Ændrede datasæt rejser flere spørgsmål om pålideligheden af ​​nøgleundersøgelser af koronavirusoprindelse

Trykke E-mail Del Tweet

Revisioner af genomiske datasæt forbundet med fire nøgleundersøgelser af coronavirus-oprindelse tilføjer yderligere spørgsmål om pålideligheden af ​​disse undersøgelser, som giver grundlæggende støtte til hypotesen at SARS-CoV-2 stammer fra dyrelivet. Undersøgelserne, Peng Zhou et al., Hong Zhou et al., Lam et al.og Xiao et al., opdagede SARS-CoV-2-relaterede koronavirus i hestesko-flagermus og malaysiske pangoliner.

Undersøgelsens forfattere deponerede DNA-sekvensdata kaldet sekvensen læser, som de brugte til at samle genom- og pangolin-coronavirus-genomer i National Center for Biotechnology Information (NCBI) sekvens læste arkiv (SRA). NCBI oprettede den offentlige database for at hjælpe uafhængig verifikation af genomiske analyser baseret på sekvenseringsteknologier med høj kapacitet.

USAs ret til at få opnåede dokumenter ved en offentlig opfordring anmoder om Vis revisioner til disse undersøgelsers SRA-data måneder efter, at de blev offentliggjort. Disse revisioner er underlige, fordi de fandt sted efter offentliggørelse og uden nogen begrundelse, forklaring eller validering.

For eksempel, Peng Zhou et al. og sort Lam et al. opdaterede deres SRA-data på de samme to datoer. Dokumenterne forklarer ikke, hvorfor de ændrede deres data, kun at der blev foretaget nogle ændringer. Xiao et al. foretaget adskillige ændringer til deres SRA-data, herunder sletning af to datasæt den 10. marts, tilføjelsen af ​​et nyt datasæt den 19. juni, en 8. november erstatning af data, der først blev frigivet den 30. oktober, og en yderligere dataændring den 13. november - to dage efter Natur tilføjede en redaktørs “note of concern” om undersøgelsen. Hong Zhou et al. har endnu ikke delt det fulde SRA-datasæt, der muliggør uafhængig verifikation. Mens tidsskrifter kan lide Natur kræve, at forfattere laver alle data “straks tilgængelig”På offentliggørelsestidspunktet kan SRA-data frigives efter offentliggørelse; men det er usædvanligt at foretage sådanne ændringer måneder efter offentliggørelsen.

Disse usædvanlige ændringer af SRA-data gør ikke automatisk de fire undersøgelser og deres tilknyttede datasæt upålidelige. Forsinkelser, huller og ændringer i SRA-data har dog hæmmet uafhængig samling og verifikation af de offentliggjorte genomsekvenser, og tilføj til spørgsmål og sort bekymringer om i gyldighed af de fire undersøgelser, såsom:

  1. Hvad var de nøjagtige revisioner af SRA-dataene efter offentliggørelsen? Hvorfor blev de lavet? Hvordan påvirkede de de tilknyttede genomiske analyser og resultater?
  2. Blev disse SRA-revisioner valideret uafhængigt? Hvis ja, hvordan? Det NCBI's eneste validering kriterium for offentliggørelse af et SRA BioProject - ud over grundlæggende oplysninger såsom "organismenavn" - er, at det ikke kan være et duplikat.

For mere information: 

National Center for Biotechnology Information (NCBI) dokumenter kan findes her: NCBI-e-mails (63 sider)

USAs ret til at vide er udstationering af dokumenter fra vores offentlige opfordringer til vores efterforskning af biofarer. Se: FOI-dokumenter om oprindelsen af ​​SARS-CoV-2, farer ved gain-of-function-forskning og biosikkerhedslaboratorier.

Baggrundsside om US Right to Know's undersøgelse af oprindelsen af ​​SARS-CoV-2.

Ingen peer review for tillæg til fremtrædende coronavirus-oprindelsesundersøgelse?

Trykke E-mail Del Tweet

Tidsskriftet Natur vurderede ikke pålideligheden af ​​vigtige påstande fremsat i en 17. november tillæg til en studere om flagermus-oprindelsen af ​​romanen coronavirus SARS-CoV-2, korrespondance med Natur personalet foreslår.

Den 3. februar 2020 rapporterede forskere fra Wuhan Institute of Virology at have opdaget den nærmeste kendte slægtning til SARS-CoV-2, et bat coronavirus kaldet RaTG13. RaTG13 er blevet centralt til hypotesen om, at SARS-CoV-2 stammer fra dyrelivet.

Tillægget vedrører ubesvaret spørgsmål om oprindelsen til RaTG13. Forfatterne, Zhou et al., Præciserede, at de fandt RaTG13 i 2012-2013 "i en forladt mineshaft i Mojiang County, Yunnan-provinsen", hvor seks minearbejdere led akut åndedrætssyndrom efter eksponering for flagermusfecesog tre døde. Undersøgelser af symptomer på de syge minearbejdere kunne give vigtige spor om oprindelsen af ​​SARS-CoV-2. Zhou et al. rapporterede, at de ikke fandt nogen SARS-relaterede coronavirus i lagrede serumprøver fra de syge minearbejdere, men de understøttede ikke deres påstande med data og metoder om deres assays og eksperimentelle kontroller.

Fraværet af nøgledata i tillægget har rejste yderligere spørgsmål om pålideligheden af ​​Zhou et al. undersøgelse. Den 27. november spurgte US Right to Know Natur spørgsmål om tillæggets påstande og anmodede om det Natur offentliggøre alle understøttende data, som Zhou et al. kan have leveret.

I december 2, Natur Kommunikationschef Bex Walton svarede at den oprindelige Zhou et al. undersøgelsen var "nøjagtig, men uklar", og at tillægget var passende platform efter offentliggørelse til afklaring. Hun tilføjede: ”Med hensyn til dine spørgsmål vil vi bede dig henvende dig til forfatterne af papiret for at få svar som disse spørgsmål vedrører ikke den forskning, vi har offentliggjort men til anden forskning foretaget af forfatterne, som vi ikke kan kommentere ”(fremhæv vores). Da vores spørgsmål vedrørende forskning, der er beskrevet i tillægget, er Natur repræsentants erklæring antyder, at Zhou et al .'s tillæg ikke blev vurderet som forskning.

Vi spurgte et opfølgningsspørgsmål den 2. december: “blev dette tillæg udsat for enhver peer review og / eller redaktionelt tilsyn fra Natur? ” Fru Walton svarede ikke direkte; hun svarede: “Generelt vil vores redaktører vurdere kommentarer eller bekymringer, der kommer med os i første omgang, ved at konsultere forfatterne og søge råd fra peer reviewers og andre eksterne eksperter, hvis vi finder det nødvendigt. Vores fortrolighedspolitik betyder, at vi ikke kan kommentere den specifikke behandling af individuelle sager. ”

Siden Natur betragter et tillæg som et indlæg-publikationsopdatering, og udsætter ikke sådanne tillæg efter offentliggørelse til de samme peer-review-standarder som originale publikationer, synes det sandsynligt, at Zhou et al. tillæg gennemgik ikke peer review.

Forfatterne Zhengli Shi og Peng Zhou reagerede ikke på vores spørgsmål om deres Natur Tillæg.