Natur og PLoS Patogener undersøger videnskabelig rigtighed af nøgleundersøgelser, der forbinder pangolin coronavirus med oprindelsen til SARS-CoV-2

Trykke E-mail Del Tweet

Tilmeld dig modtage opdateringer fra Biohazards Blog.

Af Sainath Suryanarayanan, ph.d. 

Her leverer vi vores e-mails med seniorforfattere af Liu et al. og sort Xiao et al.og redaktørerne af PLoS patogener og sort Natur. Vi præsenterer også en dybtgående diskussion af de spørgsmål og bekymringer, der rejses i disse e-mails, som sætter tvivl om gyldigheden af ​​disse nøgleundersøgelser om oprindelsen af ​​det nye coronavirus SARS-CoV-2, der forårsager COVID-19. Se vores rapportering om disse e-mails, Gyldigheden af ​​nøgleundersøgelser af koronavirusets oprindelse i tvivl; videnskabstidsskrifter, der undersøger (11.9.20)


E-mail-kommunikation med Dr. Jinping Chen, seniorforfatter af Liu et al:


Dr. Jinping Chens e-mails rejser en række bekymringer og spørgsmål: 

1– Liu et al. (2020) samlede deres offentliggjorte pangolin coronavirus-genomsekvens baseret på coronavirus, der var udtaget fra tre pangoliner, to prøver fra et smuglet batch i marts 2019 og en prøve fra en anden batch, der blev opsnappet i juli 2019. National Center for Biotechnology Information (NCBI) -databasen , hvor forskere er forpligtet til at deponere sekvensdata for at sikre uafhængig verifikation og reproducerbarhed af offentliggjorte resultater, indeholder sekvenslæst arkivdata (SRA) for de to prøver fra marts 2019, men mangler data for juli 2019-prøven. Efter at være blevet spurgt om denne manglende prøve, som Dr. Jinping Chen identificerer som F9, sagde Dr. Jinping Chen: “De rå data fra disse tre prøver kunne findes under NCBI-tiltrædelsesnummer PRJNA573298, og BioSample ID var SAMN12809952, SAMN12809953, og SAMN12809954, desuden, individ (F9) fra forskellige batcher var også positiv, rådataene kan ses i NCBI SRA SUB 7661929, som snart frigives, for vi har endnu en MS (under gennemgang)”(Vores vægt).

Det handler om, at Liu et al. har ikke offentliggjort data svarende til 1 af de 3 pangolineprøver, som de brugte til at samle deres pangolin coronavirus-genom-sekvens. Dr. Jinping Chen delte heller ikke disse data, når han blev spurgt. Normen inden for videnskab er at offentliggøre og / eller dele alle data, der giver andre mulighed for uafhængigt at verificere og reproducere resultaterne. Hvordan PLoS patogener lad Liu et al. undgå at offentliggøre vigtige eksempeldata? Hvorfor deler Dr. Jinping Chen ikke data vedrørende denne tredje pangolinprøve? Hvorfor ville Liu et al. ønsker at frigive ikke-offentliggjorte data vedrørende denne tredje pangolinprøve som en del af en anden undersøgelse, der er sendt til en anden journal? Bekymringen her er, at forskere ville tildele den manglende pangolinprøve fra Liu et al. til en anden undersøgelse, hvilket gør det vanskeligt for andre at efterfølgende spore vigtige detaljer om denne pangolinprøve, såsom den sammenhæng, hvori pangolinprøven blev indsamlet.

2– Dr. Jinping Chen benægtede, at Liu et al. har haft noget forhold til Xiao et al. (2020) Natur undersøgelse. Han skrev: “Vi indsendte vores PLOS Pathogens-papir den 14. februar 2020 før Nature-papiret (Reference 12 i vores PLOS-patogenpapir, de indsendte den 16. februar 2020 fra deres indsendelsesdato i Nature), vores PLOS-patogenpapir forklare, at SARS-Cov-2 ikke er direkte fra pangolin coronavirus og pangolin ikke som mellemvært. Vi kendte deres arbejde efter deres nyheds briefing den 7. februar 2020, og vi har forskellige meninger med dem, de to andre papirer (vira og natur) er opført i PLOS Pathogen-papiret som referencepapir (referencenummer 10 og 12), vi er forskellige forskningsgrupper fra naturpapirforfattere, og der er ikke noget forhold til hinandenog vi tog prøver med detaljerede oplysninger om eksempler fra Guangdongs redningscenter for vilde dyr med hjælp fra Jiejian Zou og Fanghui Hou som vores medforfattere og vi ved ikke, hvor prøverne fra Nature-papiret kommer fra. ” (vores fremhævninger)

