تتحقق الطبيعة ومسببات الأمراض PLoS من الصحة العلمية للدراسات الرئيسية التي تربط فيروسات البنغولين التاجية بأصل SARS-CoV-2

طباعة البريد الإلكتروني فيسبوك تويتر

وقع ل تلقي تحديثات من مدونة Biohazards.

بقلم Sainath Suryanarayanan ، دكتوراه 

هنا ، نقدم رسائل البريد الإلكتروني الخاصة بنا مع كبار مؤلفي ليو وآخرون. و شياو وآخرون.، ومحرري مسببات الأمراض PLoS و طبيعة. نقدم أيضًا مناقشة متعمقة للأسئلة والمخاوف التي أثارتها رسائل البريد الإلكتروني هذه ، والتي تشكك في صحة هذه الدراسات الرئيسية حول أصل فيروس كورونا الجديد SARS-CoV-2 الذي يسبب COVID-19. انظر تقاريرنا عن رسائل البريد الإلكتروني هذه ، صحة الدراسات الرئيسية حول منشأ فيروس كورونا موضع شك ؛ المجلات العلمية التحقيق 11.9.20


اتصالات البريد الإلكتروني مع الدكتور جينبينغ تشين، كبير مؤلفي Liu et al:


تثير رسائل البريد الإلكتروني للدكتور جينبينج تشين عددًا من المخاوف والأسئلة: 

1 - ليو وآخرون. قام (2020) بتجميع تسلسل الجينوم المنشور لفيروس آكل النمل الحرشفي استنادًا إلى فيروسات كورونا المأخوذة من ثلاثة حيوانات آكل النمل الحرشفي ، وعينتان من دفعة مهربة في مارس 2019 ، وعينة واحدة من دفعة مختلفة تم اعتراضها في يوليو 2019. قاعدة بيانات المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI) ، حيث يُطلب من العلماء إيداع بيانات التسلسل لضمان التحقق المستقل واستنساخ النتائج المنشورة ، يحتوي على بيانات أرشيف القراءة المتسلسلة (SRA) لعينتي مارس 2019 ولكنه يفتقد إلى البيانات الخاصة بعينة يوليو 2019. عند سؤاله عن هذه العينة المفقودة ، والتي حددها الدكتور جينبينج تشين على أنها F9 ، صرح الدكتور جينبينج تشين: "يمكن العثور على البيانات الأولية لهذه العينات الثلاث تحت رقم دخول NCBI PRJNA573298 ، ومعرف BioSample كان SAMN12809952 ، SAMN12809953 ، و SAMN12809954 ، علاوة على ذلك ، كان الفرد (F9) من دفعة مختلفة إيجابيًا أيضًا ، ويمكن رؤية البيانات الأولية في NCBI SRA SUB 7661929, التي سيتم إصدارها قريبًا لأن لدينا MS آخر (قيد المراجعة)"(تركيزنا).

من المقلق أن Liu et al. لم تنشر البيانات المقابلة لواحدة من عينات البنغول الثلاثة التي استخدموها لتجميع تسلسل جينوم pيروس كورونا البنغول. لم يشارك الدكتور جينبينج تشين هذه البيانات عند سؤاله. القاعدة في العلم هي نشر و / أو مشاركة جميع البيانات التي من شأنها أن تسمح للآخرين بالتحقق من النتائج بشكل مستقل وإعادة إنتاجها. كيف فعل مسببات الأمراض PLoS اسمحوا ليو وآخرون. التهرب من نشر بيانات العينة الحاسمة؟ لماذا لا يشارك الدكتور جين بينغ تشين البيانات المتعلقة بعينة البنغولين الثالثة؟ لماذا ليو وآخرون. هل تريد إصدار بيانات غير منشورة تتعلق بعينة البنغول الثالثة هذه كجزء من دراسة أخرى تم تقديمها إلى مجلة مختلفة؟ القلق هنا هو أن العلماء قد يخطئون في عزو عينة البنغول المفقودة من Liu et al. إلى دراسة مختلفة ، مما يجعل من الصعب على الآخرين تتبع تفاصيل مهمة فيما بعد حول عينة البنغولين ، مثل السياق الذي تم فيه جمع عينة البنغولين.

