao y col., Lam y col. y Zhang et al. consciente de que estarían publicando resultados basados ​​en el mismo conjunto de datos?
    a. ¿Hubo alguna coordinación considerando que uno fue preimpreso el 18 de febrero y tres fueron preimpresos el 20 de febrero?
    segundo. ¿Por qué Liu et al. (2019) no hacer que sus datos de archivo de lectura de secuencia sean accesibles al público en la fecha en que los depositaron en la base de datos de NCBI ¿Por qué esperaron hasta el 22 de enero de 2020 para hacer públicos los datos de la secuencia del coronavirus del pangolín?
    C. Antes de la Liu et al. 2019 Los virus Los datos se publicaron en NCBI el 22 de enero de 2020, ¿fueron estos datos accesibles para otros investigadores en China? Si es así, ¿en qué base de datos se almacenaron los datos de secuenciación del coronavirus del pangolín, quién tuvo acceso y cuándo se depositaron y se hicieron accesibles los datos?
  3. ¿Cooperarán los autores en una investigación independiente para rastrear la fuente de estas muestras de pangolín y ver si se pueden encontrar más virus similares al SARS-CoV-2 en los lotes de animales de contrabando de marzo a julio de 2019, que podrían existir como muestras congeladas o ser ¿Sigue vivo en el Centro de Rescate de Vida Silvestre de Guangdong?
  4. ¿Y los autores cooperarán en una investigación independiente para ver si los contrabandistas (¿fueron encarcelados? ¿O multados y soltados?) Tienen anticuerpos contra el virus del SARS por exposición regular a estos virus?