Følgende punkter rejser tvivl om Dr. Chens påstande ovenfor: 

a– Liu et al. (2020), Xiao et al (2020) og Liu et al. (2019) delte følgende forfattere: Ping Liu og Jinping Chen var forfattere på 2019 Vira papir og 2020 PLoS patogener papir, seniorforfatter Wu Chen om Xiao et al. (2020) var medforfatter af 2019 Vira papir, og Jiejian Zhou og Fanghui Hou var forfattere på både Xiao et al. og Liu et al. 

b– Begge manuskripter blev deponeret på den offentlige fortryksserver bioRxiv på samme dato: 20. februar 2020. 

c– Xiao et al. ”Omdøbt til pangolinprøver først offentliggjort af Liu et al. [2019] Virus uden at nævne deres undersøgelse som den originale artikel, der beskrev disse prøver, og brugte de metagenomiske data fra disse prøver i deres analyse ”(Chan og Zhan). 

d– Liu et al .'s fulde pangolin coronavirus genom er 99.95% identiske på nukleotidniveau til det fulde pangolin coronavirus genom, der er offentliggjort af Xiao et al. Hvordan kunne Liu et al. har produceret et helt genom, der er 99.95% identisk (kun ~ 15 nukleotidforskel) med Xiao et al. uden at dele datasæt og analyser?

Når forskellige forskningsgrupper uafhængigt kommer til lignende sæt konklusioner om et givet forskningsspørgsmål, øger det sandsynligheden for sandhed for de involverede krav. Bekymringen her er, at Liu et al. og Xiao et al. blev ikke uafhængigt udført undersøgelser som påstået af Dr. Chen. Var der nogen koordinering mellem Liu et al. og Xiao et al. vedrørende deres analyse og publikationer? Hvis ja, hvad var omfanget og arten af ​​denne koordinering? 

3– Hvorfor gjorde Liu et al. ikke offentliggøre de rå ampliconsekventeringsdata, som de brugte til at samle deres pangolin coronavirus genom? Uden disse rådata kan pangolin coronavirus genomet samlet af Liu et al., Andre ikke uafhængigt verificere og reproducere resultaterne af Liu et al. Som tidligere nævnt er normen inden for videnskab at offentliggøre og / eller dele alle data, der giver andre mulighed for uafhængigt at verificere og reproducere resultaterne. Vi bad Dr. Jingping Chen om at dele Liu et al .'s rå amplikonsekvensdata. Han svarede ved at dele Liu et al .'s RT-PCR-produktsekvensresultater, som ikke er de rå amplicondata, der bruges til at samle pangolin coronavirus-genomet. Hvorfor er Dr. Jinping Chen tilbageholdende med at frigive rådataene, der giver andre mulighed for uafhængigt at verificere Liu et al .'s analyse.

4- Liu et al. Virus (2019) blev offentliggjort i oktober 2019, og dets forfattere havde deponeret deres pangolin coronavirus (sekvenslæs arkiv) SRA-data hos NCBI september 23, 2019, men ventede til Januar 22, 2020 at gøre disse data offentligt tilgængelige. Forskere frigiver typisk rå genomiske sekvensdata på offentligt tilgængelige databaser så hurtigt som muligt efter offentliggørelsen af ​​deres undersøgelser. Denne praksis sikrer, at andre uafhængigt kan få adgang til, verificere og bruge sådanne data. Hvorfor Liu et al. 2019 vente 4 måneder på at gøre deres SRA-data offentligt tilgængelige? Dr. Jinping Chen valgte ikke at besvare dette spørgsmål direkte i sit svar den 9. november 2020.