2 - أنكر د. جينبينج تشين أن ليو وآخرين. كان لها أي علاقة مع Xiao et al. (2020) طبيعة دراسة. كتب: "لقد أرسلنا بحثنا عن مسببات الأمراض PLOS في 14 فبراير 2020 قبل ورقة الطبيعة (المرجع 12 في ورقة مسببات الأمراض PLOS الخاصة بنا ، تم إرسالها في 16 فبراير 2020 من تاريخ إرسالها في الطبيعة) ، ورقتنا عن مسببات الأمراض PLOS اشرح أن SARS-Cov-2 ليس من فيروس البنغول بشكل مباشر وأن البنغولين ليس كمضيف وسيط. علمنا بعملهم بعد إيجازهم الإخباري في 7 فبراير 2020، ولدينا آراء مختلفة معهم ، تم إدراج الورقتين الأخريين (الفيروسات والطبيعة) في ورقة PLOS Pathogen كأوراق مرجعية (الرقم المرجعي 10 و 12) ، نحن مجموعات بحثية مختلفة من مؤلفي أوراق الطبيعة ، ولا توجد علاقة مع بعضنا البعضو أخذنا عينات تحتوي على معلومات عينة تفصيلية من مركز إنقاذ الحياة البرية في قوانغدونغ بمساعدة من Jiejian Zou و Fanghui Hou كمؤلفين مشاركين لدينا ولا نعرف من أين عينات ورقة الطبيعة. " (تأكيداتنا)

النقاط التالية تثير الشكوك حول ادعاءات الدكتور تشين أعلاه: 

أ- ليو وآخرون. (2020) و Xiao et al (2020) و Liu et al. (2019) شارك المؤلفين التاليين: Ping Liu و Jinping Chen كانا مؤلفين في 2019 الفيروسات ورقة و 2020 مسببات الأمراض PLoS ورقة ، كبير المؤلفين Wu Chen on Xiao et al. (2020) كان مؤلفًا مشاركًا لـ 2019 الفيروسات ورقة ، وكان Jiejian Zhou و Fanghui Hou مؤلفين في كل من Xiao et al. وليو وآخرون. 

ب- تم إيداع كلا المخطوطين في خادم ما قبل الطباعة العام bioRxiv في نفس التاريخ: 20 فبراير 2020. 

ج- شياو وآخرون. "تمت إعادة تسمية عينات البنغول التي تم نشرها لأول مرة بواسطة Liu et al. [2019] الفيروسات دون الاستشهاد بدراستها باعتبارها المقالة الأصلية التي وصفت هذه العينات ، واستخدمت البيانات الميتاجينومية من هذه العينات في تحليلها "(تشان وزان). 

د- Liu et al. كامل جينوم يروس كورونا البنغول 99.95٪ متطابقة على مستوى النوكليوتيدات إلى جينوم fullيروس كورونا البنغول الكامل الذي نشره Xiao et al. كيف يمكن لـ Liu et al. أنتجوا جينومًا كاملاً متطابقًا بنسبة 99.95 ٪ (فقط اختلاف 15 نيوكليوتيدًا) لـ Xiao et al. دون مشاركة مجموعات البيانات والتحليلات؟

عندما تصل مجموعات بحثية مختلفة بشكل مستقل إلى مجموعات مماثلة من الاستنتاجات حول سؤال بحث معين ، فإنها تزيد بشكل كبير من احتمال صحة الادعاءات المعنية. القلق هنا هو أن Liu et al. وشياو وآخرون. لم يتم إجراء دراسات بشكل مستقل كما ادعى الدكتور تشين. هل كان هناك أي تنسيق بين Liu et al. وشياو وآخرون. فيما يتعلق بتحليلهم ومنشوراتهم؟ إذا كان الأمر كذلك ، فما هو مدى وطبيعة هذا التنسيق؟ 