Vi kom også i kontakt med Dr. Stanley Perlman, PLoS patogener Redaktør af Liu et al. og dette var hvad han havde at sige.

Især erkendte Dr. Perlman, at:

  • “PLoS Pathogens undersøger dette papir mere detaljeret” 
  • Han “verificerede ikke rigtigheden af ​​juli 2019-prøven under peer review før offentliggørelse”
  • ”[C] bekymrer sig om ligheden mellem de to undersøgelser [Liu et al. og Xiao et al.] kom først til syne, efter at begge undersøgelser var blevet offentliggjort. ”
  • Han “så ikke nogen amplicondata under peer review. Forfatterne oplyste et tiltrædelsesnummer for det samlede genom ... selvom det efter offentliggørelsen kom frem, at tiltrædelsesnummeret, der er anført i artiklens erklæring om datatilgængelighed, er forkert. Denne fejl og spørgsmål omkring de rå contig-sekventeringsdata behandles i øjeblikket som en del af sagen efter offentliggørelsen. ”

Da vi kontaktede PLoS patogener med vores bekymringer om Liu et al. vi har følgende svar fra seniorredaktøren for PLoS-publikationens etiske hold:

E-mails fra Xiao et al.

Den 28. oktober blev den Chief Biological Sciences Editor for Natur svarede (nedenfor) med nøglesætningen "vi tager disse spørgsmål meget alvorligt og vil undersøge den sag, du rejser nedenfor meget nøje." 

Den 30. oktober offentliggjorde Xiao et al. langt om længe offentliggjort deres rå amplikonsekvensdata. Imidlertid fra og med offentliggørelsen af ​​dette stykke blev amplikonsekvensdataene indsendt af Xiao et al. mangler de faktiske rådatafiler, der gør det muligt for andre at samle og verificere deres pangolin coronavirus-genomssekvens.

Der er stadig vigtige spørgsmål, der skal løses: 

  1. Er pangolin coronavirus virkelige? Billedteksten til Figur 1e i Xiao et al. siger: "Viruspartikler ses i dobbeltmembranvesikler i transmissionselektronmikroskopibilledet taget fra Vero E6-cellekultur inokuleret med supernatanten af ​​homogeniseret lungevæv fra en pangolin, med morfologi, der indikerer coronavirus." Hvis Xiao et al. isoleret pangolin coronavirus, ville de dele den isolerede virusprøve med forskere uden for Kina? Dette kunne gå langt i retning af at verificere, at denne virus faktisk eksisterer og kommer fra pangolinvæv.
  2. Hvor tidligt i 2020 eller endda i 2019 var Liu et al., Xiao et al., Lam et al. og sort Zhang et al. klar over, at de ville offentliggøre resultater baseret på det samme datasæt?
    en. Var der nogen koordinering i betragtning af at den ene var fortrykt den 18. februar og tre blev fortrykt den 20. februar?
    b. Hvorfor Liu et al. (2019) ikke gøre deres sekvenslæsede arkivdata offentligt tilgængelige på den dato, hvor de deponerede dem i NCBIs database? Hvorfor ventede de til 22. januar 2020 med at offentliggøre disse pangolin coronavirus-sekvensdata offentligt.
    c. Før Liu et al. 2019 Vira data blev frigivet på NCBI den 22. januar 2020, var disse data tilgængelige for andre forskere i Kina? Hvis ja, hvilken database blev pangolin coronavirus-sekventeringsdataene gemt på, hvem havde adgang, og hvornår blev dataene deponeret og gjort tilgængelige?
  3. Vil forfatterne samarbejde i en uafhængig undersøgelse for at spore kilden til disse pangolinprøver for at se, om der kan findes flere SARS-CoV-2-lignende vira i marts til juli 2019 batcher af smuglede dyr - som kunne eksistere som frosne prøver eller være stadig i live i Guangdong Wildlife Rescue Center?
  4. Og vil forfatterne samarbejde i en uafhængig undersøgelse for at se, om smuglerne (blev de fængslet? Eller blev idømt bøder og slip?) Har SARS-virusantistoffer fra regelmæssig eksponering for disse vira?