3 - لماذا فعل Liu et al. عدم إتاحة بيانات تسلسل amplicon الخام التي استخدموها لتجميع جينوم فيروس البنغول التاجي الخاص بهم؟ بدون هذه البيانات الأولية ، لا يمكن لجينوم فيروس البنغول التاجي الذي تم تجميعه بواسطة Liu et al. ، للآخرين التحقق بشكل مستقل من نتائج Liu et al. كما ذكرنا سابقًا ، فإن القاعدة في العلم هي نشر و / أو مشاركة جميع البيانات التي من شأنها أن تسمح للآخرين بالتحقق من النتائج بشكل مستقل وإعادة إنتاجها. لقد طلبنا من الدكتور جينغ بينغ تشين مشاركة بيانات تسلسل أمبليكون الخام الخاصة بليو وآخرين. استجاب من خلال مشاركة نتائج تسلسل منتجات RT-PCR الخاصة بـ Liu وآخرون ، والتي ليست بيانات amplicon الخام المستخدمة لتجميع جينوم فيروس البنغولين التاجي. لماذا يتردد الدكتور جينبينج تشين في نشر البيانات الأولية التي من شأنها أن تسمح للآخرين بالتحقق من تحليل ليو وزملائه بشكل مستقل.

4- ليو وآخرون. الفيروسات (2019) تم نشره في أكتوبر 2019 وقام مؤلفوه بإيداع بيانات فيروس البنغول التاجي الخاص بهم (أرشيف قراءة التسلسل) بيانات SRA مع NCBI في سبتمبر 23، 2019ولكن انتظر حتى يناير 22, 2020 لجعل هذه البيانات متاحة للجمهور. عادةً ما ينشر العلماء بيانات التسلسل الجينومي الخام في قواعد البيانات المتاحة للجمهور في أقرب وقت ممكن بعد نشر دراساتهم. تضمن هذه الممارسة أن يتمكن الآخرون من الوصول إلى هذه البيانات والتحقق منها واستخدامها بشكل مستقل. لماذا فعل Liu et al. 2019 تنتظر 4 أشهر لجعل بيانات SRA الخاصة بهم متاحة للجمهور؟ اختار الدكتور Jinping Chen عدم الإجابة مباشرة على سؤالنا هذا في رده في 9 نوفمبر 2020.

كما اتصلنا بالدكتور ستانلي بيرلمان ، مسببات الأمراض PLoS محرر ليو وآخرون. و هذا ما كان عليه أن يقول.

والجدير بالذكر أن الدكتور بيرلمان أقر بما يلي:

  • "PLoS Pathogens تحقق في هذه الورقة بمزيد من التفصيل" 
  • "لم يتحقق من صحة عينة يوليو 2019 أثناء مراجعة النظراء قبل النشر"
  • [ج] مخاوف بشأن التشابه بين الدراستين [Liu et al. and Xiao et al.] لم تظهر إلا بعد نشر الدراستين ".
  • لم ير أي بيانات amplicon أثناء مراجعة الأقران. قدم المؤلفون رقم تعريف للجينوم المُجمَّع ... على الرغم من أنه تبين بعد النشر أن رقم المُدخل المُدرج في بيان إتاحة البيانات الخاص بالمقالة غير صحيح. تتم حاليًا معالجة هذا الخطأ والأسئلة المتعلقة ببيانات التسلسل المتواصل الأولية كجزء من حالة ما بعد النشر ".

عندما اتصلنا مسببات الأمراض PLoS مع مخاوفنا بشأن Liu et al. حصلنا على ما يلي استجابة من كبير المحررين لفريق PLoS Publication Ethics:

رسائل البريد الإلكتروني من Xiao et al.

في أكتوبر 28 ، و رئيس تحرير العلوم البيولوجية طبيعة أجاب (أدناه) بالعبارة الرئيسية "نحن نأخذ هذه القضايا على محمل الجد وسننظر في المسألة التي تثيرها أدناه بعناية شديدة." 

في 30 أكتوبر ، زياو وآخرون. أخيرا صدر علنا بيانات تسلسل amplicon الخام الخاصة بهم. ومع ذلك ، اعتبارًا من نشر هذه القطعة ، تم تقديم بيانات تسلسل amplicon بواسطة Xiao et al. يفتقد إلى ملفات البيانات الأولية الفعلية التي من شأنها أن تسمح للآخرين بتجميع والتحقق من تسلسل جينوم pيروس كورونا البنغول.

لا تزال هناك أسئلة مهمة تحتاج إلى معالجة: 

  1. هل فيروسات البنغول التاجية حقيقية؟ التسمية التوضيحية لـ الشكل 1 هـ في Xiao et al. تنص: "تُرى الجزيئات الفيروسية في الحويصلات ذات الغشاء المزدوج في صورة المجهر الإلكتروني للإرسال المأخوذة من ثقافة خلية Vero E6 الملقحة بطاف من أنسجة الرئة المتجانسة من حيوان آكل النمل الحرشفي ، مع علم التشكل يدل على فيروس كورونا." إذا شياو وآخرون. عزل فيروس كورونا البنغول ، هل سيشاركون عينة الفيروس المعزول مع باحثين خارج الصين؟ هذا يمكن أن يقطع شوطًا طويلاً نحو التحقق من وجود هذا الفيروس بالفعل وأنه جاء من أنسجة البنغولين.
  2. كم كان وقت مبكر في عام 2020 ، أو حتى عام 2019 ليو وآخرون., شياو وآخرون., لام وآخرون. و زانج وآخرون. على علم بأنهم سينشرون النتائج بناءً على نفس مجموعة البيانات؟
    أ. هل كان هناك أي تنسيق بالنظر إلى أن أحدها تمت طباعته مسبقًا في 18 فبراير وثلاثة منها تمت طباعتها مسبقًا في 20 فبراير؟
    ب. لماذا فعل Liu et al. (2019) ألا تجعل تسلسلهم يقرأ بيانات الأرشيف للجمهور في التاريخ الذي قاموا فيه بإيداعها في قاعدة بيانات NCBI؟ لماذا انتظروا حتى 22 كانون الثاني (يناير) 2020 لإعلان بيانات تسلسل فيروس كورونا البنغول هذا للجمهور.
    ج. قبل Liu et al. 2019 الفيروسات تم إصدار البيانات على NCBI في 22 يناير 2020 ، هل كانت هذه البيانات متاحة للباحثين الآخرين في الصين؟ إذا كان الأمر كذلك ، فما هي قاعدة البيانات التي تم تخزين بيانات تسلسل فيروس آكل النمل الحرشفي المخزنة عليها ، ومن لديه حق الوصول ، ومتى تم إيداع البيانات وإتاحتها؟
  3. هل سيتعاون المؤلفون في تحقيق مستقل لتتبع مصدر عينات البنغول هذه لمعرفة ما إذا كان يمكن العثور على المزيد من الفيروسات الشبيهة بـ SARS-CoV-2 في مجموعات الحيوانات المهربة من مارس إلى يوليو 2019 - والتي يمكن أن تكون موجودة كعينات مجمدة أو لا يزال على قيد الحياة في مركز إنقاذ الحياة البرية في قوانغدونغ؟
  4. وهل سيتعاون المؤلفون في تحقيق مستقل لمعرفة ما إذا كان المهربون (هل سُجنوا أم تم تغريمهم وتركوا؟) لديهم أجسام مضادة لفيروس السارس من التعرض المنتظم لهذه الفيروسات؟